基础研究

亮碟剂肠道上皮屏障研究论文基础研究细胞系实验

先前的研究报道，低聚果糖可抑制高脂饮食诱导的小鼠肥胖，并改变其肠道菌群。Gut Microbes上发表的一项最新研究结果，发现低聚果糖对小鼠食源性肥胖的抑制作用可能部分来自于其对肠道粘液及肠道屏障的调节，低聚果糖可增加粘液产生、糖基化及分泌相关的基因表达，并促进杯状细胞分化及肠道屏障功能相关基因表达。

低聚果糖益生元食源性肥胖研究论文基础研究

ACE2

肠道血管紧张素转换酶2或可防治T1D相关视网膜病变

1型糖尿病（T1D）可导致多种严重的微血管并发症，其中最常见的为糖尿病视网膜病变。Circulation Research最新研究性文章揭示肠道血管紧张素转化酶2的表达可维持肠道屏障完整性和葡萄糖稳态，从而缓解糖尿病视网膜病变，为改善糖尿病患者微血管并发症和代谢功能提供新策略。

ACE2 糖尿病视网膜病变研究论文基础研究 RAS

肠道宏基因组

Cell子刊：日本人的肠道菌群与饮食及疾病的关联

Cell Genomics上发表的一项最新研究结果，从787个日本人的肠道宏基因组中，重建了近2万个原核生物基因组，以及超过3万个病毒基因组，揭示了肠道细菌及病毒与饮食、种族及疾病的关联。

肠道宏基因组研究论文基础研究

口腔菌群

国内团队：口腔鳞状细胞癌患者的口腔菌群变化

南京市口腔医院的王翔团队、闫福华团队与上海市同济医院的Zhengqin Ye团队在Microbiology spectrum上发表的一项最新研究，对比了口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者、口腔癌前病变（OPL）患者及健康对照的口腔菌群差异，发现黏膜（而非牙龈菌斑或唾液）样本中的菌群多样性、组成及功能差异较大。

口腔菌群口腔癌口腔鳞状细胞癌研究论文基础研究

过度肥胖

Nature子刊：孕期高脂饮食如何影响后代大脑

先前多项研究发现怀孕期间母亲过度肥胖或超重可能会给自身以及后代带来潜在的健康风险，比如增加后代患自闭症或抑郁症等精神疾病的风险。近日，美国杜克大学研究人员在Nature Metabolism发表最新研究，通过动物试验以及3D成像技术，发现饲喂高脂饮食的母鼠会触发雄性而非雌性小鼠后代大脑中的免疫细胞过度消耗影响情绪的大脑化学物质血清素，从而导致类似抑郁的行为。进一步研究揭示人类胎盘组织脂肪越多，男性而非女性后代大脑血清素水平越少。总之，该研究揭示孕期高脂饮食可能会通过破坏胎盘和胎儿大脑间的通讯，提高后代对神经系统疾病的易感性，也为未来靶向调节饮食降低母亲及后代疾病风险提供了依据，值得关注。

过度肥胖抑郁样行为研究论文基础研究高脂饮食诱导肥胖

生物标志物鉴定

肠道菌群或可预测结直肠癌术后进展？

大肠癌，又称结直肠癌（CRC），是指大肠上皮来源的癌症，包括结肠癌与直肠癌，病理类型以腺癌最为常见，极少数为鳞癌。约30%的I-III期CRC患者在肿瘤切除后5年内复发，因此，对手术后的进展风险进行分层，识别潜在的临床生物标记物对于CRC患者预后十分重要。近日，韩国延世大学研究人员在Microbiome发表最新研究，纳入333名原发性结直肠癌（CRC）患者，术前两周内收集粪便，发现普氏菌肠型和四个机会性致病菌与CRC进展和死亡风险有关，可以作为标记物较好的预测CRC进展，值得关注。

生物标志物鉴定结直肠癌研究论文基础研究肠道菌群

睡眠不足

东南大学：睡不好容易痴呆，和肠菌失调有关？

良好的睡眠有利于人体保持最佳的认知功能，包括决策、注意力、学习和各种类型的记忆。大量的动物和临床研究发现睡眠障碍会导致认知障碍，并可能增加患阿尔茨海默病的风险。近日，东南大学附属中大医院任庆国及团队在Brain Behavior and Immunity上发表最新研究，通过动物实验发现，慢性睡眠剥夺引起的肠道菌群失调通过肠道、脑部NLRP3炎症小体激活，进一步导致认知障碍的潜在机理，为未来通过靶向肠道菌群干预潜在的痴呆奠定了新基础。

睡眠不足认知功能研究论文基础研究肠道菌群失调

饮水公式

中科院先进院Science：每天八杯水可能太多？新型“饮水公式”教你怎么喝！

人的各种生理活动都特别需要水，尤其是运动后大量汗液的流失需要补充大量的水分，饮水不足是导致中暑、泌尿和肾脏疾病以及心血管衰竭的危险因素。那么，我们一天之中究竟需要摄入多少水分呢，是否一定要喝够8杯水？近日，中国科学院深圳先进技术研究院John Roger Speakman及团队联合京都先端科学大学、罗汉普顿大学、筑波大学、杜克大学等机构在Science发表最新研究，使用同位素示踪法（氚）对来自23个国家不同环境和生活条件的5604名年龄在8天-96岁之间志愿者（男：女=1875：3729）进行研究，基于身体活动水平、体重、性别、空气相对湿度、运动员状态、人类发展指数、海拔高度、年龄、温度、生活方式和环境因素构建了“饮水推荐公式”。公式推荐对于20多岁男性每日平均饮水量在1.5-1.8L（6-7杯），相同年纪女性每日平均饮水量在1.3-1.4L（5杯半），但体型、气候、年龄、体力活动等多种因素均会影响个体的需水量。因此，每天的推荐饮水量还是要“因人而异”。

饮水公式水摄入量研究论文基础研究同位素示踪法

罗伊氏乳杆菌

罗伊氏乳杆菌通过介导色氨酸衍生物或可增强自身免疫

多项研究发现多发性硬化症患者常出现肠道菌群相关的色氨酸代谢失调，益生菌罗伊氏乳杆菌定殖会意外增强宿主对实验性自身免疫性脑脊髓炎（一种多发性硬化症的小鼠模型）的易感性，但相关机制仍不明确。近日，美国佛蒙特大学研究人员在Microbiome发表最新研究，发现罗伊氏乳杆菌可以代谢色氨酸产生多种衍生物，这和该菌株基因组上多种可将膳食色氨酸代谢为吲哚衍生物基因有关。通过动物模型和体外试验，发现罗伊氏乳杆菌代谢产生吲哚衍生物可激活芳香烃受体并增强T细胞反应产生IL-17，增强自身免疫。总之，本研究为未来进一步靶向肠道菌群及其代谢物缓解神经炎症提供了新见解。

罗伊氏乳杆菌神经炎症研究论文基础研究色氨酸及其衍生物

膳食多酚

膳食多酚的菌群代谢产物可逆转肥胖导致的小鼠脂肪肝

膳食多酚肠道菌群代谢产物肥胖脂肪肝研究论文

CRISPR系统

Cell：大量病毒存在CRISPR系统，或可助力挖掘更精简的Cas酶？

CRISPR-Cas系统最为人所知的作用是它可作为基因组编辑工具，自然界中40%的细菌和85%的古菌具有CRISPR-Cas系统。令人惊讶的是，部分噬菌体通过侵染原核生物会截取宿主细胞的基因组片段，进而保留下来逐渐修饰以更好地服务于病毒。近日，加州大学伯克利分校Jennifer Doudna和Jillian F Banfield及团队在Cell发表最新研究，通过基因组解析宏基因组学微生物组数据，发现了大约6000种具有CRISPR-Cas系统的噬菌体，进一步探究识别到部分噬菌体拥有属于Ⅴ型Casλ酶，体积约为Cas9的一半，能够编辑植物和人类细胞基因组，并且还兼顾了小型化和高编辑效率的优点，值得重点关注。

CRISPR系统噬菌体研究论文基础研究 CRISPR-Cas 系统

人工甜味剂

人工甜味剂或可帮助抑制多重耐药致病菌

EMBO Molecular Medicine上发表的一项最新研究结果，发现安赛蜜（一种人工甜味剂）可抑制多重耐药菌——鲍氏不动杆菌的生长及毒力，并使其对终极抗生素（如碳青霉烯类）重新敏感。

人工甜味剂研究论文基础研究多重耐药菌抗生素

益生菌

益生菌对肌肉质量、强度和总瘦质量有何影响？（荟萃分析）

益生菌已显示出对抗肌少症的潜力，但它们对人体肌肉量和力量等肌少症症状影响程度尚不清楚。近日，英国利物浦大学研究人员在Journal of Cachexia, Sarcopenia and Muscle上发表最新研究，最终纳入24项随机对照试验，评估益生菌对成人肌肉质量、总瘦质量和肌肉强度的影响，发现益生菌干预可以增加肌肉质量，亚组分析也支持这一点（即对于平均年龄50岁以下，持续时间超过12周、特别是补充双歧杆菌和亚洲个体均有效）。总之，该研究为未来靶向菌群制定更合理的干预措施提供了支撑。

益生菌肌肉荟萃分析基础研究随机双盲对照实验（RCT）

肠道致病菌

非典型肠致病性大肠杆菌与溃疡性结肠炎相关

肠道致病菌肠致病性大肠杆菌研究论文基础研究溃疡性结肠炎

病原菌

Nature子刊：首次证实耐药菌肠肺易位增加感染风险

细菌可以定植于人体不同的位置，且可能发生易位。但是这种细菌易位的致病机制和对病原菌宿主适应性的影响仍不清楚。尽管有研究显示，在危重病人中，肠肺的菌群易位与患者临床感染有显著相关性。但是针对单个病原菌的肠肺易位动态变化，以及其肠肺易位结果和病原菌的耐药性的影响尚不清楚。近期一篇发表在Nature子刊Nature Communications上的研究工作，针对临床一例ICU危重病人进行了为期30天的监测，联合基因组学、表型分离、宿主免疫分析和临床数据结合的研究方法，揭示了机会致病菌绿脓杆菌的肠肺转移是导致感染的重要因素，但是易位对于病原菌耐药性的产生影响不大。这些结果提示，降低绿脓杆菌在肠道的定植是有效避免危重患者发生绿脓杆菌感染的有效方案。

病原菌肠肺易位危重病人绿脓杆菌感染耐药性

Roseburia intestinalis

付云贺等Cell子刊：奶牛中共生罗斯氏菌通过产生丁酸盐抑制小鼠乳腺炎

吉林大学张乃生教授和付云贺教授团队在Cell Reports发表乳腺炎最新研究成果。他们的前期研究发现，肠道菌群紊乱可促进小鼠乳腺炎发生并增加病原诱导乳腺炎的严重性（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1082594566）（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1039752837）。在奶牛上研究发现，在没有外界病原微生物感染的情况下，瘤胃菌群紊乱可以导致乳中体细胞数增高，引起乳腺炎（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1052558703）。课题组推测乳腺炎的发生，除了与传统认为的外界病原感染有关外，尚存在内源性致病途径，并提出“肠源性乳腺炎”这一病理学概念。本研究通过对奶牛乳腺炎临床病例进行研究，发现乳腺炎奶牛发生显著肠道菌群和乳腺菌群紊乱，肠杆菌科细菌在肠道和乳腺富集；将乳腺炎奶牛（而非健康奶牛）的粪便微生物移植给小鼠可诱导小鼠乳腺炎和系统性炎症，导致小鼠肠道菌群和乳腺菌群紊乱，促进肠道细菌跨“肠-乳轴”向乳腺迁移，而补充共生罗氏菌属可通过产生丁酸缓解肠道菌群诱导的乳腺炎发生。本研究证

Roseburia intestinalis 乳腺炎研究论文基础研究产丁酸盐菌

CRISPRi技术

Nature子刊：使用CRISPRi技术从复杂文库中高通量检索所需序列

随着测序技术的快速发展，从宏基因组文库中捕获DNA为探究微生物多样性提供了新机遇，目前构建大型宏基因组文库中靶向检索克隆仍需要多步稀释和PCR筛选，严重阻碍了进程。 CRISPR-Cas已被用于精确克隆目标基因组序列，但还未能从复杂的宏基因组库中访问序列。近日，美国洛克菲勒大学在Nature Biotechnology发表最新研究，利用核酸酶活性缺失的Cas9建立了一个CRISPR反筛选中断线路，可高效的从复杂文库中检索目标克隆。总之，该研究为科研人员挖掘以前无法接触到的微生物群落多样性提供了新工具，值得关注和尝试。

CRISPRi技术遗传多样性研究论文基础研究细菌天然产物

菌群-免疫互作

Nature子刊：菌群暴露仅能短暂抑制小鼠肺部ILC2对过敏原的应答

Nature Immunology上发表的一项最新研究结果，将实验室小鼠与宠物小鼠同窝饲养，接受生理条件下的菌群暴露，可短暂诱导干扰素受体信号活化，从而抑制实验室小鼠的肺部ILC2对过敏原的应答，但无法诱导对过敏原的长期脱敏。

菌群-免疫互作 2型天然淋巴细胞（ILC2）过敏研究论文基础研究

胆汁淤积症

南京市中医院：大黄硝石汤如何通过调节肠菌改善胆汁淤积症？

胆汁淤积症以胆汁酸循环障碍为特征，通常与肝细胞屏障功能受损有关，目前，胆汁淤积症患者在寻求诊断和治疗方面面临诸多障碍，大黄硝石汤（DHXSD）是临床上治疗胆汁淤积症的古老经典方剂，但其潜在的治疗机制尚不清楚。近日，南京市中医院Yang Zhao, Guoxue Zhu及团队在Microbiology spectrum发表最新研究，利用α-萘异硫氰酸酯（ANIT）诱导构建胆汁淤积大鼠模型，通过转录组学联合16S测序发现胆汁淤积与代谢和微生物失调有关，DHXSD可以通过调节肠道菌群改善胆汁淤积的代谢紊乱。

胆汁淤积症大黄硝石汤研究论文基础研究中医药治疗

工程菌

工程菌缓解小鼠的自身免疫疾病及炎症

工程菌自身免疫疾病巨噬细胞 Treg 吲哚

病毒组

IMG/VR v4：用于查询未培养病毒基因组多样性和进化史的数据库更新

自2020年11月发布IMG/VR v3后（由18,373个培养的病毒基因组和2,314,329个未培养的病毒基因组组成），最近美国能源部联合基因组研究所研究人员在Nucleic Acids Research发布了新版本的更新，IMG/VR v4提供了从宏基因组获得的最大病毒基因组集合，共包含有1500万个病毒基因组，相比上一个版本，增加了约6倍。同时，IMG/VR v4还更新了病毒序列识别方法，以及相关界面的优化。总之，该数据库拥有迄今为止最大的病毒组集合，有利于研究人员进一步探究病毒进化历史和病毒编码的功能多样性，值得关注。

病毒组数据库研究论文基础研究生物信息学分析

dbCAN-seq更新

用于评估菌群CAZyme基因簇和底物的dbCAN-seq数据库更新

碳水化合物活性酶（CAZymes）对人类健康、营养、肠道微生物组、生物能源、植物疾病和全球碳循环的研究极为重要。随着组装技术的更新，来自各种生态环境的数十万个宏基因组组装基因组 (MAGs) 现在可以在公共数据库中获得。近日，美国内布拉斯加大学团队在Nucleic Acids Research发表最新研究更新了dbCAN-seq数据库 ( https://bcb.unl.edu/dbCAN_seq），这次更新主要体现在两个方面：首先，dbCAN-seq提供了来自四个生态环境（人类肠道、口腔、牛瘤胃和海洋）9421个MAGs的498000个CAZyme和169000个CAZyme基因簇（CGCs）；另外，使用了两种新方法来预测微生物组CGCs的底物，并提供了底物查阅功能，允许搜索针对不同微生物组中预测特定底物的CGCs，值得关注和使用。

dbCAN-seq更新 CAZymes 研究论文基础研究宏基因组组装基因组 (MAGs)

益生菌

四川师范大学：益生菌可缓解β-氯氰菊酯暴露对小鼠的有害作用

β-氯氰菊酯是一种高效杀虫剂，但可能影响饲料转化率、生殖健康及食物安全。四川师范大学的赵甲元团队在Chemosphere上发表的一项最新研究结果，发现口服蜡样芽胞杆菌GW-01可缓解β-氯氰菊酯暴露后的体重降低、肝功能受损及肠道菌群变化。

益生菌蜡样芽胞杆菌GW-01 研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）

益生菌

国内团队：约氏乳杆菌激活CD206+ 巨噬细胞产生IL-10，从而缓解结肠炎

浙江大学医学院附属第二医院的王良静团队、浙江大学医学院附属邵逸夫医院的陈淑洁团队、浙江省农业科学院的刘伟团队在Gut Microbes上发表的一项最新研究结果，发现约氏乳杆菌可通过TLR1/2-STAT3信号通路激活肠道CD206+ 巨噬细胞，促进其分泌IL-10，从而缓解小鼠结肠炎。在溃疡性结肠炎患者中，IL-10的表达水平与约氏乳杆菌的丰度呈正相关。

益生菌结肠炎研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）

RNA剪接

Nature子刊：HP1γ调控溃疡性结肠炎中的RNA剪接

RNA剪接异染色质蛋白1 研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）

口腔噬菌体

康禹+王娟：口腔链球菌噬菌体增多是自闭症典型特征

自闭谱系障碍（ASD)是一种复杂的神经性和发育性疾病。由于对其病理机制认识的不足，目前没有特别有效的临床干预手段。近年来的研究发现，ASD的一个主要特征是在大脑和肠道中的慢性炎症反应，表明肠道菌群与ASD的发生关系密切。而作为与肠道菌群关系密切的口腔菌群也被证明与ASD的发生密切相关。影响菌群的构成一个重要的因素是人体共生的噬菌体的组成，但目前对于共生噬菌体与ASD的发生是否相关并不清楚。近期中国科学院北京基因组研究所康禹课题组和北京大学王娟课题组联合在NPJ Biofilms and Microbiomes上发表了其对ASD研究的最新成果，他们发现ASD患者口腔噬菌体丰度和多样性显著降低，而链球菌噬菌体丰度增加，该噬菌体毒理因子和链球菌丰度的增加与ASD的发生显著正相关。这一研究成果为口腔-大脑轴提供了新的证据，为通过改善口腔菌群而干预ASD提供了科学依据。

口腔噬菌体链球菌噬菌体口脑互作自闭症谱系障碍（ASD）研究论文

化疗耐药

氨基酸感知通路调节结直肠癌的进展及耐药

mTORC1可促进肿瘤生长并抑制治疗应答，生长因子信号是主要的mTORC1激活机制，氨基酸也可通过GATOR的氨基酸感知激活mTORC1。Gastroenterology上发表的一项最新研究结果，发现氨基酸感知通路失调可驱动mTORC1活化，促进结直肠癌的发生发展，并导致结直肠癌的化疗耐药。对于氨基酸感知通路失调的结直肠癌细胞，限制氨基酸可导致合成致死。该研究结果提示，限制膳食蛋白质摄入或有助于结直肠癌的治疗。

化疗耐药结直肠癌研究论文基础研究代谢重编程

炎症性肠病（IBD）

IBD与乳糜泻及乳糜泻自身免疫间有何关联？

炎症性肠病 (IBD) 和乳糜泻 (CeD) 是两种涉及胃肠道慢性免疫介导疾病，多种因素影响两种疾病的发生和发展。IBD与CeD之间是否有关联，目前仍存在较大的争议。近日，以色列卡普兰医疗中心研究人员在Journal of Crohn's and Colitis发表最新研究，基于以色列IBD患者的epi-IIRN国家数据集探究IBD与CeD及乳糜泻自身免疫（CeA）间的关联。发现相比对照组，CeD和CeA在IBD患者中更常见，尤其是患有IBD的儿童群体中，值得关注。

炎症性肠病（IBD）乳糜泻研究论文基础研究免疫失调

肥胖

高淀粉饮食或可促使肥胖小鼠保持胰岛素敏感性？

肥胖通常与肝脏和肌肉的胰岛素抵抗有关，会增加患2型糖尿病的风险，但发现部分肥胖人群仍然对胰岛素敏感。近日，澳大利亚悉尼大学研究人员在eLife发表最新研究，基于动物模型，探讨给小鼠喂食高脂肪（Hi-F）、高淀粉（Hi-ST）及标准饮食对其体重、葡萄糖耐量、胰岛素敏感性和组织脂质的影响，发现尽管脂肪组织过多，但喂食Hi-ST饮食的小鼠仍保持较好的葡萄糖耐受性和胰岛素敏感性，这表明营养摄入类型可能是决定葡萄糖稳态的一个重要因素。Hi-ST和Hi-F小鼠骨骼肌和肝脏中脂质组成差异也进一步支持了这一观点，即单个脂质种类可能是影响胰岛素抵抗更重要的决定因素（而不是总脂质水平），改变这些特定脂质的干预措施可能更有助于缓解相关代谢疾病。

肥胖胰岛素敏感性研究论文基础研究高淀粉饮食