研究论文

胰高血糖素样肽-2（GLP-2）肠道乳糜微粒一氧化氮合酶研究论文

Microbiome最近发表的文章，阐述了纯化膳食纤维用作补充剂时的功效，发现阿拉伯木聚糖（AX）的饱腹作用与特定细菌类群相关，其它功效则可能与菌群无关。

阿拉伯木聚糖（AX）肠道菌群研究论文

维生素E与癌症的关联仍有争议。南京医科大学的杜牧龙团队在BMC Medicine上发表的一项纵向队列研究结果，通过孟德尔随机化法，在包含超过60万名欧洲受试者的队列中鉴定出了与循环维生素E水平及饮食维生素E摄入相关的SNP，但在包含超过35万名欧洲受试者的验证队列中，未观察到基于遗传因素预测的循环维生素E水平或饮食维生素E摄入与癌症风险的关联。

维生素E 癌症研究论文孟德尔随机化法纵向队列研究

病毒基因组

一种快速和精确的构建病毒宏基因组组装基因组（vMAGs）工具vRhyme

通过分箱技术从宏基因组数据中恢复细菌、古菌甚至真核生物至关重要，但针对病毒基因组的组装恢复工具相对较少。近日，研究者在Nucleic Acids Research发表最新研究，他们开发一个快速和精确的构建病毒宏基因组组装基因组（vMAGs）工具—vRhyme（https://github.com/AnantharamanLab/vRhyme）。vRhyme它是一种多功能工具，利用覆盖度方差比较和序列特征的监督机器学习分类来构建vMAGs，值得相关生信人员进一步尝试和比较。

病毒基因组 vRhyme 研究论文基础研究机器学习

极早产儿

Cell子刊：双歧杆菌促进极早产儿肠道菌群成熟

益生菌干预越来越多地应用于临床，包括用于早产儿以预防坏死性小肠结肠炎。Cell Host & Microbe发表的文章阐述了采用包含双歧杆菌和乳酸杆菌的混合配方（短双歧杆菌HA-129、两歧双歧杆菌HA-132、婴儿双歧杆菌HA-116、长双歧杆菌HA-135、鼠李糖乳杆菌HA-111），可以修复极早产儿的肠道微生态，促进菌群成熟至足月婴儿水平，并减少炎症反应。

极早产儿益生菌研究论文基础研究肠道菌群

克罗恩病（CD）

Gut： MLCK1-FKBP8结合或是克罗恩病的潜在治疗靶点？

克罗恩病（CD）是一种可影响消化道任何部位及肠外器官的慢性、持续性、炎性疾病。肠屏障丧失是CD的危险因素，这可能与肌球蛋白轻链激酶 1 (MLCK1；在肠上皮细胞中表达的MLCK 剪接变体) 的表达增加和酶促激活有关。近日，安徽医科大学左莉联合国外团队在Gut上发表最新研究，发现MLCK1可以和他克莫司结合的FKBP8 PPI结构域发生互作，这些相互作用对于 MLCK1 募集、MLC 磷酸化和 TNF 诱导的屏障丧失至关重要。阻断MLCK1-FKBP8结合，在体外和体内可逆转MLCK1-FKBP8互作、MLCK1 募集和屏障丧失。总之，该研究为有效治疗克罗恩病提供了靶点。

克罗恩病（CD）肠屏障丧失研究论文医学研究临床对照实验

噬菌体疗法

南京农业大学：抗细菌感染，噬菌体或优于抗生素？

产志贺毒素大肠杆菌（STEC）O157:H7血清型对公众健康造成了很大的影响，且抗生素耐药菌株的比例不断增加。南京农业大学的汤芳团队在Microbiology spectrum上发表的一项最新研究结果，发现在STEC O157:H7 EDL933感染的小鼠模型中，相比于抗生素（恩诺沙星），噬菌体鸡尾酒的疗效相似（生存率90% vs. 100%），且可更好地促进小鼠感染后的恢复。

噬菌体疗法研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）产志贺毒素大肠杆菌（STEC）

菌群-免疫互作

柔嫩梭菌群诱导的CD4+ CD8α+ Treg在肠道炎症中起保护作用

柔嫩梭菌群具有抗炎作用，在IBD患者中减少。在人结肠固有层中含有一群CD4+/CD8α+ 调节性T细胞（DP8α Treg），在IBD患者中也有所减少。JCI insight上发表的一项最新研究结果，在HLA人源化小鼠中发现，柔嫩梭菌群+DP8α Treg（而非单独的DP8α Treg）可缓解DSS诱导的结肠炎。在IBD患者中，可观察到DP8α Treg与疾病活动度的负相关。在健康人及回肠克罗恩病患者中，DP8α Treg与柔嫩梭菌群呈正相关。

菌群-免疫互作研究论文基础研究调节性T细胞 CD4+/CD8α+ 调节性T细胞

饲养密度

Cell子刊：研究小鼠肠道菌群，饲养密度仍需慎重考虑？

通过小鼠研究评估微生物组内的差异对于了解其对人类健康和疾病易感性的影响至关重要，但小鼠同笼效应的食粪行为一定程度上掩盖了微生物组的治疗效果。虽然单独饲养的老鼠会完全消除同笼效应，但老鼠是群居动物，动物福利方面的考虑排除了单独饲养老鼠的可能性，除非有强有力的科学依据。近日，研究人员在Cell Reports发表了最新研究，通过降低小鼠饲养密度（2、4只/笼）来探究抗生素（恩诺沙星、广谱抗生素）对菌群效应的影响，进而评估笼内/间的菌群丰富性及多样性，发现降低饲养密度可减少同笼效应，提高检测肠道菌群治疗效果的统计能力。总之，该研究为未来动物实验设计提供了新指导和见解，值得相关人员尝试。

饲养密度肠道菌群研究论文基础研究统计功效

芳香烃受体信号

Cell子刊：青黛-植物芳香烃受体激动剂在IBD治疗中的潜在用途

虽然已有很多研究揭示芳香烃受体（AhR）、配体可以介导调节性T细胞免疫调控。但其分子具体机制，以及内源、外源AhR激动剂效应的异同尚不清晰。Cell Reports最新发表的文章对此进行了挖掘。

芳香烃受体信号调节性T细胞(Tregs) 研究论文

病原菌感染

施莽+安同庆等：用“全感染组”方法解析猪传染病的病因

全球养猪行业不断受到传染病的影响，导致大规模死亡、贸易限制和产量大幅下降。由于猪病的病种多、病原复杂、存在混合感染和隐性感染现象。目前，仅靠监测单一病原体不能充分体现病原感染的全貌，因此需要建立一种广谱的病原微生物监测技术平台。近日，中山大学施莽、农科院哈尔滨兽医研究所安同庆及团队在Microbiome发表最新研究，通过全感染组分析猪的病因，共检测到34种RNA病毒、9种DNA病毒以及多种细菌和真菌，发现多数发病猪体内普遍存在病毒、细菌或真菌的混合感染。此外，相比于单一病原体，使用多重病原体去解释大多数猪疾病的效果更好。总之，该研究为未来进一步防治猪传染病提供新参考。

病原菌感染宏转录组学研究论文基础研究其它哺乳动物（猪羊牛等）

评估方法膳食纤维研究论文

Microbiology spectrum上发表的一项横断面队列研究结果，对比了缓解期IBD患者与健康对照的肠道菌群多样性及组成差异，发现IBD患者中的类黄酮降解菌富集，且鉴定出与克罗恩病相关的肠杆菌科可能导致慢性炎症。

IBD 研究论文横断面队列研究

hifiasm-meta

Nature之刊：基于HiFi数据的三代宏基因组组装工具hifiasm-meta

宏基因组样品的从头组装是探究微生物群落的常用方法，近日，李恒团队在Nature Methods上发表最新研究，在hifiasm的基础新开发了hifiasm-meta（https://github.com/lh3/hifiasm-meta）工具，一种针对HiFi数据的高准确性宏基因组组装软件。在真实数据集上评估了三个HiFi宏基因组组装软件，Hifiasm-meta可以很好的重构其他组装软件发现的大多数高质量的contigs，同时在接近完整的contigs中，Hifiasm-meta的组装效果优于HiCanu和metaFly，值得相关生信人员关注和尝试。

hifiasm-meta 组装工具研究论文基础研究

急性髓系白血病（AML）

国内团队：肠道菌群失调或和白血病发病有关？

急性髓系白血病（AML）是一种常见的急性白血病，其特点是起病急、进展快，骨髓中髓系定向造血干细胞变异使骨髓髓系细胞分化受阻, 正常造血受抑。多数患者长期生存较差，且容易复发。多项研究发现肠道菌群与肿瘤息息相关，但其在AML进展中的作用仍未被充分探究。近日，山东大学齐鲁医院马道新团队在Nature Communications发表最新研究，通过16S rRNA测序和代谢组学联合分析，发现AML患者和AML小鼠模型中存在肠道菌群失调及丁酸盐水平降低现象，而肠道菌群失调及丁酸盐减少会造成AML小鼠肠粘膜屏障受损，促进脂多糖渗入血液，加速AML病程进展。通过粪菌移植、丁酸盐灌胃手段，可修复小鼠肠道粘膜屏障，抑制LPS进入血液，达到减缓或治疗白血病的效果。总之，该研究为未来改善AML患者预后及制定有效的治疗策略提供了新思路。

急性髓系白血病（AML）肠道菌群失调研究论文医学研究动物实验

肿瘤免疫治疗

Cell子刊：阻断IL-6可降低免疫治疗的肠道毒性，并增强抗肿瘤免疫

免疫检查点阻断剂（ICB）可能诱导免疫相关不良事件（irAE）。Cancer Cell上发表的一项最新研究，在接受ICB治疗并发生免疫相关小肠结肠炎（irEC）的肿瘤患者中，发现IL-6表达、中性粒细胞及趋化标志物显著增加，且Th17细胞富集。在肿瘤小鼠中，阻断IL-6可减少肿瘤中的Th17细胞、巨噬细胞及髓系细胞，并增加Th1及CD8+ 效应T细胞的肿瘤浸润，从而缓解ICB诱导的irAE，并增强抗肿瘤免疫应答。

肿瘤免疫治疗 IL-6 研究论文医学研究抗肿瘤免疫

CAR-T细胞治疗

北肿团队：Claudin18.2 CAR-T治疗胃肠道癌症安全有效

北京大学肿瘤医院的沈琳团队在Nature Medicine上发表的一项1期临床试验的中期结果，在接受37名Claudin18.2 CAR-T细胞治疗的胃肠道癌症患者中，未发生3级以上的细胞因子释放综合征或神经毒性，总应答率及疾病控制率分别达到了48.6%及73.0%，在胃癌患者中的总应答率及疾病控制率分别为57.1%及75.0%。

CAR-T细胞治疗研究论文医学研究 1期临床试验胃肠道癌症

新冠病毒

国内团队：恒河猴感染新冠病毒后的肠道及肺部免疫应答

中国医学科学院医学生物学研究所的刘龙丁团队、李琦涵团队、Haijing Shi团队与和占龙团队在Cell Reports上发表的一项最新研究结果，对比了恒河猴在感染新冠病毒后的肠道及肺部免疫应答。发现相比于肺部，肠道中的症状并不明显，且在感染后期的IFN应答相关基因及炎症应答被显著抑制。虽然肠道T细胞在感染后被激活，但B细胞及潘氏细胞的累积抑制了肠道的炎症应答及组织损伤。

新冠病毒研究论文基础研究灵长类（猿猴）肠道免疫

水凝胶

瑞金医院：新型蛋白水凝胶或可用于IBD治疗

上海交通大学医学院附属瑞金医院的崔文国团队、王正廷团队与Lei Wang团队在Advanced Science上发表的一项最新研究，开发了一种交联了BSA及肝素的新型蛋白水凝胶，在结肠炎小鼠中可抑制炎症因子表达、微血栓形成及出血风险，并增强修复因子以改善粘膜愈合，从而缓解结肠炎。

水凝胶 IBD 研究论文基础研究微血栓形成

替莫唑胺

替莫唑胺增加大肠癌突变负荷，提高免疫治疗应答

大多数转移性结直肠癌患者的错配修复（MMR）正常，对免疫治疗不应答，而错配修复缺陷的患者对免疫检查点阻断治疗的应答较好。前期的研究显示，结直肠癌模型中，使用替莫唑胺（TMZ）会导致MMR缺乏、肿瘤突变负担增加以及对免疫治疗敏感。Cancer Discovery上报道了ARETHUSA的临床试验结果，发现TMZ治疗能够导致MMR基因失活，增加其对免疫治疗的敏感性。

替莫唑胺研究论文结直肠癌错配修复缺陷肿瘤突变负荷

宏基因组

Microbiome：评估生物群落特异性基因集的宏基因组组装方法

目前，将宏基因组reads组装成contigs，单样本组装和多样本混拼（co-assembly）是两种常用的组装方法，这两种方法都存在潜在的优点和缺点。近日，microbiome发表最新研究，作者在这两种组装方法的基础，开发了一种混合组装方法（Mix-assembly），其核心是将两种方法得到的基因聚类进而获得混合非冗余基因集。进一步使用该方法对波罗的海环境样本重新分析，结果将原始基因集扩大了10倍。总之，该研究表明通过混合组装方法或许是增加宏基因组样本信息的一种可行方法，值得关注和尝试。

宏基因组混合组装方法研究论文基础研究

乳制品

51万中国人随访11年：吃太多乳制品或增加3种癌症的风险

BMC Medicine上发表的一项前瞻性队列研究结果，对超过51万名中国成年人进行10多年的随访后发现，乳制品摄入与总癌症、肝癌、女性乳腺癌及淋巴癌的风险呈显著正相关，校正多变量后，乳制品摄入仍与总癌症、肝癌及女性乳腺癌的风险呈显著正相关。

乳制品研究论文前瞻性队列研究癌症

Zbtb20

Science子刊：肠道特有的调节型T细胞——Zbtbt20 Treg细胞

BTB- ZF是一类有49个成员的转录因子，该家族转录因子N端具有蛋白-蛋白互作结构域，C端有Zn指DNA结合结构域。目前研究显示，该家族蛋白均参与调控不同免疫细胞的分化，提示BTB- ZF可以用于发现和鉴定不同的免疫细胞类群。近期一篇发表在Science子刊Science Immuology上的研究工作发现，BTB- ZF成员之一Zbtbt20，主要在一类表达FoxP3的调节T（Treg）细胞中表达，Zbtbt20和FoxP3阳性的Treg细胞与传统的Treg细胞不同，该类型Treg细胞组成型表达IL-10，初级激活时会产生高水平的细胞因子；该类型Treg细胞且主要存在于肠道中，参与肠道的炎症调控，而该类群细胞的缺失会导致肠道炎症易感。这些研究结果揭示了一种新的调控肠道稳态的Treg细胞类群，对肠道免疫的研究提供了重要的科学证据。

Zbtb20 Treg 组成行表达IL-10 肠道富集胸腺淋巴细胞

孕期饮食

Nature子刊：孕期饮食很重要，影响2代小鼠健康

既往诸多流行病学证据表明孕期不健康/高脂饮食可能对胎儿的健康造成影响。但是其中的机制并不清楚。本研究通过动物实验，证明了孕期的高脂饮食可能通过改变表观遗传组从而对后代健康造成影响。

孕期饮食研究论文表观遗传 DNA甲基化

菌群-免疫互作

肠道菌群与造血干细胞移植后的CD4+ T细胞恢复相关

较低的肠道菌群多样性与同种异体造血干细胞移植（HCT）后的较差结局相关。Blood上发表的一项最新研究结果，在894名接受同种异体HCT的患者中发现，较高的粪便菌群多样性与移植3个月后较高的CD4+ T细胞数量相关，并与较高的总生存率及较低的非复发性死亡率相关。另外，粪便菌群中的葡萄球菌属丰度与CD4+ T细胞的恢复呈负相关。

菌群-免疫互作造血干细胞移植研究论文 CD4+ T细胞纵向队列研究

结直肠癌筛查

JAMA子刊：50岁前做肠镜，预防大肠癌更有效

JAMA Oncology上发表的一项前瞻性队列研究结果，对超过11万名美国女性进行数十年随访，与未接受下消化道内镜检查（乙状结肠镜检查或结肠镜检查）者相比，50岁以前开始接受内镜检查与结直肠癌风险及55岁前的结直肠癌风险降低相关。另外，相比于50岁以后开始接受内镜检查，50岁以前开始接受内镜检查与结直肠癌风险降低更多相关。

结直肠癌筛查研究论文前瞻性队列研究结直肠癌下消化道内镜检查

母婴菌群

浙江大学：母猪摄入发酵饮食，可抑制仔猪的肠道炎症

浙江大学的汪以真团队在Gut Microbes上发表的一项最新研究结果，母猪摄入发酵饮食（MFD）可通过富集母猪肠道菌群中的乳杆菌属，并增加乳汁中的L-谷氨酰胺，从而加快后代仔猪的肠道菌群成熟，以促进后代仔猪的体重增加，并降低腹泻发病率。将MFD母猪的粪菌移植给幼鼠，可缓解LPS诱导的肠道屏障损伤。

母婴菌群研究论文基础研究猪其它动物

益生菌

国内团队：抗精神病药物使人长胖，益生菌+膳食纤维或可改善

中南大学湘雅二医院的吴仁容团队上海市精神卫生中心的袁逖飞团队在Translational Psychiatry上发表的一项随机临床试验结果，在118名因服用抗精神病药物导致体重增加的受试者中进行12周的干预后发现，每日补充益生菌+膳食纤维可显著降低体重、BMI及总胆固醇，并调节肠道菌群。

益生菌研究论文医学研究随机对照试验体重增加

人造肉

Nature：基于微生物蛋白的“人造肉”能带来多少环境效益？

畜牧业可能对环境产生多种不利影响，包括破坏森林、排放温室气体、大量用水及富营养化。植物肉、细胞培养肉及微生物蛋白等“人造肉”可能减少畜牧业的影响。Nature上发表的一项最新研究，基于生命周期评估模型，定量预测了使用微生物蛋白替代反刍动物肉类，对牧场面积、农业用水、森林砍伐、温室气体排放等环境指标的改善作用。

人造肉研究论文微生物蛋白环境效益

饮食质量

饮食质量与男性心衰风险

American Journal of Clinical Nutrition上发表的一项前瞻性队列研究结果，对近4.5名男性受试者进行约20年的随访后发现，饮食质量与总体的心力衰竭风险无显著关联，但较高的饮食质量与较低的射血分数降低的心衰风险相关。

饮食质量研究论文前瞻性队列研究心力衰竭