肠道细菌

70%的造血细胞移植(HCT)受者发生中性粒细胞减少热(NF)，预防和治疗NF的抗生素会破坏肠道菌群，菌群的失衡预示着更高的移植后死亡率。Clinical Infectious Diseases近期发表的文章，发现异体造血干细胞移植（HCT）后发生中性粒细胞减少性发热（NF）的患者，其肠道菌群中Blautia的丰度较低。提示Blautia可能有助于预防NF，从而减少抗生素使用和移植相关的死亡率。

造血干细胞移植中性粒细胞减少性发热肠道细菌

肠道细菌

Nature子刊：肠道细菌如何抵御外源细菌入侵？

微生物群落通过抵抗病原入侵为宿主提供保护。宿主的共生菌群通常会阻止外源细菌定植，但这种保护机制尚不清楚。粪肠球菌质粒pCF10的接合转移功能由肽信息素诱导，可在小鼠肠道内有效转移。发表在Nature Communications上的一项研究发现，由粪肠球菌染色体编码的信息素C和pCF10质粒编码的信息素I分别通过诱导和抑制接合转移的发生，可增强含pCF10质粒的供体菌向已定植了不含质粒的受体菌的小鼠肠道的入侵以及已定植供体菌对受体菌入侵的抵抗力，并表明初始肠道菌群是主要的决定因素，为共生菌群如何抵抗外源细菌入侵提供了新的见解。

肠道细菌接合转移信息素无菌小鼠模型

基因转移

Cell子刊：人类肠道细菌含有降解海藻的基因

人类体内有许多种结肠细菌，它们消化常见陆生植物中的纤维多糖。部分地区的居民食用了含有独特多糖的可食用大型海藻，目前尚不清楚肠道细菌如何适应来消化这些营养物质。Cell Host and Microbe近期发表的文章，发现多个独立的事件将编码海藻降解酶的基因转移到人类肠道细菌中。研究进一步强调了人类肠道微生态系统的代谢可塑性，以及在饮食选择压力下基因交换的普遍性。

基因转移肠道细菌海藻降解酶

结直肠癌

Nature子刊：卟啉单胞菌产生丁酸促大肠癌

结直肠癌丁酸盐肠道细菌卟啉单胞菌

肠道细菌

食性影响哺乳动物肠道中的产B族维生素菌

虽然大多数哺乳动物从饮食中获得足够的维生素，但据报道圈养动物体内缺乏各种B族维生素（生物素、钴胺素、核黄素、硫胺素等）。而肠道微生物能够合成维生素B，并协助宿主维持维生素平衡。mSystems近期发表的文章，揭示出食草动物、杂食动物和肉食动物有不同的微生物群落，这些微生物可能会进行维生素合成。与特定B族维生素、钴胺素和硫胺素合成相关的基因丰度在食肉动物最高。这些数据揭示了微生物在各种哺乳动物，特别是食肉哺乳动物体内维生素平衡中的潜在重要性，对于理解圈养动物肠道菌群和营养需求之间关系具有重要意义。

肠道细菌喂养策略 B族维生素

胆汁酸

人体肠道菌如何转化胆汁酸？

肠道细菌通过化学修饰宿主合成的初级胆汁酸，即次级胆汁酸，可作为信号分子，调节宿主的脂质、葡萄糖和能量代谢，并通过选择性抗菌特性影响肠道微生物组成。然而，目前还不足以预测某一特定微生物如何影响胆汁酸代谢，从而影响宿主生理。mSystems最近发表的文章，对人体肠道中常见的72种细菌的胆汁酸转化能力进行了系统的体外研究。结果发现肠道细菌具有广泛的转化和结合胆汁酸的能力，同时也确定了新的结合次级胆汁酸。本研究结果或可有助于更好地了解肠道微生物群是如何影响胆汁酸池的。

胆汁酸肠道细菌微生物结合胆汁酸

肠道细菌

一种降解人肠道粘蛋白的新细菌

对于许多与人类疾病有关的细菌物种来说，内层黏液层是一个重要的生态位。Allobaculum mucolyticum是丹毒丝菌科的一种细菌，可能与肠上皮有密切互作，且与炎症性肠病（IBD）相关。Gut Microbes近期发表的一项研究表明，这种细菌可降解肠上皮黏液层中的粘蛋白O-聚糖，可能是其促进IBD的潜在机制。

肠道细菌肠道黏液层粘蛋白

卡拉胶

王欣+于广利+魏泓：卡拉胶寡糖及其降解细菌诱导小鼠肠炎

肠道是饮食和药物成分发生二次反应的大熔炉，2021年8月13日，Journal of Genetics and Genomics在线发表了浙江省农科院省部共建农产品质量安全危害因子与风险防控国家重点实验室王欣研究员团队、中国海洋大学于广利教授团队和中国人民解放军陆军军医大学魏泓教授团队合作完成的“Carrageenan oligosaccharides and associatedcarrageenan-degrading bacteria induce intestinal inflammation in germ-free mice”的研究论文。该论文报道了肠道分离获得的卡拉胶降解菌可以加重诱发直肠炎症。该研究为进一步认识卡拉胶的安全性，规范卡拉胶在食品和药品生产中的应用提供参考。

卡拉胶肠道细菌木糖拟杆菌 RNA-seq 免疫

肠道细菌

蜜蜂肠道细菌的共存机制

微生物群落中的成员之间存在着广泛的合作和竞争，特别是代谢能力相近的物种之间的资源竞争。目前，功能冗余的物种如何在肠道等微生态系统中共存尚不清楚。由于蜜蜂的肠道菌群复杂性较低，且在实验上易于控制，因此它们为研究宿主中的微生物相互作用提供了一个理想的模型。来自瑞士的科研人员在eLife上发表的一项研究发现，功能相近的四种乳酸杆菌在蜜蜂肠道中的共存是营养依赖型的，它们彼此之间糖代谢功能的差异可能是使这四个物种在花粉存在的情况下共存的关键因素。这些发现表明，通过分享宿主饮食中提供的不同营养，功能密切相关的细菌可以在肠道中共存。因此，蜜蜂和其他动物的饮食摄入差异可能会影响肠道细菌的多样性，并可能影响动物的健康。

肠道细菌蜜蜂微生物互作宏转录组学饮食-菌群互作

肠道细菌

Cell：工业化加速了人肠道菌群中的基因转移

工业化影响了人类肠道生态系统，改变了微生物的组成和多样性。细菌基因组是否也能适应宿主种群的工业化，目前尚不清楚。Cell最新发表的文章，通过对工业化和非工业化地区的15个人群的肠道细菌进行分析，发现基因的水平转移（HGT）在近几代宿主的肠道菌群中积累，发生频率很高，而且工业化的生活方式与较高的HGT比率有关。即肠道细菌在适应宿主生活方式的基础上不断获得新的功能，较高速率的HGT可能与人类历史中工业化发展有关。

肠道细菌基因水平转移工业化 human gut microbiome Industrialization

结直肠癌

多喝酸奶能否预防缓解大肠癌？

经常喝酸奶或有助于维持良好的肠道微生物群和肠道健康。最新发表在American Journal of Clinical Nutrition的研究探索了酸奶和结直肠癌发病率/死亡率的关系。该研究在1980-2012年间，对3,393,373名参与者进行的每年一次的随访发现，经常喝酸奶可以降低近端结肠癌的风险，且潜伏期长。酸奶消耗与结直肠癌死亡率没有明显的反向趋势。

结直肠癌 yogurt colon cancer Rectal cancer microbiota

抗生素

抗生素或对肠道真菌的影响更持久

Microbiome近期发表的文章，显示抗生素药物对人体肠道微生物群具有长期的影响，其中细菌群落在抗生素治疗30天后可恢复，而真菌群落由共生转变为竞争关系。此外，细菌或细菌代谢物可调控肠道真菌的致病性和毒力。

抗生素肠道细菌肠道真菌

微生物-宿主互作

浙大团队：杀虫剂不管用？可能是虫子的肠道细菌解毒了

在农业中大量用于害虫控制的有机磷酸盐杀虫剂已经在世界范围内引起了越来越多的环境问题和公共健康问题。与此同时，主要鳞翅目害虫也快速发展出了对杀虫剂的抗性，其部分原因在于它们的共生微生物。来自浙江大学的邵勇奇团队在Environment International上发表的一项研究中，以家蚕（鳞翅目:蚕蛾科）为模式生物，研究了微生物群促进鳞翅目昆虫产生抗药性的可能机制，表明特定的肠道细菌通过改变宿主代谢、增加关键营养供应显著提高了宿主的适应性，从而使幼虫能够更有效地规避这些有毒化学物质的有害影响。这种新的抗药性机制为研究复杂环境系统中宿主和肠道细菌之间的相互作用提供了有用的模板。

微生物-宿主互作 Insecticide resistance gut bacteria Silkworm

肠道微生物

Cell子刊：肠道中细菌和噬菌体共存的机制

Cell Host and Microbe近期发表的文章，对哺乳动物肠道中细菌和噬菌体共存的机制进行探究，发现噬菌体在肠道的空间分布不均匀，形成细菌的空间避难所，从而促进两者的共存。这可能会影响针对肠道病原体的噬菌体治疗的整体疗效。

肠道微生物 microbiota intestinal microbes mucosa Viruses

遗传多样性

Cell子刊：人源毛螺菌科细菌的物种间和物种内多样性

毛螺菌科细菌是人肠道中含量丰富的专性厌氧菌，通过产生短链脂肪酸、参与胆汁酸代谢、促进对肠道病原体的定植抵抗，影响宿主健康。然而，目前对于它们遗传多样性的认识仍然不足。发表在Cell Host and Microbe上的一项研究，对分离自人源粪便的273株毛螺菌科细菌进行基因组比较分析，揭示了其物种间和物种内的遗传多样性，这些多样性可能影响一个分离菌株影响宿主健康的能力。这些特定功能的鉴定可以促进益生菌群的发展，从而驱动和/或恢复体内微生物功能。

遗传多样性肠道细菌 Microbiome microbiota Symbiotic bacteria

肠道细菌

岩藻糖苷酶助力瘤胃球菌在肠道内定殖

胃肠道内经过唾液酸化和岩藻糖基化作用的多糖能被肠道内的细菌选择性利用，有助于成人和婴儿肠道菌群的组成。尽管岩藻糖在调节成人和婴儿肠道细菌定殖方面很重要，但从人类肠道共生体的生化水平上研究的岩藻糖苷酶数量十分有限。发表在《Cellular and Molecular Life Sciences》上的一篇文章中，研究人员鉴定了一种来自瘤胃球菌（R. gnavus）的岩藻糖苷酶，该酶能够识别被唾液酸覆盖的岩藻糖基化聚糖，并能水解这些底物中的α1–3/4岩藻糖基键，而无需除去唾液酸。这种独特的特异性可能有助于R.gnavus菌株适应不同的营养生态位。由于人多糖上唾液酸岩藻糖基化表位丰度的变化与多种疾病有关，如糖尿病和某些癌症，这些新型岩藻糖苷酶可能在诊断糖组学分析中具有潜力。

肠道细菌 Gut microbiota glycoside hydrolase Mucus Mucin glycosylation

细菌代谢途径

独特的代谢途径助力干酪乳杆菌对宿主N-糖肽底物的利用

共生细菌代谢宿主衍生分子的能力是其在人类肠道中存活的关键。细菌使用N-糖蛋白的糖苷部分已有报道，但还没有评估N-糖肽或糖氨基酸作为细菌生长底物的作用。发表在《mBio》上的一项研究中，研究人员在干酪乳杆菌（L.casei）中鉴定了利用岩藻糖基-α-1,6-N-乙酰葡糖胺基天冬酰胺（6'FN-Asn）的alf-2基因簇，并通过基因敲除和体外酶活测定分别确定了基因簇中每个基因编码蛋白的功能，解析了6'FN-Asn的完整代谢途径。这些结果揭示了宿主和共生/益生菌之间的分子相互作用，并可能有助于设计新的策略来恢复肠道菌群在与菌群失调相关的疾病中的稳态。

细菌代谢途径 Lactobacillus casei alpha-l-fucosidase core fucosylation fucosylated N-glycopeptides

噬菌体-细菌相互作用

Cell子刊：揭秘人肠道细菌的CRISPR-Cas系统

噬菌体大量存在于人类肠道，但其与肠道细菌的相互作用有待探究，尤其是在细菌的“免疫系统”CRISPR-Cas系统层面。Cell Host and Microbe近期发表一项研究，对一种常见人肠道细菌——迟缓埃格特菌的CRISPR-Cas系统进行了深入分析，并构建了一个人类病毒组数据库，可用于搜索CRISPR的靶标噬菌体，有助于深入分析肠道细菌与噬菌体的互作机制。

噬菌体-细菌相互作用 CRISPR-Cas系统人体微生物组肠道细菌噬菌体

减肥手术

减肥手术对肠道菌群影响有限

本文回顾了近期发表于gut的文献（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1094901486），指出减肥手术对肠道菌群结构的影响较小，患者菌群的基因多样性长时间保持低水平，提示肠道菌群可能对代谢机能的显著改善没有作用。本文还对目前的研究空白的方向进行了讨论，值得专业人士参考。

减肥手术肠道细菌 Bariatric surgery Gut microbiota microbial gene richness

非抗生素类药物

Nature: 非抗生素药物同样影响肠道细菌

Nature[IF：40.137]发表研究指出，以人体结构作为靶位的非抗生素类药物，其对肠道细菌可产生类似抗生素的抑菌效应，指示这些药物的胃肠道副作用很可能源于对肠道细菌的影响。非抗生素药物的抑菌效应，暗示细菌存在广谱的耐药机制，很可能是抗生素耐药性积累的风险因素之一。该研究对于控制药物副作用、拓展药物运用范围和管控抗生素耐药性具有重要参考价值，值得专业人士关注。

非抗生素类药物抑菌副作用肠道细菌 Non-antibiotic drugs Antibiotic-like side effects

环境水体

Water：美国地表和地下水中的耐药肠道细菌

前一阵子，关于北京雾霾中的耐药基因的新闻被炒得沸沸扬扬，其实发现耐药基因和耐药菌不是什么新鲜事，不信大家看看在美国地表和地下水中发现的耐药肠道细菌的故事，就不那么恐慌了吧？

环境水体耐药性肠道细菌 Hans C Bernstein Hans C Bernstein

肠道细菌

Cell子刊：多种肠道细菌的特殊多糖能抗炎症

菌群中不同细菌之间，有合作也有竞争，有竞争就需要竞争工具，多种肠道细菌中包含的有抗炎症特性的两性离子荚膜多糖，就是工具之一，关于它们，仔细看看这篇文章，必有收获。

肠道细菌两性离子荚膜多糖 Kristina Guyton John C Alverdy

抗生素

Gut：抗生素到底是好是坏？（综述）

对抗生素的认识，我们不能从一个极端到另一个极端，而是应该客观认识它。滥用会带来新问题，而不用，我们失去了对一些疑难杂症的治疗机遇。这篇综述，对抗生素的好坏做了深入的介绍，写得非常有诚意，推荐必读。

抗生素肠道菌群肠道细菌肠道微生物学肥胖

肠道寄生虫

EJCMID：肠道里的寄生虫和细菌有什么关系？

有无寄生虫在肠道里，细菌组成和比例一样么？

肠道寄生虫肠道细菌 qPCR

微流控技术

NC：胃肠道-细菌交界面微流控体外模型

神奇又靠谱的微流控技术，又有新的发展。

微流控技术人体-细菌交界面肠道上皮细胞肠道细菌共培养

细菌相互作用

Gut：是时候把检测肠道菌群作为伴随诊断了？

① 肠道菌群在疾病诊断、治疗及预后方面的研究还有待深入，以肠道菌群为基础的伴随诊断模型或许可行；② Mondot等人在20例接受手术的克罗恩患者菌群研究中发现，菌群差异可以预测术后复发情况；③ 一些关于癌症药、他汀药及手术对菌群变化的研究证明，菌群在临床中受各种相互作用影响；④ 以菌群为基础诊断，根据菌群选择个性化治疗方案，并利用益生菌、益生元及药物等进行针对靶向菌群的调节成为临床应用方向。

细菌相互作用肠道细菌益生菌益生元 rRNA

肠道细菌

Nature：饮食不健康，子子孙孙的肠道越来越差？

① 膳食纤维中微生物可利用的碳水化合物（MAC）对肠道菌群生态很重要；② 西方饮食（高脂肪、低纤维）造成小鼠肠道菌群多样性降低，在一代内是可逆的，补充高MAC饮食可以恢复多样性；③ 经过几代后，低MAC饮食导致肠道菌群多样性逐渐丧失，且重新引入MAC饮食也不可逆转；④ 将粪菌移植与高MAC饮食结合可恢复后代肠道菌群多样性；⑤ 当膳食中缺乏MAC时，低丰度的细菌类群被低效率地转移到下一代，并且增加其在一个孤立的群体中灭绝的风险。

肠道细菌多样性膳食纤维

肠道病毒

ISME：应对不规律饮食，病毒和细菌响应各不同

饮食扰乱了，细菌、病毒的反应一样么？

肠道病毒肠道细菌饮食 Kieran C O'Doherty Kieran C O'Doherty

肠道细菌

Gut：新的临床前沿——肠道菌群与健康（综述）

去年Gut上一篇必读综述，强烈推荐再次阅读。

肠道细菌

淋巴瘤

CR：对抗白血病，肠道菌群有何靠谱作为？

① 共济失调毛细血管扩张症是一种遗传性疾病，与B细胞淋巴瘤发病率高有关；② 比较多种共济失调毛细血管扩张症小鼠的淋巴瘤发病率，发现肠道菌群影响了小鼠的淋巴瘤发病率、潜伏期、寿命、分子氧化应激以及系统性白细胞遗传毒性；③ 约氏乳杆菌在更易患癌的小鼠中缺失，短期口服补充能降低系统性遗传毒性，减少基础白细胞和细胞因子介导的炎症状态；④ 肠道菌群或是干预B细胞淋巴瘤或其他由遗传毒性、氧化应激分子反应驱动的疾病的潜在靶点。

淋巴瘤肠道细菌系统性炎症氧化应激