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Nature Microbiology
文章数:69篇
多形拟杆菌
Nature子刊:多形拟杆菌的多糖利用位点如何协同合作降解果胶?
这是近期Nature Microbiology上对之前在同一刊物发表的文章(http://www.xunludkp.com/papers/read/1063071660)的新闻评论,对多形拟杆菌降解果胶的机制进行了介绍,配图是文章精华所在,略显复杂,但值得一看。
多形拟杆菌
多糖利用位点
Heather Paul
Raylene A Reimer
菌群稳定性
Nature子刊:老年男性的粪便宏基因组比宏转录组稳定
这是Nature Microbiology同时发表的同一团队的两篇研究论文之一,对比了308名老年男性的粪便宏转录组和宏基因组的稳定性,发现宏基因组稳定性高于宏转录组。这是很值得关注的大样本研究,特别推荐。
菌群稳定性
宏基因组
宏转录组
Stability
Rashmi Sinha
宏转录组
Nature子刊:老年男性粪便菌群中的宏转录组
这是Nature Microbiology发表的一项大样本人群宏转录组研究,针对308名成年男性,做了372份宏转录组样本及929份宏基因组样本的分析,这是迄今为止最大样本数的宏转录组分析研究,值得特别关注。
宏转录组
宏基因组
Metatranscriptome
Gillian A M Tarr
Gillian A M Tarr
炎症性肠病(IBD)
Nature子刊:转录组揭示IBD患者的菌群基因表达水平复杂性
这是Nature Microbiology发表的关于利用宏转录组分析工具揭示炎症性肠病(IBD)患者的肠道菌群基因表达水平差异的研究,充分说明了要结合宏基因组与转录组,才可能真正充分揭示菌群在疾病中的作用机制。只是了解了菌群的物种和基因组成,而不分析基因转录水平的差异,可能并不能充分揭示菌群的规律。很重要的宏转录组研究,特别推荐!
炎症性肠病(IBD)
宏基因组
宏转录组
菌群功能
Mathias Chamaillard
炎症性肠病
Nature子刊:IBD患者的菌群差异,或更多在转录组层面
这是Nature Microbiology发表的关于炎症性肠病患者的宏转录组研究,这是首次大规模分析IBD患者的宏转录组,发现很多基因组丰度不突出的微生物,却可能因为转录组水平高而对健康或疾病起到关键性作用。这或许是会掀起2018年宏转录组研究论文高潮的开篇,我们可以期待今年看到更多相关研究。
炎症性肠病
宏转录组
Xin Li
Iliyan D Iliev
共生菌
Nature子刊:多种方法助菌群因果性研究
这是Nature Microbiology针对之前发表在Nature的研究(http://www.xunludkp.com/papers/read/1084051336)的报道,老规矩,这样的文章看看图就会有收获。
共生菌
菌群功能
因果性研究
Yongguo Li
Katharina Schnabl
肠型
Nature子刊:利用“肠型”对肠道菌群进行分类
这是Nature Microbiology发表的重要文献,包括王俊、赵立平等两位中国科学家在内的29位菌群研究领域的重量级科学家,针对“肠型”这个概念进行了新的探讨,以求推动对这个重要概念的统一认识并将其推到实践。新方案是综合之前多种分型方案之长但充分考虑菌群功能、生态学及临床需求的在线方法。具体方法值得专业人士去深挖,我们仅简要介绍。特别推荐!
肠型
Trevor Beaudoin
Charles M Deber
霍乱弧菌
Nature子刊:群体感应降低霍乱弧菌对宿主的营养消耗
这是Nature Microbiology发表关于在黑腹果蝇肠道中定殖的霍乱弧菌的群体感应相关研究,推荐关注群体感应的专业人士好好看看。
霍乱弧菌
群体感应
节肢动物
琥珀酸盐
脂质
抗生素
Martin等:孕鼠用抗生素,后代菌群受损并易得结肠炎
这是Martin J Blaser领衔发表在Nature Microbiology上的抗生素研究,延续该团队前面的众多相关研究,这项研究设计了全新的实验思路,将受抗生素扰乱的小鼠的菌群移植给不同基因型的孕鼠,研究对后代的不同影响,与很多人的预想一致,他们继续明确了抗生素对孕鼠和后代的不利影响。很值得关注,强烈推荐。
抗生素
代际传递
结肠炎
Jesús Sanchis-Chordà
Pilar Codoñer-Franch
冷冻电镜
Nature子刊:冷冻电镜在微生物学中的应用
这是Nature Microbiology发表的一篇3页文献,文章不长,却系统性讲了在结构生物学中应用很广的冷冻电镜在微生物学中的应用。很具有参考意义,值得认真看一看。
冷冻电镜
Joanna Kaluza
Joanna Kaluza
组学研究
Nature子刊:菌群研究数据,应多多共享!
这是Nature Microbiology发表的关于应克服菌群研究数据共享障碍的评论性文章,观点很明确,建议也很实用,值得菌群领域所有专业人士认真看看。
组学研究
数据共享
数据库
Luis G Bermúdez-Humarán
Philippe Langella
肠道菌群
能不能利用现有数据研究肠道菌群?
① 组学研究(宏基因组、转录组、蛋白组以及影像等)带来了大量的研究数据;但是由于年代、技术、特定方法以及样本的不同,菌群数据库很难共享;② 菌群数据库现有:MG-RAST、Qiita及全球天然产物社会分子网;云存储平台有NIH cloud Commons,Illumina BaseSpace和Figshare;③ 数据的复杂性、多样性及不够标准化是共享的主要障碍;④ 除了公众认可最小报道数据标准外,鼓励/激励数据共享、对生命科学领域人员进行生物信息学培训等是可行办法。
肠道菌群
组学研究
数据库
数据共享
数据再利用
拟杆菌属
Nature子刊:多形拟杆菌是怎样降解果胶多糖的?
这是Nature Microbiology发表的关于人体结肠拟杆菌属降解复杂的果胶多糖的机制研究,这是益生元代谢相关分子机制研究的代表作,值得特别关注。
拟杆菌属
果胶多糖
多糖利用位点
多形拟杆菌
噬菌体
Nature子刊:人体肠道中丰度最高的噬菌体病毒
这是近期Nature Microbiology发表的关于肠道噬菌体病毒的重要研究,值得专业人士好好读读。
噬菌体
枯草芽孢杆菌
Nature子刊:枯草芽孢杆菌群体感应系统中的自体感知
这是Nature Microbiology发表的针对枯草芽孢杆菌的群体感应系统中的自体感应机制的研究,特别推荐关注群体感应的专业人士关注。
枯草芽孢杆菌
群体感应系统
D T Graves
D T Graves
高脂饮食
Nature子刊:高脂饮食抑制疟原虫感染小鼠肝细胞
这是Nature Microbiology在今年9月发表的关于高脂饮食后的小鼠可更好抵御疟原虫感染肝脏的研究,值得专业人士深读。
高脂饮食
疟原虫
肝细胞
氧化应激
β-氧化
安娜·卡列尼娜原则
Nature子刊:菌群变化的“安娜·卡列尼娜原则”
这是Nature Microbiology近期发出的一篇重要但观点独特新颖的文章,系统性阐述了如何将来源于文学名著的“安娜·卡列尼娜原则”(幸福的家庭都很相似,不幸的家庭各有各的不同)应用于描述动物菌群的变化规律。很值得关注的文献,强烈推荐!
安娜·卡列尼娜原则
Taco A van der Meulen
Taco A van der Meulen
真菌
Nature子刊:请不要继续忽视凶猛的真菌感染!
这是Nature Microbiology昨天发出的一篇评论文章,专门呼吁不要忽视真菌尤其是能造成感染的真菌。在细菌和病毒之外,我们确实对真菌关注得少,是时候改变了。特别推荐本文!
真菌
体内成像
Nature子刊:同时标记三种分子,追踪小鼠肠腔细菌的活动!
这是非常重要的技术突破,研究者实现了在活体哺乳动物体内实现同时或单独标记肽聚糖、脂多糖、荚膜多糖等三种分子,从而可以追踪活体肠腔内的细菌迁移情况。很酷,很强大,是未来涉及到菌群研究的必备工具。
体内成像
点击化学
代谢标记
肽聚糖
脂多糖
地外微生物
Nature子刊:微生物学家是时候把目光投向宇宙了!
针对凯特·鲁宾斯在太空中的研究,Nature Microbiology的编辑特别鼓励微生物学家继续把目光投向宇宙,中国的微生物学家们,接受号召么?[呲牙]
地外微生物
国际空间站
Nature子刊:一位微生物学家的外太空实验之旅
在外太空如何开展微生物实验呢?有人就亲自经历过,他的故事值得认真读一读。
国际空间站
海洋微生物
Nature子刊:微生物与全球性海洋变化(综述)
全球性海洋变化,跟微生物有关!这篇综述系统阐述相关联系,值得认真读一读。
海洋微生物
代谢产物
Nature子刊:菌群代谢产物疗法,或比益生元/菌更靠谱
Nature Microbiology出品的精品文章,一定好好读读。
代谢产物
Mesh蛋白–双氧化酶通路
清华程功团队:调节昆虫肠道内稳态的信号通路
来自清华大学程功团队的昆虫肠道菌群信号通路研究,值得读一读。
Mesh蛋白–双氧化酶通路
动物肠道
清华大学
程功团队
双氧化酶(Duox)
肿瘤
Nature子刊:菌群如何促癌或抗癌(长图+综述)
最近火爆朋友圈的日报文章,小秘书也再次分享下。
肿瘤
促癌作用
粪菌移植
益生菌
Jeremy W Cox
革兰氏阴性菌
Nature子刊:抗生素如何被革兰氏阴性菌输入和排出?
关于抗生素在革兰氏阴性菌中被输入和排出的研究,涉及到分子生物学、结构生物学,很值得一看。
革兰氏阴性菌
抗生素
抗生素耐药
Lindsay M Kindinger
David A MacIntyre
炎症性肠病
Nature子刊:IBD病人的肠道菌群动态变化
我们现今很多关于菌群的研究都是一个快照,很少有研究系统性跟踪菌群的动态变化,这项研究给了一个范例,介绍如何做这样的动态研究,值得好好读读。
炎症性肠病
菌群动力学
S Noushin Emami
Ingrid Faye
鸡肉生产链
沈建忠团队:从种鸡场到超市,耐药基因如何传播?
插播中国学者新大作,中国农业大学的沈建忠院士和团队,刚刚在Nature Microbiology上发表关于中国家禽产业链中耐药基因传播的文章,研究对象是鸡,这又为鸡年中国团队的微生物研究打了强心针,在新的一年,我们到底会有多少惊喜,大家拭目以待!
鸡肉生产链
碳青霉烯耐药肠杆菌
大肠杆菌
抗生素耐药
抗生素
生物钟
Nature子刊:请规律进食,和你的肠道节律保持一致
上海交大的赵立平和张晨虹两位老师对Cell之前发表的关于“菌群的昼夜节律驱动宿主转录组的振荡”的论文的简介,按老规矩,图就很值得看,又是赵立平老师参与写作,更值得必读必读。
生物钟
昼夜节律
肝脏解毒
饮食干预
Can Song
海洋微生物
Nature子刊:研究海洋微生物,有何机会与挑战?
关注海洋微生物或者水生微生物的人必读的一篇文献!
海洋微生物
George T O'Connor
Helen M Hollingsworth