黄秀娟教授是亚太地区和全球炎症性肠病的流行病学、遗传学、发病机制研究和治疗的先驱者。她同时专注研究肠道微生物菌群在健康和疾病中的作用，及肠道微生物移植和微生物治疗。她亦在新冠肺炎的研究方面有多项重要发现。
黄教授在著名国际期刊上如Nature Genetics, Cell Host & Microbes, Nature Communications and Lancet等发表的论文逹三百二十多篇。她的研究工作广为认同，曾获三十多个国际重要奖项，包括2023及2022年日内瓦国际发明展金奬及银奖，国家教育部高等学校科学研究优秀成果奖（科学技术）自然科学奖一等奖; 2020, 2021及2022年 科睿唯安(Clarivate) 最广获征引研究人员等。
