转录组RNA-seq

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国内团队：血小板RNA用于预测结肠癌

肿瘤组织样本的分子分析已经成为一种潜在的癌症分类方法。局部组织活检需要手术从肿瘤样本取样切片，这给患者带来很大的痛苦，也不能频繁进行。因此基于血液的“液体活检”渐渐取代创伤性的组织活检，被搬上了癌症诊断的舞台。肿瘤血小板（Tumor-educated platelets，TEPs）检测可以成为基于血液的癌症诊断方法。肿瘤细胞能将（突变的）RNA转入血小板中。TEPs可以检测出血小板所含的肿瘤源性RNA生物标志物，这使其成为具有潜在的癌症诊断功能的诊断方法。然而，TEPs的RNA谱在检测早期结直肠癌（CRC）和非癌性结直肠癌中的作用尚未得到研究。来自华中科技大学的王琳和王征等人发表在Genome Medicine上的一项研究基于CRC患者和非CRC患者（包括健康者和其他类型结肠疾病）TEPs的RNA谱建立均有准确预测功能的机器学习模型，对于鉴别早期大肠癌和非癌症疾病具有潜在的诊断价值。不过仍需要进一步的前瞻性研究以验证其临床相关性。

结肠癌疾病诊断机器学习转录组RNA-seq

肠道拟杆菌

Cell子刊：拟杆菌，肠道感染中的双刃剑？（评论）

拟杆菌属（Bacteroides spp.）是最常见的用于共定植模型的细菌。也多见于悉生动物模型。但也有证据表明，拟杆菌属或可与病菌互养，不利于感染抑制。Trends in Microbiology最新发表的观点对此进行了探讨，特别是不同的RNA-seq方法对Bacteroides spp.是好是坏，提供了不同层面的分析。

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