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StrainGE：追踪和描述复杂群落中低丰度菌株的工具包

与人类相关的微生物群落不仅是微生物物种的混合物，还包括同一物种不同菌株的混合物，由于研究复杂群落样本中菌株水平上变异存在困难，其含义大多未被充分探讨。Genome Biology最近发表文章，作者开发了一种新的生信工具StrainGE（https://github.com/broadinstitute/StrainGE，可基于conda安装），用于从宏基因组数据集中对感兴趣的物种（或属）进行菌株水平的表征和追踪，专门用于捕捉数据稀少的低丰度菌株。在真实的宏基因组数据中，作者发现StrainGE可识别低丰度菌株，并可追踪不同样本中的菌株（包括菌株混合物中的菌株）。总之，StrainGE的开发为从宏基因组数据中识别和区分低丰度的菌株提供新的方法和见解。

菌株追踪宏基因组生信微生物群

菌群如何影响肝脏的表观遗传组和转录组？

肠道菌群产生丰富的短链脂肪酸（SCFA），之前的研究证实微生物来源的SCFA与无菌小鼠的肝脏组蛋白乙酰化之间存在关联。Hepatology近期发表的文章显示，用抗生素清除肠道菌群不会影响小鼠肝脏整体组蛋白乙酰化状态，但会导致肝脏转录组发生强烈的变化。结果表明，依赖于菌群的肝脏表观基因组（如组蛋白乙酰化）总体上是静态的、稳定的，而肝脏转录组会对肠道菌群的变化有更多的响应。

肝脏组蛋白乙酰化微生物群短链脂肪酸（SCFA）

黏蛋白聚糖

如何优化黏蛋白聚糖结构多样性与肠道菌群？（观点）

宿主来源的多聚糖和母乳与菌群的互作对黏膜健康至关重要。Trends in Microbiology发表的观点，对黏蛋白聚糖结构的多样性与肠道微生物的酶库间的协同作用进行了深入探讨，并提出采用黏蛋白聚糖类益生元在生命早期对肠道菌群和黏膜免疫、代谢进行调控。

黏蛋白聚糖微生物群其他

天然淋巴细胞

Cell：肠道菌群塑造天然淋巴细胞谱系和调控

最新上线的Cell，介绍小肠天然淋巴细胞的转录及表观遗传学特征，3种经典天然淋巴细胞亚型的细胞因子表达及代谢活性之间的区别，以及肠道菌群对此有什么影响，很大的article，又特别关注了肠道菌群和ILC。菌群和ILC，还会有很多令人激动的进展。

ILC 天然淋巴细胞表观基因组先天淋巴细胞微生物群