真核微生物

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EukDetect：基于宏基因组测序准确灵敏地检测真核微生物

在包括宿主相关菌群在内的自然微生物系统中，真核微生物会随着细菌和古细菌一起被发现。尽管真核微生物对这些群落至关重要，但使用鸟枪法测序技术研究它们仍具有挑战性，因此经常被排除在外。本文介绍了EukDetect，一种生物信息学方法，可在鸟枪法宏基因组测序数据中识别真核生物。EukDetect具有广泛的真核微生物分类学范围，在低丰度和近缘种上表现良好，并且对真核生物基因组中的细菌污染具有抵抗力。EukDetect提供了一种自动可靠的方法来表征来自各种菌群的鸟枪测序数据集中的真核生物。作者证明了它使使用标准鸟枪测序分析时会被假阳性所遗漏或掩盖的发现成为可能。EukDetect将极大地促进我们对真核微生物如何贡献于菌群的理解。

真菌原生生物藻类线虫节肢动物

真核微生物

18S+28S rRNA双扩增检测人体中的真核微生物

Microbiome上发表的一项研究，利用基于18S和28S rRNA遗传区域和内部转录间隔的双扩增方法，检测了严重急性营养不良患儿体内的真核微生物。

真核微生物营养不良原生动物寄生虫 Ming Zhao

新引物扩展 18S rRNA 测序检测范围

作者针对单细胞真核生物和寄生虫等设计了新的 18S rRNA 扩增引物，大大提高了对这些物种的检测灵敏度，有助于更全面的认识微生物组。

扩增子 18s rRNA基因高通量测序 Eukaryotic pathogens Food and water safety

真核微生物

异常妊娠结局与胎盘中的真核病原体无关

Microbiome上发表的一项研究，对比了异常妊娠结局及健康分娩者胎盘样本中3种真核病原体：恶性疟原虫、酿酒酵母及刚地弓形虫，发现所使用的方法无法检测到胎盘中的上述真核病原体。

真核微生物 18S rRNA gene Fetal growth restriction infection Placenta

TM：真核微生物组对珊瑚礁的重大意义（综述）

国外团队对海洋特别是珊瑚礁相关微生物组的研究一直都格外重视，这篇综述又特别关注于此，系统性总结了珊瑚礁相关真核微生物组的研究进展，很值得一读，特别推荐。

珊瑚礁真核微生物真菌微藻原生生物

婴儿粪便菌群

FM：出生第一年，婴儿肠道古细菌/细菌/真菌有何特征？

婴儿出生后，肠道里的各种微生物都会有什么特征，特别是除了细菌，古细菌、真菌等呈现什么样的状态？这项研究给出了一部分答案。

婴儿粪便菌群剖腹产顺产古细菌真核微生物