首页
热心肠日报
文献库
产业库
榜单
关于日报
《肠·道》演讲
往期精彩
《肠·道》2024
《肠·道》2023
《肠·道》2022
《肠·道》2021
《肠·道》2020
《肠·道》2019
《肠·道》2018
《肠·道》2017
关于《肠·道》
肠道大会
热心肠大会
热心肠智库
智库专家
专家动态
智库新闻
关于智库
奖学金
年度人物奖
更多
HOPE
会议信息
科学与艺术
学术专刊
R·AI
周刊
热心肠先生
研究院动态
关于我们
搜索
登录
关闭
手机邮箱登录
扫码登录
微信扫描二维码快捷登录
验证成功,将在
3
秒钟后跳转
已超时,请
重试
关闭
二维码登录
手机登录
邮箱登录
+86
+1
+852
+886
+81
+65
+61
+44
获取验证码
登录 / 注册
关闭
二维码登录
手机登录
邮箱登录
获取验证码
登录 / 注册
Sara Vieira-Silva
文章数:28篇
肠道病毒组学
PNAS:认识新生儿肠道病毒组变化规律
发表在《PNAS》上的一项针对健康新生儿的长期随访研究发现,新生儿肠道病毒组变化具有一定的规律。既往的研究更多关注的是细菌组,而忽略了真菌和病毒的存在。这项研究为揭示健康婴儿肠道菌群变化规律,为进一步研究婴儿肠道微生物群变化的影响因素提供有价值的科学数据。
肠道病毒组学
研究论文
新生儿
菌群传播
Nature子刊:肠道微生物在多代家族中的传播规律
Nature Microbiology近期发表的一项研究,通过对24个多代(3~5代)家族的女性成员进行肠道菌群的宏基因组学分析,揭示出亲属关系和共同居住是肠道菌群在家庭成员之间传播和留存的关键驱动因素。
菌群传播
肠道菌群
肠道菌群
揭秘婴儿肠道菌群演变史
目前开展的肠道菌群相关研究大部分基于横断面调查和采样,无法揭示菌群的动态变化过程。而本研究关注婴儿出生后第一年内的肠道菌群变化“轨迹”,发现其型别逐渐往成年期的肠道菌群转变。同时,成年期肠道菌群紊乱与婴儿期的肠道菌群存在相似之处,这给肠道菌群的“发育”提供了重要的参考数据。
肠道菌群
儿童
菌群演变
肠道菌群
粪便菌群与小肠和大肠的肠道运输时间有关
Gut上发表的一篇letter,报道了人体BMI和肠道生理情况(小肠和大肠的运输时间、小肠pH等)与粪便菌群组成的关联。
肠道菌群
肠型
肥胖
为何有的胖小鼠更易得糖尿病?与菌群及其代谢物等有关
ob/ob小鼠和db/db小鼠都是瘦素通路的缺陷型小鼠,尽管二者都会发展为严重肥胖,但db/db小鼠更容易发生糖尿病。Microbiome近期发表的一项研究通过对这两种小鼠模型进行比对分析,表明二者的代谢表型差异与特定的炎症调性、血清LPS浓度、胆汁酸代谢、短链脂肪酸谱和肠道菌群组成有关。
肥胖
糖尿病
瘦素信号通路
肠道菌群
LPS
采样深度
Nature子刊:基准菌群转换有利于解决组成性和采样深度偏差的实验定量方法
宏基因组测序中,由于序列矩阵的稀疏性和组成性,菌群数据的下游分析和临床解释仍然具有挑战性,在本研究中,作者对一系列广泛的可用计算和实验转换方法的优点和局限性进行了系统评估,这些方法已被提议用于处理序列数据分析中的组成性和采样深度变化 。作者的基准证明了定量方法在报告样本丰富度以及准确恢复真正的分类单元,分类单元和分类单元间,分类单元与元数据关联方面优于其他计算方法的性能,同时最小化了假阳性关联的检测。
采样深度
组成性
基准菌群转换
稀疏性
宏基因组测序
代谢健康
一种宿主+菌群的共代谢产物,或对代谢健康有关键影响
肠道菌群产物参与调控宿主代谢,马尿酸是一种菌群和宿主的共代谢产物,此前研究表明马尿酸与健康的代谢表型相关。Gut近期发表的一项研究,通过人体研究揭示了尿液马尿酸、肠道菌群、饮食和代谢健康之间的关联,并在动物实验中检验了马尿酸与糖稳态调节的因果关系,表明马尿酸不仅可作为代谢健康的标志物,还在宿主代谢健康中起到重要的介导作用。
代谢健康
肠道菌群-宿主共代谢物
马尿酸
糖尿病
Nature子刊:不健康饮食相关的一种菌群代谢产物,与糖尿病存在关联
丙酸咪唑(ImP)是新发现的肠道细菌代谢组氨酸的产物。小鼠的研究发现ImP可以通过MAPK通路破坏葡萄糖代谢。但ImP在患者中与疾病的相关性并没有研究。近期一篇发表在Nature Communications的多中心队列分析发现,血清中丙酸咪唑上升与前驱糖尿病和2型糖尿病显著相关,与肠道菌丰度下降,和拟杆菌2肠型显著相关,与系统性炎症显著相关。丙酸咪唑的上升与不良的饮食习惯相关,但与组氨酸摄入量无关。因此对于前驱糖尿病和2型糖尿病患者的治疗应当考虑个性化膳食以抑制细菌组氨酸代谢的途径。
糖尿病
肠道菌群代谢产物
丙酸咪唑
肠道菌群
前驱糖尿病
肠道菌群失调
Nature:他汀类药物或能帮助改善肥胖者的肠道菌群健康
此前研究表明,人的肠道菌群或能根据优势细菌的种类,划分为4种肠型。其中Bact2肠型以拟杆菌属占比高、粪杆菌属占比低、微生物密度较低为特征,与系统性炎症和便溏(稀便)存在关联,是潜在的菌群失调肠型。Nature发表的一项最新研究,对欧洲BMIS队列参与者进行了横断面相关性分析,发现Bact2肠型在肥胖人群中明显更加普遍,但在服用他汀类药物(降胆固醇药)的肥胖者中,这一比例从17.7%降到了5.9%。未来需开展随机对照试验,来检验他汀类药物对菌群的组成和健康是否具有调控作用。
肠道菌群失调
Clinical microbiology
Metabolic syndrome
metagenomics
Microbiome
AKK菌
Nature子刊:补充Akk菌可改善胖人代谢,死菌效果好
Akk菌(嗜黏蛋白阿克曼菌)的丰度与肥胖、2型糖尿病和高血压负相关,《Nature Medicine》最新发表了来自比利时鲁汶大学Patrice D Cani团队的Akk菌干预的首次临床试验结果。继该团队之前的动物研究(https://www.mr-gut.cn/papers/read/1074867072),这项最新的人体研究同样表明,补充灭活的Akk菌可显著改善超重/肥胖的胰岛素抵抗者的多项代谢指标,且安全性良好,而补充Akk菌活菌则没有太明显的益处。这些发现为后续的大规模临床试验奠定了良好的基础,而死菌优于活菌背后的生物学机制也很值得深挖,或能为益生菌等干预研究带来新启示。
AKK菌
随机双盲对照试验
Akkermansia muciniphila
超重/肥胖
胰岛素抵抗
肠道菌群标志物
Nature子刊:粪便菌群的定量分析,揪出疾病相关的菌群标志物
菌群与疾病的相关性研究中,需要特别注意混杂因素,比如很多与肠道失调相关的疾病都伴随粪便硬度的改变,相关菌群变化(特别是微生物载量)在很大程度上反映的可能是粪便含水量。《Nature Microbiology》近期发表的一项研究,发现与原发性硬化性胆管炎(PSC)和/炎症性肠病(IBD)相关的特定肠型,与菌群细胞计数、粪便含水量和炎症标志物存在关联,并通过定量分析绝对丰度+对粪便含水量进行变量控制,清晰的找出与胆管炎和肠道炎症分别相关的标致菌属,对于分析疾病相关菌群标志物很有参考意义。
肠道菌群标志物
标志物
原发性硬化性胆管炎
炎症性肠病
Ting Li
脑-肠-菌群轴
Nature子刊:肠道菌群如何影响心理健康?
肠道菌群在肠脑轴中具有重要作用。近期发表在Nature Microbiology的一项人群队列研究显示,粪杆菌属、粪球菌属和小杆菌属等肠道细菌以及肠道菌群的丁酸代谢、多巴胺代谢等过程可能与心理健康相关,从人群层面一定程度上揭示了肠道菌群与心理健康的关联性,值得参考。
脑-肠-菌群轴
队列研究
心理健康
欧洲人群
抑郁
肾病晚期
肾病末期患者的肠道菌群
来自Gut的一篇通讯短文,对17例肾病末期患者的肠道菌群组成进行纵向追踪分析,发现患者的菌群组成缺少共性特征,但特定尿毒症毒素水平与特定肠道菌存在关联,特别是对甲酚偶联物(pC)和硫酸吲哚酚(IxS)。对比pC高而IxS低的患者与pC低而IxS高的患者,发现二者菌群存在显著差异,说明肾病患者的菌群比较多变,或许不易找到通用的菌群干预疗法。
肾病晚期
INTESTINAL BACTERIA
INTESTINAL MICROBIOLOGY
肠道菌群
Junjun Wang
低谷蛋白饮食
Nature子刊:低麸质饮食怎样影响健康人的肠道菌群和代谢?
越来越多的人开始尝试低谷蛋白饮食,但其对健康人的影响尚未明确。Nature Communications上发表的一项最新研究,在60名健康中年人进行了一项随机对照交叉试验,发现低谷蛋白/麸质饮食可改变肠道菌群,减少氢气呼出量并改善腹胀,降低体重并减少炎症小体激活。
低谷蛋白饮食
Shahrad Taheri
Hadeel Zaghloul
Odette Chagoury
寄生虫
IBD患者的芽囊原虫携带率较低
在人体肠道菌群的研究中,常常忽略了对单细胞真核生物(例如芽囊原虫)的关注。来自Gut上发表的一项最新研究发现,IBD患者中芽囊原虫的携带率较低,而芽囊原虫亚型与肠道菌群的组成有着显著关联。研究结果提示,芽囊原虫的携带及其亚型可能与人体健康相关,在粪菌移植时或应关注其影响。
寄生虫
炎症性肠病
寄生虫
芽囊原虫
Gustavo Mostoslavsky
粪便菌群
Nature子刊:粪菌丰度作为健康指标,合适吗?
粪便是人体肠道菌群研究的主要材料,目前普遍认为粪菌丰度是反映肠道健康和稳定性的一个主要指标。Nature Microbiology本周上线的一篇评论文章从生态系统演化的角度,重新思考粪菌丰度的生理意义,提出了与主流观点不太一样的想法,供菌群研究人员参考。
粪便菌群
肠道生态
粪菌丰度
Faecal microbiota
gut ecology
麦麸
FM:不同形式的麦麸如何改变菌群
这是Frontiers in Microbiology[IF:4.076]发表的在体外全面评估不同形态麦麸对粪菌的影响的研究,关注全麦、全谷物的专业人士必须好好看看,对研究和产业转化都有一定启发意义。
麦麸
益生元
Stephanie E Ander
Carolyn B Coyne
量化分析
Nature:测序+流式细胞术,真正靠谱地量化分析菌群!
这是刚刚发表在Nature的提示要充分改变菌群分析游戏规则的研究,说明结合测序和流式细胞术计数的菌群量化分析方法,才能充分避免相对值分析的局限性。这是值得所有专业人士认真看看的文章,强烈推荐!
量化分析
微生物载量
流式细胞术
Christiane Sokollik
Bahtiyar Yilmaz
菊粉
Gut:菊粉改变什么肠道细菌并改善便秘?
昨天Online,今天日报里备受关注的文献,特别推荐。
菊粉
inulin
研究论文
以人为对象的临床试验
随机双盲对照实验(RCT)
菊粉
Gut:菊粉改变什么肠道细菌并改善便秘?
昨天Online,今天日报里备受关注的文献,特别推荐。
菊粉
益生元
代谢组
便秘
Anaerostipes
Fecal microbiome
GB:通过3666名双胞胎确定的粪便菌群与肥胖的相关性
这是一群大佬合作在Genome Biology 发表的重要文章,对3666名双胞胎的粪便菌群及肥胖情况进行分析,再次确认粪便菌群的低多样性与肥胖相关,特别是内脏脂肪与细菌的相关性。这篇文章MC之前没有重点推荐,其实非常重要,强烈推荐阅读!
Fecal microbiome
Genetic association
Heritability
Obesity
Twins
血清代谢组学
Nature:两种肠道细菌改变血清代谢组,增加糖尿病风险
最新online的nature,关注肠道菌群如何影响血清代谢组、胰岛素抵抗、代谢和心血管疾病,值得一读。
血清代谢组学
胰岛素抵抗
支链氨基酸
转运蛋白
葡萄糖不耐受
物种-功能关系
Nature微生物学:菌群结构不同,生态学功能各异
关于菌群中物种与其功能间关系的Nature Microbiology杂志最新文章。
物种-功能关系
生态学特性
细菌生存策略
代谢一致性
厚壁菌
肠道菌群
原发性硬化性胆管炎患者的肠道菌群失调,但与炎症性肠病无关
① 原发性硬化性胆管炎(PSC)是一种慢性淤胆型肝病,有时伴有炎症性肠病(IBD);② 分析52位PSC患者、52位健康人及43位IBD患者的粪便样品,发现PSC患者肠道菌群多样性降低,肠球菌属、梭杆菌属及乳酸杆菌属比例增加;③ 肠球菌属丰度与血清中碱性磷酸酶(疾病严重程度的标志物)水平呈正相关;④ 肠道菌群可能是PSC发病的一个促进因素,但与IBD的共患病无关,;⑤ 通过饮食、粪菌移植、抗生素或益生菌调节肠道菌群可用于治疗或预防PSC。
肠道菌群
原发性硬化性胆管炎
健康人菌群
Science:环境-饮食-微生物-宿主关系决定者
① 利用宏基因组技术对1135名荷兰人进行深度测序,研究微生物群与宿主的126种相关因素之间的关系,包括31种内在因素、12种疾病、19种药物组、4种吸烟因素及60种饮食因素;② 以上因素共同解释个体间微生物群差异的18.7%;③ 将110种因素与125个菌种联系起来发现肠道内分泌细胞分泌的粪便嗜铬粒蛋白A(CgA)与61种微生物相关,其丰度占微生物组成的53%;④ 微生物群多样性高的个体,CgA浓度更低;⑤ 结果有助于了解环境-饮食-微生物-宿主间的互作。
健康人菌群
宿主因素
嗜铬粒蛋白
环境-饮食-微生物-宿主
Steven B Smith
健康人菌群
Science:健康人的菌群长啥样?
① 整合分析比利时佛兰德斯肠道菌群计划(FGFP)、荷兰LifeLines-DEEP研究计划数据和全球数据库,共3948份健康人群粪菌数据;② 总共发现664属,其中Alistipes,梭菌属IV,副拟杆菌属和来自于放线菌门的14个菌属为核心菌群;③ 69个临床和问卷调研的协变量被发现与微生物组成变化相关:大便性状对菌群影响最大,药物治疗是影响粪便菌群发生变化最大因素;④ 出生方式等幼年期事件不影响成年菌群组成;⑤ 发现了一些能作为疾病生物标记的细菌属。
健康人菌群
正常菌群
核心菌群
疾病指针
Chenhong Zhang
二甲双胍
Nature:二甲双胍对糖尿病人的肠道菌群到底有何影响?
去年Nature上的重量级研究,证实二甲双胍通过微生物调节而产生的药效是通过产生短链脂肪酸,并增加埃希氏杆菌达成的。强烈推荐重温经典。
二甲双胍
二型糖尿病
短链脂肪酸
埃希氏杆菌
Grace Hewon Shin
组学
通过组学数据进行生物群落特异性分析
① 微生物生态学在近年来飞速发展,海量数据的产生让计算方法成为了科学的瓶颈; ② 现有的分析方法大多是基于针对单基因组方法发展出来的,这样的分析应用于生态系统中时可能导致偏向于真核生物及模式生物的结果; ③ 越来越多生物群落特异性的分析方法被开发出来。
组学
生物群落
Xiang-He Lei
Xiang-He Lei