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生殖道菌群 Amino acid degradation Cervical dysplasia and cancer Genital inflammation Host-microbe interactions

高脂饮食会对肠道菌群造成影响。青岛大学李铎教授团队近期在《Gut》杂志发表一项RCT研究，发现非肥胖年轻人食用高脂饮食会改变肠道菌群及其代谢产物，可能会带来长期健康隐患。该结果对研究食物-菌群-宿主健康的相互关联具有参考价值。

膳食脂肪高脂饮食 RCT研究健康年轻人代谢疾病

精神分裂症（SCZ）是一类病因未明的精神疾病，与遗传和环境因素有关。Science Advances发表来自谢鹏团队和魏泓团队等合作的最新研究，鉴定出与SCZ相关的肠道菌群特征，或能用于疾病诊断；并用粪菌移植和代谢组学等方法在小鼠中表明，SCZ菌群可能通过菌群-肠-脑轴机制影响神经化学和神经功能，参与SCZ发病。这些发现提示，靶向肠道菌群的疗法或能用于改善SCZ。

精神分裂症菌群-肠-脑轴肠道菌群诊断标志物 16S rRNA基因测序

生物信息学工具

Nature子刊：带你玩转人微生物组和代谢组数据

本文介绍了一个曾被用于揭示肠道菌群在宿主胰岛素抵抗的背景下如何影响循环系统代谢物的数据挖掘方法。对应研究可参考此前日报中的报道：两种肠道细菌改变血清代谢组，增加糖尿病风险（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1095814020）。

生物信息学工具微生物组代谢组血液代谢组学 Ⅱ型糖尿病

婴儿贫血

贫血婴儿的代谢和肠道菌群特征

婴儿期贫血可对生长发育产生不利影响，American Journal of Clinical Nutrition近期发表研究，分析95名秘鲁婴儿的血液代谢物和粪便菌群，发现与贫血和缺铁性贫血相关的特征存在明显的性别差异。

婴儿贫血缺铁性贫血代谢组肠道菌群

饮食限制

Cell子刊：饮食限制有望延缓衰老？

代谢稳态下降是衰老的一个标志，而饮食限制(DR)可抑制代谢稳态下降。本研究发现年龄增长和饮食限制都可影响啮齿动物和人类的体内肌氨酸水平，且涉及同一调控通路，指示饮食限制可能具有抵抗衰老的作用，值得参考。

饮食限制衰老 GNMT aging Amino Acids

菌群代谢行为预测

Cell子刊：预测菌群的代谢行为

菌群内部复杂的种间互作带来了菌群的“涌现性”特征，很难通过对单一物种的认识预测此类特征。因此，理解种间互作的机制是我们能够改造、设计菌群，并将其用于治疗疾病或工业生产的前提条件。Cell Systems上发表的这篇论文，介绍了一个恒定产量预期（ConYE）模型，可根据单一物种代谢谱及其共培养时的生长情况，预测共培养体系的代谢行为。这相当于根据初始状态和极少量的后续状态参数，预测后续状态的具体行为。可以说在预测菌群代谢行为方面前进了关键的一小步。

菌群代谢行为预测全基因组代谢网络重建小鼠菌群共培养代谢组

减肥

绝经后肥胖女性减重前后的菌群、胆汁酸及代谢变化

Journal of Translational Medicine上发表的一项最新研究，10名绝经后女性通过低卡路里饮食减肥后，菌群组成、结构及功能发生变化，某些细菌分类群与胆汁酸代谢、脂质代谢相关。

Obesity Diet-induced weight loss Plasma metabolome fecal microbiota Fecal bile acids

晚期糖基化终末产物

西农李巨秀：晚期糖基化终末产物如何扰动菌群和代谢组

高温烹调产生的晚期糖基化终末产物（AGEs）是蛋白质或脂肪等与糖类反应的产物（比如烤肉中含有较多AGEs），可促进衰老和多种疾病。Journal of Agricultural and Food Chemistry近期发表来自西北农林科技大学李巨秀团队主导的研究，分析小鼠进食富含AGEs的食物对肠道菌群和代谢组的影响，是AGEs影响宿主健康的潜在机制，值得关注。

晚期糖基化终末产物晚期糖基化终末产物肠道菌群代谢组蛋白质发酵

膳食纤维

添加膳食纤维能否让加工肉变得更健康？

吃加工肉可增加结直肠癌风险，而膳食纤维可降低其风险，那么往加工肉制品中加些膳食纤维，是否能“中和”其致癌风险呢？Molecular Nutrition and Food Research发表一项动物研究，表明添加菊粉可改善吃含有加工肉饲料的大鼠的肠道菌群和代谢组。

膳食纤维加工肉制品肠道菌群代谢组短链脂肪酸

肝脂肪变性

Nature子刊：肠道菌群及其代谢物引发脂肪肝

Nature Medicine刚刚上线一项多国合作研究，在非糖尿病肥胖女性脂肪肝患者中，综合分析粪便宏基因组、分子表型组和临床表型，并通过粪菌移植实验，明确了肠道菌群及其功能在脂肪肝中的作用，并鉴定出菌群的关键代谢物苯乙酸（PAA），或可用于脂肪肝的早期检测。这些研究为粪菌移植等基于菌群的疗法治疗脂肪肝打下基础。

肝脂肪变性粪便宏基因组分子表型组代谢组转录组

宏基因组

短期不运动+缺氧对肠道菌群有哪些影响

Frontiers in Physiology上月发表了PlanHab项目（研究不运动和缺氧对健康的影响）的一项分析报告，表明短期（3周）不运动和缺氧可引发不良肠道生理症状，其出现早于菌群失调。值得注意的是，尽管菌群整体变化不大，但拟杆菌属及粘蛋白降解等相关菌群基因明显富集，或许是长期代谢免疫症状的起始点。

宏基因组代谢组缺氧运动肠道菌群失调

多系统萎缩症

MD：多系统萎缩症患者的肠道菌群与代谢组变化

这是一项关注特定疾病与肠道菌群关联性的研究，样本数不多，但加上代谢组分析，发表在了IF很高的杂志。很有启发意义，对不对？

多系统萎缩症拟杆菌属短链脂肪酸代谢组

空间辐射

Microbiome：空间辐射如何影响小鼠的肠道菌群及代谢组

这篇Microbiome上的研究，用模拟空间辐射的方法，研究空间辐射对小鼠肠道菌群及代谢组的影响，很值得一读，特别推荐。

空间辐射多模态响应代谢组 16S rRNA amplicon sequencing Ionizing radiation

苯并芘

FM：苯并芘如何影响肠道菌群代谢组及转录组

这是针对致癌性环境污染物苯并芘对肠道菌群的影响的研究，很值得一看，特别推荐。

苯并芘代谢组转录组 Valentin Barquissau Dominique Langin

氨基酸

Allergol Int：肠道菌群、代谢组及过敏（综述）

这是日本变态反应学会会刊ALLERGOLOGY INTERNATIONAL[IF：3.194]发表的关于肠道微生物组、代谢组和过敏疾病发生之间联系的综述，特别推荐。

氨基酸脂质短链脂肪酸维生素代谢组

载脂蛋白E

Microbiome：干预心血管疾病的饮食对apo敲除小鼠的影响

三种心血管疾病干预饮食对小鼠的肠道菌群和代谢组的影响各不相同，具体是怎样的，看看这项研究。

载脂蛋白E 动脉粥样硬化心血管疾病肠道菌群代谢组

酿酒葡萄

FM：真菌及代谢产物是葡萄酒酿造的关键要素

有阵子没有推荐酿酒微生物相关研究了，这个研究推荐给大家。

酿酒葡萄真菌菌群代谢组 Vitis vinifera L. cv. Corvina volatile compounds

菊粉

Gut：菊粉改变什么肠道细菌并改善便秘？

昨天Online，今天日报里备受关注的文献，特别推荐。

菊粉益生元代谢组便秘 Anaerostipes

肠道菌群

Nature子刊：小鼠生命早期，什么因素对菌群和代谢组影响最大？

近期Nature Microbiology上关于小鼠在生命早期的暴露、宿主遗传及饮食对肠道菌群及代谢组的影响的文献，转需。

肠道菌群代谢组饮食遗传

菌群

Eran Elinav等：菌群代谢产物如何调控免疫系统？(综述)

大名鼎鼎的Eran Elinav，近期和其他几位作者发表的关于菌群，代谢产物及宿主免疫的重量级综述，非常值得一读，强烈推荐。

菌群代谢组宿主免疫

肝功能分级

FM：肝硬化患者，菌群-代谢产物会发生什么变化？

肝硬化患者的肠道菌群失调，具体发生了什么变化，会怎样影响代谢产物，这篇文章值得一读。

肝功能分级肠道菌群代谢组

表型

Nature子刊：人类功能基因组计划全力推动免疫研究

2013年，人类功能基因组计划(HFGP)启动，已在队列研究中获得健康人和患者的临床数据、免疫表型(细胞和体液免疫)、基因组（GWAS SNP表型）、微生物组和代谢组数据，并建立了宿主DNA和RNA、粪便、血清、血浆和尿液的样本库，这会推动免疫学的研究，也一定会推动微生物组的研究。

表型代谢组人类功能基因组计划

DNA测序

Nature：精准诊断和治疗疾病，MWAS来帮忙！

① DNA测序、代谢组、蛋白组和计算工具快速发展，推动微生物组与疾病相关联；② 时间序列研究和多分子视角促进MWAS发展，已有研究支持MWAS的可靠结果；③ 对精准诊断和治疗来说，应充分理解微生物组和饮食、化学、健康的复杂关系，并要确定记录和整合这些动态变化的检测频率；④ 特别提出MWAS的原则。

GWAS MWAS DNA测序代谢组蛋白组

肠道菌群

Microorganisms：肠道菌群、代谢组与IBD

关于IBD中的菌群和代谢组的综述，值得研究看看。

肠道菌群代谢组 IBD 益生菌益生元

菌株水平分析

赵立平：菌株水平分析，了解菌群与疾病关系的正道

啥也不说了，赵立平老师经常在咱们群里说的菌株水平分析，现在他写的系统性论述出来了，快传播分享并学习吧！

菌株水平分析宏基因组代谢组基因组草图多组学分析

酒精性肝病

饱和脂肪更能保护爱喝大酒易得肝病的人？

① 饮食、肝脏、肠道间的联系是酒精性肝病的重要影响因素；② 在小鼠模型中研究饱和及不饱和脂肪对肠道菌群、代谢组及酒精性肝病的影响；③ 不饱和脂肪加重酒精诱导产生的内毒素血症、脂肪肝及肝脏损伤；④ 不饱和脂肪的摄入让肠道中拟杆菌门菌减少，变形菌门和放线菌门增加。

酒精性肝病饱和膳食脂肪不饱和膳食脂肪肠道菌群代谢组

意大利式无谷蛋白饮食

从不平衡到新的不平衡：意大利式无谷蛋白饮食改变非洲乳糜泻儿童的唾液菌群及代谢组

① 食用非洲式无谷蛋白饮食至少两年的14名非洲儿童接受60天意式无谷蛋白饮食； ② 唾液菌群及代谢组改变； ③ 颗粒链菌属、卟啉单胞菌属及奈瑟氏菌属增加，梭菌属、普氏菌属及韦荣球菌属减少； ④ 氨基酸、维生素及辅助因子代谢增加； ⑤ 丙酮及2-丁酮增加说明意式饮食造成的代谢紊乱。

意大利式无谷蛋白饮食乳糜泻唾液菌群代谢组