生物信息学分析

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文章数：4篇

IMG/VR v4：用于查询未培养病毒基因组多样性和进化史的数据库更新

自2020年11月发布IMG/VR v3后（由18,373个培养的病毒基因组和2,314,329个未培养的病毒基因组组成），最近美国能源部联合基因组研究所研究人员在Nucleic Acids Research发布了新版本的更新，IMG/VR v4提供了从宏基因组获得的最大病毒基因组集合，共包含有1500万个病毒基因组，相比上一个版本，增加了约6倍。同时，IMG/VR v4还更新了病毒序列识别方法，以及相关界面的优化。总之，该数据库拥有迄今为止最大的病毒组集合，有利于研究人员进一步探究病毒进化历史和病毒编码的功能多样性，值得关注。

病毒组数据库研究论文基础研究生物信息学分析

宏基因组学

诸奇赟+黄适：OGU一种不依赖分类学的宏基因组分析方法

与16S rRNA基因扩增子测序相比，宏基因组学是一种强大的但在计算上具有挑战性的技术，可用于解析微生物群落组成和结构。目前，对于宏基因组数据的分析主要基于分类学，但在特征解析方面存在一定的局限性。亚利桑那州立大学的诸奇赟和香港大学的黄适作为共同第一作者，与加州大学圣地亚哥分校的Rob Knight团队合作在mSystems上发表文章，开发了一种新的宏基因组分析策略—操作基因组单位（OGU），OGU法不依赖于分类学，直接利用序列比对鉴定到的单个参考基因组作为评估微生物群落多样性的最小单位。Woltka（https://github.com/qiyunzhu/woltka）是实现该方法的生物信息学工具，已集成在QIIME2软件包和Qiita平台中，未来，将促进宏基因组学研究中广泛采用OGU方法。

宏基因组学研究论文生物信息学分析鸟枪法宏基因组测序

可移动遗传元件（MGEs）

Nature子刊：人微生物组中参与耐药基因转移的可移动遗传元件

抗生素耐药菌是目前人类面临的重大健康威胁之一。抗生素滥用是导致耐药菌产生的重要的原因之一。当患者使用抗生素时，会导致肠道菌群组成的变化。在清除大多数的抗生素敏感型共生菌和致病菌的同时，会导致具有抗性基因（ARG）的共生菌不断富集。而有研究显示，这些具有抗性的共生菌可能通过移动遗传元件（MGE）的水平基因转移（HGT）而使得致病菌获得抗性。近年来，尽管在该领域人们已经发现一些HGT转移ARG的事件。但对人类肠道共生菌和致病菌之间的HGT的真实规模，和高风险的MGE认知不足。近期一篇发表在Nature子刊Nature Communications上的研究工作，系统地研究了病原菌和共生菌之间的HGT程度和规模，重点研究了ARG相关MGE的特征。该研究工作建立了MGE介导的ARG在人类肠道共生菌和病原菌之间的传播网络，提出广泛宿主范围的MGE应作为潜在ARG传播的管理目标。

可移动遗传元件（MGEs）致病菌与肠道共生菌的关系水平基因转移（HGT）抗生素抗性基因 (ARGs) 研究论文

牛津纳米孔测序

Nature子刊：纳米孔测序技术、生物信息学及应用（综述）

2021年11月8日，美国俄亥俄州立大学（Ohio State University）区健辉（Kin Fai Au）研究组在Nature Biotechnology在线发表综述论文Nanopore sequencing technology, bioinformatics and applications，该文章系统全面地回顾总结了纳米孔测序技术的发展历史、技术原理、数据特征、生物信息学分析方法以及广泛的应用，同时也指出了目前存在的问题。

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