白洋
中国科学院遗传与发育生物学研究所研究员
白洋,博士,研究员,博士生导师, 2005年毕业于武汉大学,2007年获得武汉大学植物发育生物学硕士学位,2010年在德国科隆大学获得植物发育生物学博士学位,2011—2015年博士后期间在德国马克斯普朗克植物育种研究所进行植物根系微生物组学的研究。2016年 5月至今,任中科院遗传与发育生物学所研究员。目前主要研究根系微生物组在植物抗病抗逆、营养高效等过程中的功能。
Nature子刊:中科院遗传发育所白洋组发表高通量分离培养和鉴定根系细菌的方法
① 该实验方案使用有限稀释度从新鲜的根部样品中分离高通量细菌,以确保大多数培养的细菌仅起源于一种微生物;② 然后使用双端标准扩增子高通量测序对菌株进行鉴定,解析纯净的和异质的细菌培养物;③ 为便于数据处理,开发了一个简单易用的生物信息分析流程“Culturome” 和一个图形用户界面网络服务器;④ 该方法允许任何研究组(2-3个实验室成员,无需生物信息学专业知识)在8-9周内系统地培养植物根系相关细菌。
01-13
刘永鑫等:微生物组数据分析从入门到精通(综述)
① 本文综述了扩增子和宏基因组数据分析方法,从测序方法的选择、分析软件/流程、统计和可视化到可重复性分析实现等,通过比较和经验分享帮助研究者选择;② 介绍了微生物组研究中常用高通量测序手段的优缺点,以及常用扩增子和宏基因组测序方法的工作流程,分析软件,特征表的统计和可视化工具,和可重复分析的流程代码、有用的网站和工具;③ 分析代码的重现性在研究中可极大地提高工作效率,节省研究者大量开发分析代码的时间。
2020-05-11
ISME:华中农大李霞组发现大豆根际微生物组变化与根瘤菌共生效率的关系
① Bacillaceae是植物-微生物相互作用中的有益微生物,已在许多植物根际中被检测到,并且因其具有植物抗病性和促进植物生长的特性而闻名;② 芽孢杆菌可缓解盐碱条件对温室中CCBAU45436结瘤表型的影响;③ 芽孢杆菌可能以依赖于碱性条件的方式间接地促进了中华根瘤菌在根瘤中的定殖;④ 该研究是第一个报道芽孢杆菌和根瘤菌之间相互作用关系以及芽孢杆菌对胁迫下根瘤菌-豆类共生结瘤的影响的研究。
2020-04-27
国内团队:植物天然产物如何识别敌友、缴械致病菌?
① 植物次生代谢物sulforaphane(SFN)抑制丁香假单胞菌TTSS基因;② SFN通过加快HrpL的上游抑制TTSS基因的转录,这对于发病机理至关重要;③ SFN积累有缺陷的植物更容易感染丁香假单胞菌;④ SFN共价修饰HrpS的Cys 209并调节TTSS表达,SFN防御丁香假单胞菌的功能是通过HrpSCys209修饰介导的;⑤ Cys209负责细菌对SFN的体外敏感性以及对脂族芥子油苷途径赋予的植物防御的敏感性。
2020-04-08
从关联到因果:重组菌群体系在根系微生物组研究中的应用
① 本文系统总结了合成菌群体系在植物根系微生物组功能研究中的应用;② 单菌和混菌研究的前提是分离培养根系微生物组菌种资源;③ 比较主流植物无菌种植研究体系的优缺点;④ 合成菌群体系在根系微生物组研究中应用的经典案例,包括重现自然土壤的实验结果,研究根系微生物组的功能,研究微生物间的关系;⑤ 文章也指出当前研究方法的不足,展望了未来需要解决的问题。
2019-11-14
中科院遗传发育所开发定量检测宿主微生物组的HA-QAP技术
① 本文介绍一种定量植物宿主微生物组的方法HA-QAP;② 能够检测微生物相对于宿主植物的总量,利用内参将微生物和植物宿主关联起来,获得微生物相对于植物的定植量;③ 可以真实地反映微生物组相对于宿主的变化以及微生物间的互作,减少和校正了基于相对丰度产生的偏差;④ HA-QAP分析发现,在水稻和小麦中细菌和植物基因组拷贝数之比约为1.07~6.61,真菌与植物基因组拷贝数之比约为0.40~2.26,数值与细菌和人体细胞的比值(1:1)接近。
2019-09-17
中科院遗传发育所发表微生物组数据分析思想、步骤、软件和数据库的选择指南
① 本文概述了微生物组研究主要分为微生物培养、DNA和mRNA层面,按研究技术主要包括培养组、扩增子、宏基因组、宏病毒组和宏转录组等测序技术;② 测序技术研究,主要分为样本制备、测序、数据处理和统计分析四个阶段;③ 数据分析主要通过降维和可视化的基本思想,实现将大数据转化为可读图表;④ 对常用分析语言环境Shell和R的入门提供建议;⑤ 对扩增子和宏基因组常用近100个软件和数据库的优缺点进行点评,方便读者选择。
2019-09-02
中国科学院遗传与发育生物学研究所研究员
白洋,博士,研究员,博士生导师, 2005年毕业于武汉大学,2007年获得武汉大学植物发育生物学硕士学位,2010年在德国科隆大学获得植物发育生物学博士学位,2011—2015年博士后期间在德国马克斯普朗克植物育种研究所进行植物根系微生物组学的研究。2016年 5月至今,任中科院遗传与发育生物学所研究员。目前主要研究根系微生物组在植物抗病抗逆、营养高效等过程中的功能。
自然界中,健康植物的根系和叶面都富集的大量且组成特异的微生物群体。这些微生物与植物之间达到一种稳定的平衡,并参与植物的多项生理过程。实验室结合高通量微生物培养,宏基因组数据分析和微生物菌群重组等技术,系统地研究根系微生物群体在植物抗病,营养吸收,生长发育等过程中的功能和分子机理。