王军
中国科学院微生物研究所研究员、中国肠道大会联合发起人
中国科学院微生物研究所研究员,博士生导师,国家高层次海外人才项目入选者,德国马普学会合作伙伴小组负责人,北京市科技新星。主要进行生物数据的深度挖掘和分析工作,工作中利用统计学和生物信息学结合的方法,研究肠道菌群在动物和人类生态、基因组进化和疾病中的作用。至今,在Science,Nature,Nature Genetics,Nature Biotechnology等国际一流科技刊物上发表SCI论文28篇,承担重大基金项目5项,申请专利5项。
何菁+王军+栗占国等:扁桃体菌群如何维持免疫平衡?
近日,北大人民医院何菁、栗占国和中国科学院微生物所王军及团队在Advanced Science发表最新研究,发现类风湿关节炎患者(RA)扁桃体抗菌肽salivaricin合成明显减少,会进一步引起Tfh异常分化和IL-21过度表达,可能是患者自身免疫反应异常的诱因之一。通过关节炎小鼠模型发现,证实salivaricin具有预防和治疗实验性关节炎的作用。总之,该研究为自身免疫病的治疗提供了新的治疗靶点及理论依据。
09-06
王军+宋默识+张发明:菌群代谢物甲硫氨酸影响宿主生物钟基因表达和活性氧水平
Protein & Cell近期发表了中科院微生物所王军、中科院动物所宋默识、南京医科大学第二附属医院张发明与团队的研究,分析了小鼠和人体肠道菌群中共同存在的节律性代谢特征,并分析了其中的关键代谢物——甲硫氨酸对宿主和菌群的影响,包括对生物钟基因的影响以及对活性氧的中和作用等,并在小鼠中证实补充膳食甲硫氨酸能改善睡眠不足对身体带来的多种负面影响。
07-21
王军+宋默识Nature子刊:二代+三代测序,深挖人类肠道菌
中科院微生物所王军团队和中科院动物所宋默识团队合作,在Nature Communications发表文章,报道了一种新方法,结合短读长的二代测序(Illumina)和长读长的三代测序(纳米孔)数据进行宏基因组分析,深入挖掘了人类肠道微生物组的基因结构变异、原噬菌体和CRISPR间隔元件,在菌株水平上揭示了肠菌功能差异以及与宿主代谢组和表型的关系。
06-09
王军+蔡磊+陈亮:全长rRNA操纵子纳米孔测序,赋能真菌组研究
Molecular Ecology近期发表了来自中科院微生物所王军、蔡磊、陈亮与团队的研究成果,建立了基于真菌全长rRNA操纵子纳米孔测序的真菌组研究方法,揭示了以前的方法可能低估的真菌组物种多样性。
06-09
何菁+王军+栗占国等:扁桃体菌群如何维持免疫平衡?
① 纳入32例类风湿关节炎(RA)和30名健康人,发现RA患者扁桃体菌群明显异常,抗菌肽salivaricin A2基因丰度减少,与多种外周血促炎免疫细胞升高相关;② Salivaricin可抑制Tfh细胞的分化和IL-21的表达;③ Salivaricin通过结合IL-6、IL-21受体并诱导其构象改变,抑制受体、配体结合从而阻断下游JAK-STAT3通路;④ 关节炎小鼠模型中,salivaricin可预防关节炎发生并缓解症状,或是通过降低Tfh细胞、浆母细胞、生发中心B细胞比例发挥抗炎功能。
08-29
王军+宋默识+张发明:菌群代谢物甲硫氨酸影响宿主生物钟基因表达和活性氧水平
① 在小鼠和人体肠道菌群中,菌群代谢物甲硫氨酸及其相关代谢通路有明显的昼夜节律模式;② Caco-2细胞(肠屏障功能研究模型)中,甲硫氨酸处理提高了细胞mRNA甲基化水平,上调调控时钟基因的AHCY,增加了时钟基因BMAL1、CLOCK、NR1D2和PER2的表达,并降低活性氧(ROS)水平;③ 在睡眠剥夺模型小鼠中,补充膳食甲硫氨酸降低了血清皮质酮和肠道ROS水平,并减少了炎症相关免疫反应的基因表达,改善肠道菌群失调。
07-15
王军+宋默识Nature子刊:二代+三代测序,深挖人类肠道菌群
① 建立基于ONT(长读长)和Illumina(短读长)测序数据的混合组装和分析流程,提高了肠道菌群的宏基因组组装质量和鉴定肠菌基因结构变异(SVs)的能力;② 用该方法分析上百名健康人肠道菌群,发现大量SVs(例如大的插入和倒位);③ SVs在不同个体间存在差异,而在个体内保持稳定,可作为个体肠道菌群的“指纹”;④ SVs塑造了菌种内的菌株水平功能差异,影响细菌丰度与代谢物和宿主表型的关联;⑤ 鉴定出多样化的原噬菌体和CRISPR间隔序列。
06-08
王军团队:肠道菌群-宿主互作中的代谢物
① 肠道菌群代谢物在宿主的健康和疾病中有重要作用;② 代谢综合征、心血管疾病和中枢神经系统疾病中,都发现了肠道菌群代谢产物的变化,有些与疾病存在因果关系;③ 一些菌群代谢物有用于疾病治疗的潜力,比如短链脂肪酸、色氨酸代谢物(主要是吲哚及其衍生物)、食物成分代谢物(如尿石素A);④ 此外,药物-菌群的相互作用可以导致肠道菌群的扰动以及菌群对药物的代谢,从而影响药物的疗效和副作用。
05-27
王军+蔡磊+陈亮:全长rRNA操纵子纳米孔测序,赋能真菌组研究
① 设计用于真菌rRNA操纵子全长(~5.5kb)扩增的通用引物,并建立了ONT长读长测序的真菌rRNA操纵子数据库(FRODO),包含了8个门、41纲、109目、256科、524属和1116种;② 基于FRODO数据库的RDP分类器能够提高对ONT序列的分类;③ 分析土壤、海洋和人类肠道的真菌组,发现肠道中含有最多的未知真菌物种(超过90%),其次是海洋(42%)和土壤(33.8%),还观察到海洋和土壤真菌组的组成有明显差异,土壤真菌组的丰富度和多样性最高。
05-20
王军+宋默识:肠系膜淋巴系统或是肠-肝轴的第二通路
① 在正常饮食和高脂饮食的小鼠中进行代谢组学分析,发现血清和肠系膜淋巴系统中有不同的代谢物,且肠系膜与肝脏有更多重叠的随饮食而变的代谢物;② 血清和肠系膜淋巴系统中的代谢物与肠道菌群的关联存在差异;③ 细胞实验发现,高脂饮食下,肠系膜联系统中大部分减少的代谢物(如左旋肉碱)有调节肝脏代谢、减轻代谢紊乱的作用;④ 同位素示踪表明,左旋肉碱可由肠系膜淋巴系统独立转运;⑤ 肠系膜淋巴系统可能是肠-肝轴的第二通路。
04-11
王军+陈义华NBT突破:用人工智能大规模挖掘人肠道菌群中的抗菌肽
① 结合3种自然语言处理神经网络模型(LSTM、Attention和BERT),建立一个从序列数据中挖掘抗微生物肽(AMP)的流程,准确率>90%;② 将该方法用于人肠道宏基因组数据,结合宏蛋白质组数据过滤,以及与肠菌的相关性网络分析,鉴定出241个候选AMP;③ 通过化学合成得到216个新型肽,证实其中181个(83.8%)有抗菌作用,这些AMP与已知AMP同源性低;④ 进一步筛选出其中的强效AMP,能通过不同机制有效抑制多重耐药革兰氏阴性致病菌,并在细菌性肺感染小鼠模型中验证了3种AMP的有效性。
03-03
注:FA表示第一作者;CA表示通讯作者;SA表示高级作者
2022
2021
中国科学院微生物研究所研究员
中国肠道大会联合发起人
中国科学院微生物研究所研究员,博士生导师,国家高层次海外人才项目入选者,德国马普学会合作伙伴小组负责人,北京市科技新星。主要进行生物数据的深度挖掘和分析工作,工作中利用统计学和生物信息学结合的方法,研究肠道菌群在动物和人类生态、基因组进化和疾病中的作用。至今,在Science,Nature,Nature Genetics,Nature Biotechnology等国际一流科技刊物上发表SCI论文28篇,承担重大基金项目5项,申请专利5项。
2004-2008: 中国海洋大学生物技术专业,本科;
2008-2010: 比利时根特大学、西班牙奥维耶多大学、德国不来梅大学,联合硕士;
2010-2014: 德国普伦马普进化生物学研究所,博士。
2014-2017: 比利时鲁汶大学弗拉芒生物研究所,博士后;
2017.3-至今:中国科学院微生物研究所生物信息和计算生物学研究组组长。
主要利用统计学和生物信息学结合的方法,进行生物数据的深度挖掘和分析工作,涉及分子进化,数量遗传学,疾病的遗传学因素和环境因素,微生物生态和功能分析等。