刘永鑫
中国科学院遗传与发育生物学研究所工程师、宏基因组公众号创始人
刘永鑫博士,2008年毕业于东北农业大学微生物专业,2014年于中科院遗传发育所获生物信息学博士,2016年遗传学博士后出站留所工作,任宏基因组学实验室工程师。目前主要研究方向为宏基因组数据分析和植物微生物组,QIIME 2项目参与人。目前在Science、Nature Biotechnology等杂志发表论文十余篇。2017年7月创办“宏基因组”公众号,目前分享宏基因组、扩增子原创文章400余篇,代表博文有《扩增子图表解读、分析流程和统计绘图三部曲(21篇)》、《Nature综述:手把手教你分析菌群数据(1.8万字)》、《QIIME2中文教程(18篇)》等,关注人数5.5万+,累计阅读800万+。
陈峰+陈宁:基因型、饮食、年龄等对小鼠肠道菌群的塑造作用
① 纳入Rbp4-/-小鼠(遗传性维生素A缺陷小鼠)、Rbp4+/-小鼠和野生型小鼠,在4或7周龄开始28天的低维生素A饮食干预;② Rbp4缺陷影响肠道菌群组成,Akk菌减少、拟杆菌属增多,脱硫弧菌属、Barnesiella、梭菌属XlVa、乳杆菌属等发生变化;③ 肠道菌群对饮食干预快速响应并逐渐改变,饮食干预起始越早,菌群失调程度越高;④ 年龄对菌群的影响较弱但持久;⑤ 饮食和年龄对肠道菌群的塑造作用因基因型而异,提示基因型可能对菌群塑造起主导作用。
2021-09-16
黄璐琦院士+刘永鑫:可重复和可编辑的Venn图和Venn网络在线工具EVenn
① 该研究开发出的EVenn可以通过一次性输入数据,3分钟内完成上述5种Venn图和Venn网络的绘制,特别适合整合数据集的探索分析和比较可视化;② 同时EVenn还提供了3种统计分析方法用于评估2个集合的相似性,并可以计算任意组数据的交并关系,对于关键基因或菌群的筛选更加便捷有效;③ 发表前4个月,Evenn共有1万多独立IP访问,同时该网站配有详细的演示数据、图文操作教程和视频教程,为科研工作者提供了有力的数据统计支持。
2021-07-24
Nature子刊:中科院遗传发育所白洋组发表高通量分离培养和鉴定根系细菌的方法
① 该实验方案使用有限稀释度从新鲜的根部样品中分离高通量细菌,以确保大多数培养的细菌仅起源于一种微生物;② 然后使用双端标准扩增子高通量测序对菌株进行鉴定,解析纯净的和异质的细菌培养物;③ 为便于数据处理,开发了一个简单易用的生物信息分析流程“Culturome” 和一个图形用户界面网络服务器;④ 该方法允许任何研究组(2-3个实验室成员,无需生物信息学专业知识)在8-9周内系统地培养植物根系相关细菌。
2021-01-13
刘永鑫等:微生物组数据分析从入门到精通(综述)
① 本文综述了扩增子和宏基因组数据分析方法,从测序方法的选择、分析软件/流程、统计和可视化到可重复性分析实现等,通过比较和经验分享帮助研究者选择;② 介绍了微生物组研究中常用高通量测序手段的优缺点,以及常用扩增子和宏基因组测序方法的工作流程,分析软件,特征表的统计和可视化工具,和可重复分析的流程代码、有用的网站和工具;③ 分析代码的重现性在研究中可极大地提高工作效率,节省研究者大量开发分析代码的时间。
2020-05-11
国内团队:植物天然产物如何识别敌友、缴械致病菌?
① 植物次生代谢物sulforaphane(SFN)抑制丁香假单胞菌TTSS基因;② SFN通过加快HrpL的上游抑制TTSS基因的转录,这对于发病机理至关重要;③ SFN积累有缺陷的植物更容易感染丁香假单胞菌;④ SFN共价修饰HrpS的Cys 209并调节TTSS表达,SFN防御丁香假单胞菌的功能是通过HrpSCys209修饰介导的;⑤ Cys209负责细菌对SFN的体外敏感性以及对脂族芥子油苷途径赋予的植物防御的敏感性。
2020-04-08
从关联到因果:重组菌群体系在根系微生物组研究中的应用
① 本文系统总结了合成菌群体系在植物根系微生物组功能研究中的应用;② 单菌和混菌研究的前提是分离培养根系微生物组菌种资源;③ 比较主流植物无菌种植研究体系的优缺点;④ 合成菌群体系在根系微生物组研究中应用的经典案例,包括重现自然土壤的实验结果,研究根系微生物组的功能,研究微生物间的关系;⑤ 文章也指出当前研究方法的不足,展望了未来需要解决的问题。
2019-11-14
中科院遗传发育所开发定量检测宿主微生物组的HA-QAP技术
① 本文介绍一种定量植物宿主微生物组的方法HA-QAP;② 能够检测微生物相对于宿主植物的总量,利用内参将微生物和植物宿主关联起来,获得微生物相对于植物的定植量;③ 可以真实地反映微生物组相对于宿主的变化以及微生物间的互作,减少和校正了基于相对丰度产生的偏差;④ HA-QAP分析发现,在水稻和小麦中细菌和植物基因组拷贝数之比约为1.07~6.61,真菌与植物基因组拷贝数之比约为0.40~2.26,数值与细菌和人体细胞的比值(1:1)接近。
2019-09-17
中国科学院遗传与发育生物学研究所工程师
宏基因组公众号创始人
热心肠智库专家
刘永鑫博士,2008年毕业于东北农业大学微生物专业,2014年于中科院遗传发育所获生物信息学博士,2016年遗传学博士后出站留所工作,任宏基因组学实验室工程师。目前主要研究方向为宏基因组数据分析和植物微生物组,QIIME 2项目参与人。目前在Science、Nature Biotechnology等杂志发表论文十余篇。2017年7月创办“宏基因组”公众号,目前分享宏基因组、扩增子原创文章400余篇,代表博文有《扩增子图表解读、分析流程和统计绘图三部曲(21篇)》、《Nature综述:手把手教你分析菌群数据(1.8万字)》、《QIIME2中文教程(18篇)》等,关注人数5.5万+,累计阅读800万+。
2008年 东北农业大学 学士 微生物学
2011年 东北农业大学 硕士 作物遗传育种
2014年 中国科学院大学 博士 生物信息学
2014-2016 中国科学院遗传与发育生物学研究所 博士后
2016-至今 中国科学院遗传与发育生物学研究所 工程师
宏基因组数据分析
植物微生物组