溶源噬菌体

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溶源噬菌体

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Cell子刊：噬菌体的溶源性感染影响其细菌宿主的转录及功能

肠道相关噬菌体可改变其细菌宿主的丰度及活性，从而影响人体健康与疾病。温和噬菌体占据了肠道病毒组中的大部分，而噬菌体的溶源性感染的作用尚未完全明确。Cell Reports上发表的一项最新研究，鉴定出了一种属于Salyersviridae病毒科的拟杆菌属噬菌体BV01，并发现BV01对普通拟杆菌的溶源性感染可导致其整合至宿主TspO蛋白的启动子区域，以抑制胆盐水解酶的表达，从而改变普通拟杆菌的胆汁酸代谢活性。

噬菌体 Bacteroides gut microbiome Bacteriophage temperate phage. bile acids. host-microbe interactions. phage-host interactions

PhiSpy：在细菌基因组中识别噬菌体

在微生物基因组中发现溶源噬菌体仍然是一个没有明确解决办法的问题。之前的大多数工具依赖于检测含有已知噬菌体同源物的蛋白质编码基因的基因组区域，这阻碍了噬菌体区域的从头发现。在本文中，作者结合了两种方法（基于相似性和基于成分的分析），提出了一种自动化应用程序-PhiSpy，该应用程序可以识别与已知噬菌体基因具有或不具有同源性的噬菌体。PhiSpy是一个在细菌（或者古菌）基因组中识别溶源噬菌体的工具。输入一个经过注释的基因组，它会识别出其中最可能是噬菌体的区域。PhiSpy的原理是识别出溶源噬菌体的几个显著特征，包括：蛋白质长度，转录链的方向，AT、CG的偏斜性，噬菌体特异字长的丰度，噬菌体的插入位点和噬菌体蛋白的相似性。在测试数据集中，其可以准确预测94%的溶源噬菌体，假阴性率为6%，假阳性率为0.66%。

PhiSpy 溶源噬菌体同源性随机森林细菌基因组