生物信息学分析流程

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文章数：2篇

国内团队Nature子刊：鉴定及定量菌群样品中细菌的新方法——BarBIQ

中科院动物所金坚石与团队近期在Nature Protocols发表研究，为了克服传统16S rRNA基因测序方法的局限，作者开发了BarBIQ方法，这是一种对菌群中单个细菌进行高通量鉴定和定量的方法，该方法采用条形码标记单细菌的策略并实现了对16S rRNA基因鉴定的单碱基精确度。本文以BarBIQ在小鼠肠道菌群分析中的应用为示范。

菌群定量细胞条形码 16S rRNA基因单碱基精度生物信息学分析流程

高通量培养

Nature子刊：中科院遗传发育所白洋组发表高通量分离培养和鉴定根系细菌的方法

原位分离培养微生物对于揭示微生物在植物生长和健康中的功能非常重要。分离培养的微生物和无菌体系相结合，将揭示根系微生物与植物生长表型之间的因果关系和互作机制，是推动根系微生物组从描述向功能研究发展的重要技术。2021年1月13日，国际权威学术期刊Nature Protocols发表了中国科学院遗传与发育生物学研究所白洋团队和德国马克斯·普朗克植物育种研究所Ruben Garrido-Oter和Paul Schulze-Lefert合作详细介绍高通量分离培养和鉴定植物根系细菌的实验流程与分析方法。

高通量培养根系细菌梯度稀释双侧标签PCR扩增法 16S rRNA基因