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Alexandre Pellan Cheng
文章数:2篇
宏基因组测序
Nature子刊:一种抗环境DNA污染的宏基因组DNA测序方法
宏基因组测序样品制备过程中难以避免被外界DNA污染。在Nature Communications近期发表的文章中,研究人员开发了一种基于物理标记的宏基因组测序方法SIFT-seq,可有效抵御测序样品制备过程中引入的环境DNA污染。SIFT-seq在低微生物量的宏基因组分析中拥有十分广阔的应用前景,如描述血液和尿液样本中的微生物DNA特征以及识别体液中潜在低丰度微生物感染源。未来可围绕SIFT-seq开发清除污染工具包,实现采样-测序-分析的完整解决方案。
宏基因组测序
新方法
研究论文
宏基因组分析工具
一个适用于cfDNA宏基因组测序降噪的R语言工具
无细胞DNA(cfDNA)是溶解在血液、尿液等生物流体中的一些DNA片段,这些片段可以来自于人体自身细胞或者共生的微生物。游离在细胞外的cfDNA可以很容易通过人体的组织或免疫屏障,显现于血液或尿液等生物流体中。cfDNA已经在临床上实现了无创产前诊断的应用。类似的,通过对cfDNA的检测也可以敏锐地获知人体内部细菌和病毒感染。cfDNA样本很容易受到污染或干扰,对背景信号的降噪要求很高。低生物量背景校正(LBBC)工具用流行的 R 语言写成,使用方便,值得一试。
宏基因组分析工具
Cell-free DNA
metagenomics
Biomarkers
infectious disease