Ophelia S Venturelli

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Ophelia S Venturelli

文章数：8篇

Cell子刊：精确控制合成肠道菌群组成的新方法

对菌群的研究具有很大转化应用潜力，但要对微生物群落进行系统性控制仍具有挑战性。Cell Systems发表的这项研究，开发了一种基于模型的双阶段方法，通过精确操控培养基成分和物种初始丰度，可实现对合成人类肠道菌群的分类群组成的精确控制。

合成菌群微生物组工程

人肠道菌群

Nature子刊：碳水化合物的复杂性对菌群的影响

膳食纤维会影响人体肠道微生物群的生长动态，但我们对这些营养素如何塑造微生物相互作用网络和对扰动的反应缺乏详细和定量的理解。Nature Ecology & Evolution近期发表的文章，发现碳水化合物的化学复杂性会影响菌群的生长，及其对入侵的抵抗力。这提示我们可利用碳水化合物化学复杂性对菌群竞争的定量影响，为饮食和菌群干预提供信息，调节菌群对入侵的抵抗。

人肠道菌群膳食纤维碳水化合物化学复杂性

多糖利用基因座

Cell子刊：拟杆菌多糖利用基因座决定肠道菌群适应性和群落间互作

人类肠道微生物群的一个核心功能是将膳食和宿主来源的多糖(即多糖)转化为代谢产物，调节我们的能量平衡，提供对肠道病原体的定植抗性，并维持肠道内环境平衡。拟杆菌由于具有多种碳水化合物酶类，可以代谢多种糖类物质，对宿主具有重要的作用，因此是人类肠道菌群中的优势菌。尽管已经发现了拟杆菌的多糖利用基因座，但还有更多的多糖利用基因组没有被发现。此外，多糖代谢产物对于不同菌群有着不同的作用，但拟杆菌不同PULs导致的多糖代谢变化对肠道菌群的互作和变化的作用尚不明确。近期一篇发表在Cell子刊，Cell Host&Microbe上的研究工作，通过利用CRISPR-Cas9的筛选方法，发现并研究了拟杆菌中23个PULs在不同多糖情况下的功能和转录协同。特定的PULs尽管在一些微生境中对于菌群适应性发挥好的作用，但是对于宿主肠道整个微生态的适应性和定植能力具有负面效应。此外，研究者证明了BU中的PULs可以塑造生态动力学和有益的代谢物丁酸的生产。

多糖利用基因座 CRISPR-FnCpf1诱导表达基因组编辑系统复杂碳源定植适应性产丁酸盐菌

肠道菌群抵抗艰难梭菌入侵的生态和分子机制

研究肠道菌群对病原体的定植抵抗原理，将帮助设计出治疗肠道病原体感染的菌群疗法。Molecular Systems Biology发表的这项研究，通过利用多种合成的肠道菌群以及计算建模方法，揭示了菌群抵抗艰难梭菌入侵的生态和分子机制。

定植抵抗艰难梭菌生态学

微生物生态学

Nature子刊：设计产丁酸的合成肠道菌群

合成微生物组对于研究菌群功能和互作的规律有重要价值，也可作为一种潜在的菌群干预手段。Nature Communications近期发表的一项研究，开发了一种模型引导的方法，可预测不同的合成人类肠道群落的产丁酸能力，并揭示了影响群落丁酸产量的多种生态学因素。

微生物生态学合成菌群生态建模合成生物学

微生物组工程

Nature Reviews：如何开展微生物组工程（重磅综述）

通过微生物组工程方法来设计和构造具有特定功能的菌群，在医学、农业、能源和环境等方面有广泛的应用前景。Nature Reviews Microbiology近期发表的一篇重磅综述，提出了微生物组工程的设计-构建-检测-学习（DBTL）框架，探讨了每个步骤的思路、技术方法和挑战，对于菌群的转化应用研究很有参考意义。

微生物组工程 Christopher A Lamb Christopher A Lamb Aamir Saifuddin Nick Powell

微生物生态系统

EcoFABs：通过标准化的装配生态系统推进微生物组科学

解析微生物互作的生态学基础是人类得以操控菌群的重要前提。然而，当前大多数情况下，科学家缺乏标准化和可重复的模式微生物群落，这阻碍了微生物生态学一般规律的发现。在本研究中，作者提出装配生态系统的概念，指出了用这类标准化的模式系统进行生态学研究的重要价值。

微生物生态系统观点评论微生物生态学合成生物学微流控技术

合成菌群结合数据建模解码肠道菌群互作

菌群内复杂的互作网络制约了对肠道菌群结构和稳定性的解读。本研究通过人工合成的肠道菌群，利用数据建模研究菌群互作关系，发现了菌群动态变化的主要驱动因素和维持菌群稳态的主要互作模式，对研发菌群干预手段、建立稳定的合成菌群都有参考价值，值得专业人士关注。

数据模型菌群相互作用菌群稳定性合成菌群 Ecology