空间分辨转录组学

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细胞标记基因

国内团队：开发了单细胞组学细胞标记基因鉴定算法COSG

2022年1月19日，中国科学院遗传与发育生物学研究所的王秀杰研究组联合华中科技大学软件学院的裴小兵研究组在生物信息学期刊Briefings in Bioinformatics在线发表了题为Accurate and fast cell marker gene identification with COSG的研究成果，提出了一种基于余弦相似度的方法COSG，该方法能在单细胞RNA测序数据、单细胞ATAC测序数据和空间转录组数据中更准确和快速地鉴定出细胞标记基因。COSG程序的代码已通过GitHub网站开源发布。COSG程序的Python语言版本和R语言版本的代码链接分别为https://github.com/genecell/COSG和https://github.com/genecell/COSGR，并且可以很方便地整合到常用的单细胞数据分析软件Scanpy和Seurat中。

细胞标记基因余弦相似度单细胞RNA-seq 单细胞ATAC-seq 空间分辨转录组学