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文章数：9篇

EukDetect：基于宏基因组测序准确灵敏地检测真核微生物

在包括宿主相关菌群在内的自然微生物系统中，真核微生物会随着细菌和古细菌一起被发现。尽管真核微生物对这些群落至关重要，但使用鸟枪法测序技术研究它们仍具有挑战性，因此经常被排除在外。本文介绍了EukDetect，一种生物信息学方法，可在鸟枪法宏基因组测序数据中识别真核生物。EukDetect具有广泛的真核微生物分类学范围，在低丰度和近缘种上表现良好，并且对真核生物基因组中的细菌污染具有抵抗力。EukDetect提供了一种自动可靠的方法来表征来自各种菌群的鸟枪测序数据集中的真核生物。作者证明了它使使用标准鸟枪测序分析时会被假阳性所遗漏或掩盖的发现成为可能。EukDetect将极大地促进我们对真核微生物如何贡献于菌群的理解。

真菌原生生物藻类线虫节肢动物

微生物生态学

Nature子刊：基于生态学的算法，预测人肠道微生物间的互养作用

互养作用是指一种生物利用另一种生物的代谢物来生长/生存的现象。在肠道菌群中，互养作用是不同微生物间建立相互作用的重要机制。Nature Communications近期发表的研究报道了一种能预测人肠道菌群中的微生物互养作用的算法，或能为建立基于宏基因组学和代谢组学的菌群内因果互作关系的模型，提供助力。

微生物生态学微生物互作互养机器学习肠道菌群

菌群相关小蛋白

新型菌群相关小蛋白的挖掘

少于100个氨基酸的小蛋白具有广泛的重要功能，但其基因组注释尚不明确，在微生物个体和群落中的结构功能更是尚未可知。Microbiome最新发表的文章对其进行了阐述。

菌群相关小蛋白简化人类肠道菌群（SIHUMIx）研究论文

调节猪肠道菌群的宿主基因调控网络

Microbiome上发表的这项研究，建立了一个由3561个与猪肠道菌群表型（包括细菌和原生生物）相关的基因调控网络，对该网络的分析确定了与宿主对肠道菌群调控有关的关键调控因子、靶基因和机制，鉴定出的遗传标志物和候选基因或可用于改善宿主性能和微生物特征。

猪遗传-菌群互作

宏基因组学

使用PathoFact鉴定宏基因组中毒力因子和耐药基因

PathoFact是一个能够高度准确地（分别为0.921、0.832和0.979）和特异性（0.957、0.989和0.994）对毒力因子、细菌毒素和耐药基因进行预测的工具。该工具结合了这些致病因子的预测和可移动遗传元件的识别。通过考虑相关基因的基因组背景，这为分析提供了进一步的深度。此外，PathoFact的毒力因子，毒素和抗菌素耐药基因模块可以独立应用，从而使其成为一个灵活而通用的工具。在预测毒力因子和毒素基因方面，PathoFact优于所有现有的工作流程。在预测抗菌素耐药性方面，它的性能可与一套流程相媲美，而优于其他。PathoFact及其模型和数据库可在https://pathofact.lcsb.uni.lu上免费获得。

宏基因组学毒力因子耐药基因可移动遗传元件模块化

IgA-Seq实验方法的细化与优化

Microbiome上最新发表的方法类文章，进一步优化了IgA-Seq方法论，减少了个体菌群组成差异和相对丰度对数据分析的限制，并提供了相应的IgAScores R软件包供同业使用。

IgA-seq 宿主-共生微生物互作研究论文

Microbiome：PMA-seq或不能准确定量微生物群落活性

这是发表在Microbiome上的一份工作，作者对目前广泛应用于测序前清除胞外DNA的单叠氮化丙锭（PMA）技术进行了评价，将其应用于人工合成微生物群落和环境微生物群落。结果表示PMA-seq能够定量重建简单的人工合成群落，但在复杂环境群落中总出现失真，该结果受初始生物量、样品类型和组成多样性等影响，同时PMA处理前后，有部分微生物会出现相应即发生显著变化，当微生物来自不同的生态系统时，PMA的响应性差异很大，不同的研究中在相似的环境中是可复制的。这份工作系统评估了PMA-seq的重建能力，建议PMA-seq仅用于简单合成群落半定量或复杂群落的定性研究。

代谢建模助力研究宿主-菌群互作（综述）

复杂微生物群落内部及其与宿主之间的相互作用对于宿主的健康起到重要的作用，肠道菌群主要通过其分泌的代谢产物相互交流，代谢产物的分泌又取决与菌群所处的环境以及菌之间的互作，因此，鉴定出微环境中单个菌分泌的代谢产物至关重要。Microbiome上发表的一篇文章，通过将单菌及其产生的代谢微环境放置在一个小室，从而将菌之间、菌和宿主细胞之间进行分离，再将每个单菌的小室放置于多菌共享的环境中，达到模拟菌群之间的代谢互作的效果；结合不同的实验方法及计算机模拟方法，能更好的理解微生物间以及和宿主的复杂代谢网络互作，为肠道健康的代谢调控提供了新的见解。

代谢互作计算机建模代谢网络宿主-菌群互作研究论文

不推荐喝生牛乳，原因是什么？

研究针对美国5个周的零售牛乳进行调研，生牛乳比其他种类的牛乳制品含有更多的活菌，但乳酸菌等传统认为的有益菌含量优先，而且还含有大量耐药基因（ARGs）。尤其，室温储藏后的自发酵可以加重此现象。

生牛乳耐药基因 Antimicrobial resistance metagenomics Public health