张和平+孙志宏Nature子刊:内蒙古人肠道菌群高质量基因组集合
热心肠小伙伴们 2023-01-06
近日,内蒙古农业大学张和平和孙志宏与团队在Nature Microbiology发表最新研究,基于先前开展的一项益生菌(Probio-M8)酸奶人群干预试验,利用PromethION和HiSeq平台对其中180份粪便样本进行超深度宏基因组测序,通过分析宏基因组中还原出的Probio-M8基因组对组装流程进行了验证,随后基于分箱策略构建了内蒙古人肠道基因组数据集(IMGG)。总的来说,这项研究拉近了我们与“白金”基因组的距离,也提示未来肠道基因组学研究需要重点关注代表性不足的基因组区域。

近年来,基于非培养策略下的宏基因组学分箱技术,为各种自然生态位中大量尚未被培养的微生物提供了参考基因组,也让我们有机会对这些“暗物质”有基本的认识。然而,当下参差不齐的基因组质量和非典型地区人群样本的缺乏限制了我们对暗物质更深入的理解。近日,内蒙古农业大学张和平和孙志宏与团队在Nature Microbiology发表最新研究A high-quality genome compendium of the human gut microbiome of Inner Mongolians,基于先前开展的一项益生菌(Probio-M8)酸奶人群干预试验,利用PromethION和HiSeq平台对其中180份粪便样本进行超深度宏基因组测序,通过分析宏基因组中还原出的Probio-M8基因组对组装流程进行了验证,随后基于分箱策略构建了内蒙古人肠道基因组数据集(IMGG)。IMGG显著提升了基因组元素的分辨率,包括核糖体RNA操纵子(rrn)、代谢基因簇、前噬菌体和插入序列(IS)。特别地,该研究还报道了超400种未培养物种的rrn拷贝数,超12000个未知肠道前噬菌体及其功能特征,以及IS元素在肠道细菌中的分布情况。总的来说,这项研究拉近了我们与“白金”基因组的距离,也提示未来肠道基因组学研究需要重点关注代表性不足的基因组区域。

专家简介
张和平
国家杰出青年基金获得者、长江学者特聘教授
内蒙古农业大学食品科学与工程学院教授
教授,博士研究生导师。国家杰出青年科学基金获得者、“长江学者”特聘教授。他和他的团队以推动我国益生菌科技发展为己任,致力于乳品科学和乳酸菌分子生物学的研究工作,在功能性乳制品的研制、乳制品活性物质研究、乳制品加工技术研究与新产品开发等方面成果颇丰,依托自主创立的优良菌株筛选技术和评价体系,打破国外在这一领域的技术垄断 ;在《Molecular & Cellular Proteomics》(影响因子8.79)等学术刊物共发表论文300余篇,其中SCI收录85篇;主持完成了5项国家级科研项目、7项省部级科研项目,3项企业合作项目,现主持5项国家级科研项目、3项省部级科研项目,2项企业合作项目。
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孙志宏
内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室研究员
内蒙古农业大学食品科学与工程学院博导
孙志宏,博士,内蒙古农业大学物品生物技术与工程教育部重点实验室 研究员、博士研究生导师、国家优青。主要从事乳酸菌功能基因组与肠道微生物方面发表学术论文65篇,授权发明专利19项,参编学术专著2部,获教育部技术发明一等奖、内蒙古自治区科技进步奖一等奖、内蒙古自治区自然科学二等奖和教育部科技进步二等奖等科技奖励,荣获内蒙古自治区“优秀科技工作者”称号和内蒙古自治区青年创新人才奖。
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