王军
文章数:10篇
小鼠肠道细菌集合平台
Nature子刊:集合已知的小鼠肠道菌株,能对比分析出啥?
① 小鼠中许多种类的肠道细菌未被鉴定,且参考菌株很难获得,这些是研究肠道菌群和它们与饮食和宿主相互作用的最大障碍;② 研究者建立从小鼠肠道获得的菌株和相关基因组的存储库——小鼠肠道细菌集合平台(miBC),并研究宿主特异性定殖和资源库中测序数据的相关性;③ 收集到的细菌中,有很多不同株对应于新的种,属甚至同一科;④ 基因组分析表明,某些物种对小鼠肠道是特异性的,而至少18株细菌的集合可覆盖宏基因组中50-75%已知的潜在功能。
小鼠肠道细菌集合平台
菌株水平
肠易激综合征
Gut:粪菌移植应对IBS,有良好效果
① 有75%的IBS患者,限制摄入可发酵寡/双/单糖和多元醇(FODMAP),可减少疾病症状;② 但这使肠道菌群多样性降低,产丁酸的XIVa群梭菌减少,长期来看并无益处;③ 对12个(4男8女)平均得病14.5年、历经至少3种常规治疗方案并有严重腹胀的IBS患者进行粪菌移植;④ 移植后12周,9人达到预期的“IBS症状和不正常腹胀的缓解”,各种相关症状都有所降低,1年后,有7人仍有缓解;⑤ 供体比受体、有响应的供体比未响应的供体,链球菌属的丰度均高出不少。
肠易激综合征
肠道菌群多样性
链球菌
可发酵寡/双/单糖和多元醇
粪菌移植
健康人菌群
Science:环境-饮食-微生物-宿主关系决定者
环境-饮食-微生物-宿主关系研究突破:① 1135荷兰人,126个(31内在,12疾病,19药物,4吸烟,60饮食)因素与菌群相关;② 人菌群不同,有18.7%能用此解释,110因素与125细菌关联;③ 粪便嗜铬粒蛋白与61(占53%)菌相关;④菌多样性越大,嗜铬粒蛋白浓度越低。
健康人菌群
宿主因素
嗜铬粒蛋白
环境-饮食-微生物-宿主
健康人菌群
Science:健康人的菌群长啥样?
① 分析比利时1106+荷兰1135+全球数据库,共3948健康人粪菌;② 总共发现664属,14属为核心菌群;③ 分析69个临床和问卷调研:大便性状对菌群影响最大,药物是发生变化最大因素;④ 出生方式等幼年期事件与成年菌群组成没有关系;⑤ 发现了一些能作为疾病指针的属。
健康人菌群
正常菌群
核心菌群
疾病指针
饮食习惯
PNAS:饮食习惯如何影响小鼠的肠型?
① 近期研究发现,不同哺乳动物宿主的肠道菌群中,在某些特异性细菌分类群上存在差异,这个概念被称为肠型;② 在野生家鼠中鉴定出两个集群,与人类、黑猩猩及实验室小鼠的集群相似;③ 在这两个集群中,不同物种间存在着来自毛螺菌科的3种菌属的差异;④ 通过稳定同位素及宏基因组测序,揭示了功能宏基因组中与碳水化合物及蛋白质代谢相关基因比值的不同,以及素食及肉食的区别,是造成差异的原因。
饮食习惯
肠道菌群
功能宏基因组
enterotype
脂质运载蛋白2
Cell子刊:帮助应对肿瘤生成的脂质运载蛋白
① 在IBD患者的粘膜及粪便中,抗菌含铁蛋白结合肽——脂质运载蛋白2(Lcn2)浓度较高;② Lcn2在IL-10缺陷导致的早发结肠炎及自发性右侧结肠肿瘤中起保护作用;③ IL-10及Lcn2双缺陷小鼠的炎症恶化由IL-6引起,IL-6同时调节肿瘤生成;④ IL-10及Lcn2双缺陷小鼠肠道菌群组成的变化在炎症及肿瘤发生中起作用;⑤ IL-10及Lcn2双缺陷小鼠中兼性致病菌Alistipes spp.增加,后者利用肠杆菌素作为铁源,可在IL-10缺陷小鼠中引发结肠炎及右侧结肠肿瘤。
脂质运载蛋白2
肠道菌群
炎症
肿瘤生成
生物地理学
分子生态学:最影响小鼠肠道菌群多样性的因素是什么?
① 选取来自西欧8个不同区域的121只家鼠;② 分析地理、遗传距离、线粒体DNA、微卫星位点等宿主因素对肠道菌群组成的影响;③ 拟杆菌属、Robinsoniella、螺杆菌属在盲肠及粘膜中丰度最高;④ 地理因素是影响肠道菌群多样性的最显著因素,其他宿主因素影响则相对较小。
生物地理学
肠道菌群
多样性
肠道菌群
Nature子刊:杂交家鼠的肠道菌群有何特点?
① 分析两个家鼠亚种:M.m.musculus及M.m.domesticus、以及两个亚种杂交后代的肠道菌群;② 杂交家鼠与两个亚种家鼠的肠道菌群组成不同;③ 进一步的遗传学及免疫学分析发现,杂交家鼠的免疫基因表达异常,且与菌群失调相关的肠道病理增加;④ 结果表明,脊椎动物的hologenome造成的进化趋异可能是导致生殖隔离的因素之一。
肠道菌群
脊椎动物
hologenome
进化趋异
GWAS
Nature Genetics:维生素D受体显著影响肠道菌群
① 对包含1812名德国北方人的样本进行GWAS分析;② 控制饮食及非遗传因素变量后,鉴定出与肠道菌群分类群变化显著相关的多个基因位点;③ 其中包括了编码维生素D受体的VDR基因;④ VDR基因敲除小鼠的肠道菌群组成发生了显著变化;⑤ 人体肠道菌群与血清胆汁酸及脂肪酸水平相关,包括维生素D受体的配体及下游代谢产物;⑥ 同时鉴定出与肠道菌群组成变化相关的固醇代谢通路组分及某些疾病易感基因;⑦ 遗传因素与非遗传因素各造成了约10%的肠道菌群变化。
GWAS
维生素D受体
肠道菌群
菊粉
Gut:菊粉改变什么肠道细菌并改善便秘?
关于菊粉的首个双盲、随机、交叉干预研究:① 利用16S测序和气相色谱质谱联用,深入分析以菊粉干预成人轻微便秘研究的粪便样本;② 结合临床疗效和生活质量记录全面评估菊粉对人体结肠细菌生态系统和粪便代谢组的影响;③ 菊粉不明显改变代谢组,对肠道菌群组成有温和影响,特异性增加Anaerostipes、双歧杆菌属而降低嗜胆菌属的相对丰度,确实符合现有益生元定义;④ 嗜胆菌属丰度降低,与更蓬松的粪便、便秘相关生活质量评价得以改善都有关。
菊粉
益生元
代谢组
便秘
Anaerostipes
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