Alexandra Zhernakova
文章数:9篇
质子泵抑制剂
Gut:PPI对肠道菌群的影响大于抗生素等药物
质子泵抑制剂PPI是排名前10的最广泛使用的药物。① PPI的使用已与肠道感染风险增加相关,尤其是难辨梭状芽孢杆菌;② 肠道菌群在肠道感染中起着重要的作用,通过促进或抵抗病原菌定植;③ 调查了PPI的使用对肠道微生物的影响;④ PPI对肠道菌群的影响大于抗生素和其他药物。
质子泵抑制剂
肠道菌群
无谷蛋白饮食
短期无谷蛋白饮食对人肠道菌群的影响
① 无谷蛋白饮食是治疗乳糜泻的有效疗法; ② 21位健康人食用无谷蛋白饮食4周后,实验前、实验过程中及实验后的粪便样本被分析; ③ 实验前后个体间差异不变; ④ 无谷蛋白饮食过程中,能代谢淀粉的韦荣球菌科显著减少; ⑤ 21个代谢通路的活性与饮食改变相关。
无谷蛋白饮食
肠道菌群
健康人菌群
Science:健康人的菌群长啥样?
① 分析比利时1106+荷兰1135+全球数据库,共3948健康人粪菌;② 总共发现664属,14属为核心菌群;③ 分析69个临床和问卷调研:大便性状对菌群影响最大,药物是发生变化最大因素;④ 出生方式等幼年期事件与成年菌群组成没有关系;⑤ 发现了一些能作为疾病指针的属。
健康人菌群
正常菌群
核心菌群
疾病指针
健康人菌群
Science:环境-饮食-微生物-宿主关系决定者
环境-饮食-微生物-宿主关系研究突破:① 1135荷兰人,126个(31内在,12疾病,19药物,4吸烟,60饮食)因素与菌群相关;② 人菌群不同,有18.7%能用此解释,110因素与125细菌关联;③ 粪便嗜铬粒蛋白与61(占53%)菌相关;④菌多样性越大,嗜铬粒蛋白浓度越低。
健康人菌群
宿主因素
嗜铬粒蛋白
环境-饮食-微生物-宿主
表型
Nature子刊:人类功能基因组计划全力推动免疫研究
① 2013年,荷兰和美国科学家发起人类功能基因组计划(HFGP),将多组学数据与临床数据等结合在一起,期望借此能预测免疫相关新型相互作用;② 目前,已在队列研究中获得健康人和患者的临床数据、免疫表型(细胞和体液免疫)、基因组(GWAS SNP表型)、微生物组和代谢组数据,并建立了宿主DNA和RNA、粪便、血清、血浆和尿液的样本库;③ HFGP将充分推动免疫学研究,它也是一个开放性计划,欢迎全球科学家参与。
表型
代谢组
人类功能基因组计划
双歧杆菌
Nature Genetics:宿主基因影响肠道菌群
① 肠道菌群受到包括宿主基因在内的许多因素的影响;② 本文通过对1514个宏基因组测序结果进行分析,研究宿主基因对肠道菌群的影响;③ 全基因组分析分别鉴定出与微生物分类群及微生物通路相关的9个及32个loci(p值小于5*10^-8);④ 在针对复杂疾病、先天性及适应性免疫及饮食偏好相关区域的靶向分析中,鉴定出32个loci的p值小于5*10^-6;⑤ 鉴定出一个LCT SNP与双歧杆菌属的关联,并提供了基因-饮食互作对双歧杆菌属丰度的调节作用的证据。
双歧杆菌
宿主基因
肠道菌群
GWAS
Gut:宿主基因+肠道菌群,影响IBD发生和临床表现
① IBD患者临床表现差异明显可能与个体基因-肠道菌群互作有关;② 为验证该假设,研究人员对313位IBD患者及582位健康个体进行了病例对照分析;③ 通过对志愿者粪便16s、外周血、个体表型及基因型分析,研究人员建立了基于菌群调节基因NOD2、CARD9、ATG16L1、IRGM、FUT2的IBD风险评估体系;④ 并首次利用该体系发现健康高风险基因携带者其风险评分与Roseburia菌属的减少(失败率0.017)有关。⑤ 此外,发病部位同样影响着肠道菌群。
GWAS
IBD
宿主基因
肠道菌群
人体功能性基因组计划
Cell:肠道菌群如何调控细胞因子和免疫功能?
① 肠道菌群失调与异常免疫反应相关,通常伴随着炎症细胞因子的异常产生;② 本研究是人体功能性基因组计划(HFGP)中的一部分,探究在健康人中,肠道菌群组成及功能的差异,造成的个体间的对细菌刺激产生细胞因子响应的差异;③ 菌群-细胞因子间的联系模式是刺激源特异性、细胞因子特异性、刺激源+细胞因子特异性的;④ TNF-α与IFN-γ的产生与特异性菌群代谢通路相关:棕榈油酸代谢及色氨酸降解为色醇;
人体功能性基因组计划
功能基因组
肠道菌群
炎症因子
人体功能性基因组计划
Cell:基因,是细胞因子和免疫功能差异的基础
① 本研究是人体功能基因组学项目的一部分,旨在研究免疫反应差异性的决定因素;② 对2个群体共700人进行研究,寻找影响对体外刺激源响应以产生细胞因子的基因突变体;③ 遗传因素对细菌、真菌、病毒或非微生物刺激源刺激下的细胞因子产生能力有很大影响;④ 找到17个新的细胞因子QTL,基因突变体影响全血、血液单核细胞、巨噬细胞的6种不同细胞因子;⑤ 这些QTL对应的生物学通路中包含模式识别受体、细胞因子及补体抑制剂、血管舒缓素系统。
人体功能性基因组计划
功能基因组学
细胞因子
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