Eran Elinav
文章数:18篇
人体微生物组
Cell子刊:在健康和疾病中,如何个体化利用微生物组?
以色列魏兹曼科学研究所的Eran Segal、Eran Elinav和团队的重要综述:① 特别讨论:个性化了解每个人的微生物组成和功能,如何能促进个性化诊断、风险评估、疾病预防、疗法决策和患者随访;② 分析相关领域有什么局限性、误区和挑战;③ 探讨通过营养、益生元、益生菌、代谢产物的干预都有什么办法可以调控微生物组。
人体微生物组
个性化健康
个性化医疗
餐后血糖
Cell:通过精准预测血糖反应,实现个体化营养
2015年Cell十佳论文。以色列威兹曼科学院的研究人员发现即使吃相同的食物,不同的人餐后血糖水平会大不一样。他们开发了一套“机器学习”算法,将肠道菌群、血液检测、健康问卷、身体测量指标以及食物日志等数据相结合,结果准确的预测和改变了被试的血糖水平。
餐后血糖
肠道菌群
糖尿病
个体化营养
血糖水平
肠道菌群
Cell:癌症的原因可能是体内“熊熊菌火”?(综述)
① 肠道菌群中的某些成员可能改变菌群与免疫系统之间的平衡,促进慢性炎症及肿瘤的发生。② 失调的肠道菌群可能不受控制地激活先天免疫系统中的模式识别受体NLR和TLR。③ 失调的肠道菌群可能改变适应性免疫反应的平衡从而导致肿瘤的发生。④ 改变肠道菌群的组成可能是未来癌症治疗中的新方法。
肠道菌群
炎症
肿瘤
Nature:
① 无卡路里人工甜味剂(NAS)常被用作食品添加剂,因其低卡路里含量,摄入NAS被认为安全且有益健康;② NAS可造成肠道菌群组成及功能的改变,从而引起葡萄糖耐受的发展;③ NAS介导的有害代谢影响可通过使用抗生素消除,将摄入NAS小鼠的菌群移植给无菌小鼠后可转移有害表型,移植在NAS存在下无氧培养的菌群也有相似效果;④ NAS改变的菌群代谢通路与宿主对代谢疾病的易感性相关。
生物钟
Cell:生物钟被扰乱,肠道菌群会失调并促进肥胖!
① 小鼠和人体的肠道菌群的组成及功能呈现出受摄食节律影响的昼夜性变化; ② 宿主的分子生物钟被消除或诱导产生的时差导致肠道菌群异常的昼夜节律及生态失调; ③ 时差诱导小鼠或人体肠道菌群失调导致葡萄糖不耐受及肥胖; ④ 将上述小鼠的肠道菌群移植给无菌小鼠,后者表现出相同症状。
生物钟
昼夜节律
代谢紊乱
肥胖
减肥
Science:通过宏基因组测序结果分析细菌生长速率及与疾病的相关性
① 通过宏基因组测序难以获取生态系统中的高度动态变化情况;② 发现对于不同细菌物种的基因组,宏基因组测序的覆盖范围包含了一个波峰和一个波谷,波峰与细菌复制的起始对应;③ 测序数据覆盖范围的波峰与波谷的比值,可用于定量分析某个物种的生长速率;④ 在体内及体外、不同的生长条件下、复杂的细菌群落中均可重复上述发现;⑤ 对于某些细菌物种,峰/谷的比值,而非相对丰度,与IBD及2型糖尿病相关。
微生物通过调节NLRP6炎症小体信号通路调节代谢产物塑造肠道微环境
① 宿主-菌群共进化驱动内稳态和疾病易感性,但整合肠道宿主-共生微环境的主要机制未知;② 菌群相关代谢物如牛磺酸等通过共调节NLRP6炎症小体信号、上皮IL-18分泌和下游抗菌肽(AMP)的分布形成宿主-菌群相互作用;③ 炎症小体缺陷扰乱KMP平衡导致失调发展;④ 粪便转移后,结肠炎诱导的菌群通过抑制代谢产物介导的炎症小体改变微环境调节机制,导致AMP平衡破坏,有利于其优先定值;⑤ 恢复代谢物-炎症小体-AMP轴使菌群恢复正常并改善结肠炎。
母乳低聚糖
Cell子刊:母乳低聚糖,应对婴儿营养不良的希望
① 营养不良是一个涉及数百万儿童的全球性问题,目前世界各国对这一问题还缺乏有效的应对措施;② Charbonneau等发现母乳中的唾液酸低聚糖作为肠道内某些菌群生长必须的促进因子,通过“交互共生”作用影响一系列其他菌群的生长;③ 所有的这些代谢变化都增强了宿主对食物营养成分的利用效率;④ 所以母乳中的这些成分可以作为应对婴儿发育不良的新方法。
母乳低聚糖
艾滋病
BMC医学:肠道菌群作HIV治疗靶点,可能么?
① 胃肠道中的CD4+ T细胞是HIV病毒入侵机体的主要目标; ② HIV感染还可能造成肠道菌群组成及功能的改变; ③ 本综述回顾了HIV感染对肠道菌群的影响及肠道菌群对HIV阳性宿主的影响; ④ 并讨论了肠道菌群作为HIV治疗靶点的潜在可能。
艾滋病
HIV
抗逆转录病毒疗法
肠道失衡
CD4+ T细胞
先天免疫系统
Nature:先天免疫系统如何与肠道菌群打交道?
① 肠道微生物组整合环境、基因和免疫信号,影响宿主的代谢、免疫力和对感染的响应;② 先天免疫系统的造血和非造血细胞感知微生物或代谢产物,并转为宿主生理学响应和微生态调节的信号;③ 免疫系统和菌群之间通讯出现差错,引起复杂的疾病;④ 本文介绍各种细胞的生理学、系统间对话机制、对疾病的影响和相关领域发展方向。
先天免疫系统
固有免疫系统
造血细胞
代谢产物
生理学
脂肪肝
MM:非酒精性脂肪肝与肠道菌群的关系(综述)
① 近年来,已经有多路证据表明肠道菌群是脂肪肝和肝炎发生的重要环境因素;② 相关机制可能包括肠内皮屏障功能失调,促进全身性细菌移位及肠内和肝脏炎症;③ 脂多糖、短链脂肪酸、胆汁酸和酒精等代谢产物,可能通过直接和间接机制影响肝脏的病理学;④ 本综述详细讨论肠道菌群与非酒精性脂肪肝和肝炎的联系、机制和对临床的影响;⑤ 明确对肠道菌群与脂肪肝和肝炎的了解,有助于推动新诊疗方法产生,以更好应对这类常见肝病。
脂肪肝
肝炎
非酒精性脂肪肝
非酒精性脂肪肝炎
表达谱
Science:肠道菌群等因素影响小胶质细胞的发育
① 小胶质细胞是中枢神经系统的固有髓样细胞,在大脑的稳态维持和病理学中发挥重要作用;② 利用全基因组染色质和表达谱分析,加上单细胞转录组分析,发现与大脑同步发育的小胶质细胞经历早期、成熟前和成熟三个时间阶段;③ 编码小胶质细胞转录因子MAFB的基因被敲除,以及影响肠道菌群或产前免疫活性的环境因素,都会破坏小胶质细胞的发育基因和免疫响应通路;④ 这些新鉴定的渐进发育过程以及免疫响应通路或许与多种神经发育障碍有关。
表达谱
神经发育
肠脑轴
小胶质细胞
全基因组关联分析
ILC
Cell:肠道菌群塑造天然淋巴细胞谱系和调控
① 结合基因组范围内的RNA-seq、ChIP-seq及ATAC-seq分析比较小肠天然淋巴细胞的转录及表观遗传学特征;② 鉴定出上千种不同的基因profile及调控元件;③ 单细胞RNA-seq+流式+质谱分析揭示了3种经典天然淋巴细胞亚型的细胞因子表达及代谢活性之间的区别,并发现了现有分类之外的转录状态划分;④ 利用抗生素处理及无菌小鼠,研究菌群对天然淋巴细胞的调节,及天然淋巴细胞在单细胞水平上对菌群定殖的反应。
ILC
天然淋巴细胞
节食减肥
Nature:节食减肥?小心变坏的菌群让你报复性反弹哦
① 节食减肥后很容易经历更大的体重反弹,这一直困扰着减肥和研究者;② 在通过节食减去体重的小鼠肠道中,鉴定出发生变化且持续产生影响的肠道菌群特征,在重新给予高脂饮食后,这促进更快的体重反弹和代谢失常;③ 将这样的菌群移植给无菌小鼠并给予高脂饮食,体重也比移植正常菌群的小鼠更快增加;④ 研究者为此开发了基于菌群的机器学习算法,能个体化预测节食减肥后体重反弹程度;⑤ 节食后,菌群促进了黄酮类水平降低和能量消耗减少,这表明黄酮类干预或有助于抑制体重反弹。
节食减肥
减肥
体重反弹
高脂饮食
机器学习
昼夜节律
Cell:转录组周期性振荡,受肠道菌群昼夜节律调节
① 利用多种组学和图像工具,证明肠道菌群有规律振荡的生物地理学定位和代谢组模式,使肠上皮细胞在一天内会周期性暴露在不同细菌种类和代谢产物中;② 日复一日的微生物行为,驱动宿主昼夜节律性的转录、表观遗传和代谢振荡;③ 破坏微生物组节律,中止宿主正常染色质和转录振荡,也改变肝脏转录组和解毒模式,从而影响宿主生理学的每日波动和疾病易感性;④ 肠道菌群的昼夜节律,调节宿主转录和表观遗传模式的时间组织和功能结局。
昼夜节律
生物钟
转录组
肝脏解毒
菌群
Eran Elinav等:菌群代谢产物如何调控免疫系统?(综述)
① 肠道菌群的基因组及相关生化反应影响宿主健康,包括代谢、免疫、发育及行为;② 宿主与菌群的互作部分是通过菌群分泌的代谢产物进行的,后者对宿主生理有显著影响;③ 免疫系统不断巡视肠道微环境中的菌群代谢状态及定殖状态;④ 菌群代谢产物对宿主免疫系统有重要调节作用;⑤ 本综述总结了菌群代谢产物对免疫系统的发育及活性的调控。
菌群
代谢组
宿主免疫
microbiome-modulated metabolites
JI:菌群调控的代谢产物如何影响免疫力?(综述)
① 哺乳动物胃肠道及其相关的粘膜免疫系统拥有大量原核和真核生物来源的代谢产物,对真核生物的发展和生理起重要作用,这些生物活性分子源自营养和环境,或由宿主和菌群内生和调控;② 肠道粘膜免疫和菌群之间存在着复杂的交互网络,其密切交流可能受代谢物分泌物和信号的驱动,进而对宿主免疫和生理产生影响,菌群相关代谢物水平和活性的改变参与了越来越多疾病的发病机制;③ 本文综述菌群调控的代谢产物的起源和影响,尤其是对免疫细胞发育及功能的影响。
microbiome-modulated metabolites
bioactive molecules
microbiota
mucosal immune system
代谢健康
Cell子刊:一图读懂免疫-代谢-菌群对话的分子机制(必读)
① 免疫系统不仅在抗感染和抗肿瘤保护中发挥作用,而它在调节系统性代谢平衡中的作用被越来越多了解;② 在人的一生中,免疫和代谢系统之间的对话对促进代谢健康很关键,并在适应变化莫测的的环境和营养条件时发挥基础性作用;③ 扰乱免疫-代谢之间的复杂相互作用,会促进代谢状态的改变趋势,并可能发展成营养不良、2型糖尿病以及其他代谢综合征特征;④ 宿主基因、营养状况以及肠道菌群都是免疫-代谢相互作用的调节因素。
代谢健康
免疫系统
代谢综合征
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