Joel Dore
文章数:12篇
肠道微生物群
ISME:你肚里的细菌,决定酸奶益生菌对你有啥用?
①让大鼠食用含有5种不同细菌的食物,不同种细菌在大鼠体内被清除的速率不同。 ②一种乳酸乳球菌在不同大鼠的体内被清除的速率不同。 ③不同的清除速率与大鼠体内原有的肠道菌群组成不同相关。 ④随食物摄入的乳酸乳球菌对大鼠体内原有的肠道菌群组成也会产生影响。
肠道微生物群
食物中摄入的微生物
细菌相互作用
Gut:术后的克罗恩病人,菌群决定恢复情况?
① 回肠结肠切除(ICR)对肠道菌群生态有显著影响; ② 手术中,克罗恩病患者肠道菌群中变形菌们和杆菌属的比例较高; ③ 术后6个月,回肠结肠镜检查复发病人毛螺旋菌科比例升高; ④ 内窥镜检查复发病人durans肠球菌比例增加; ⑤ 术后缓解的病人菌群组成与复发的病人有显著差别。
细菌相互作用
IBD
肠道菌群
手术切除
环磷酰胺
Science:重磅抗癌药,菌群助药效!
① 环磷酰胺刺激抗肿瘤免疫反应;② 环磷酰胺导致小鼠小肠菌群组成改变,并促进某些革兰氏阴性菌向次级淋巴器官转移;③ 在次级淋巴器官处的细菌刺激宿主产生一群特殊的pTh17细胞以及Th1记忆细胞的免疫应答;④ 环磷酰胺对无菌小鼠或用抗生素杀死革兰氏阴性菌的小鼠无效。
环磷酰胺
肠道菌群
抗癌作用
基因组互作网络
赵立平团队:先天肥胖?不怕,用饮食纠正!
①富含不易消化糖类的饮食导致体重明显减轻、肠道菌群变化及炎症的缓解。②161种肠道菌群宏基因组分析发现产乙酸相关基因的增加。③尿液的代谢组分析表明氧化三甲胺和硫酸吲哚酚的合成显著降低。这些肠道菌群代谢物会增加炎症风险。④多组学系统分析表明了肠道菌群与遗传性及单纯性肥胖的密切关系。
基因组互作网络
肠道菌群
代谢组学
宏基因组学
肥胖
肠道菌群
ISME:猪的肠道菌群间相互作用与人相似?
① 肠道菌群内的生态相互作用复杂而鲜为人知;② 本文首次研究了猪肠道菌群的相互作用,并利用型如聚类分析进行比较;③ 从而构建了两个在属层面上的相互作用网;④ 在单个作用网内,猪肠道菌群的相互作用都与人肠道菌群类似;⑤ 这说明在人和猪之间,生态群落的相互作用和功能构架有一定保守性。
肠道菌群
生态相互作用
人肠道宏基因组
Nature:在人类肠道中鉴定出330万个微生物基因(2010)
① 作为人肠道宏基因组(MetaHIT)计划的一部分,研究者使用Illumina测序仪,组装并鉴定了124个欧洲人的粪便标本中的330万个不重复的微生物基因;② 这些超过人类基因150倍的基因集包含了绝大多数人类的主要肠道微生物基因,并且大部分基因在人群中共有;③ 细菌基因比例超过99%,这群人中有1100种左右种细菌,其中160个优势物种为人群所共有;④ 作者还对肠道宏基因组和肠细菌基因组进行了功能性分析。
人肠道宏基因组
Nature:肠道菌群基因丰度或可预测饮食干预的疗效
① 在38名肥胖及11名超重个体中,通过饮食干预诱导产生体重减轻及体重维持,以研究食物摄取、肠道菌群、代谢及炎症表型之间的关联;② 菌群基因丰度下降(40%)的个体表现出更加显著的代谢紊乱及低程度炎症;③ 饮食干预可改善提高基因丰度,并改善临床表型;④ 但对于那些菌群基因丰度更低的个体,饮食干预似乎不足以改善炎症症状;⑤ 低菌群基因丰度可作为饮食干预疗效的预测因子。
人类肠道菌群的丰富性与代谢标志物相关
① 对123名非肥胖和169名肥胖的丹麦人进行肠道菌群分析;② 两个群体的肠道菌群基因数量存在差异,因此肠道菌群丰富性也不同,且含不同比例的已知和未知的细菌种属;③ 相比高菌群丰富性个体,低菌群丰富性个体整体肥胖、胰岛素抵抗和血脂异常更为明显,具有更明显的炎症表型;④ 低菌群丰富性群体中的肥胖者体重随时间增加的更多;⑤ 仅有少数细菌种属可区分高和低菌群丰富性个体,甚至是瘦和胖个体。
二甲双胍
Nature:二甲双胍对糖尿病人的肠道菌群到底有何影响?
① 近年来,众多研究发现了慢性病与人体微生物组成和功能之间的联系,但大多数研究缺乏合理的对照,从而影响了结果的可信性;② 通过对784个现有人肠道宏基因组的数据来分析降糖药物是如何对结果产生影响,大量分析主要针对最广泛使用的降糖药-二甲双胍;③ 我们证实二甲双胍通过微生物调节而产生的药效是通过产生短链脂肪酸,并增加埃希氏杆菌达成的;④ 限制二甲双胍的使用可以使肠道产丁酸菌群减少,从而使菌群更接近二型糖尿病人的菌群。
二甲双胍
二型糖尿病
短链脂肪酸
埃希氏杆菌
血清代谢组学
Nature:两种肠道细菌改变血清代谢组,增加糖尿病风险
① 研究277个非糖尿病丹麦人;② 胰岛素抵抗个体的血清代谢组中,支链氨基酸增加,这对应于:有支链氨基酸合成潜力的肠道菌群增加,编码这些氨基酸的细菌内转运蛋白的基因缺失;③ copri普氏菌和普通拟杆菌是推动支链氨基酸生物合成和胰岛素抵抗的主要物种,在小鼠中,copri普氏菌可引起胰岛素抵抗,加重葡萄糖不耐受并增加支链氨基酸的外周循环;④ 本研究提示靶向微生物有减少胰岛素抵抗、降低常见代谢和心血管疾病发生的潜力。
血清代谢组学
胰岛素抵抗
支链氨基酸
转运蛋白
葡萄糖不耐受
参考基因目录
Nature子刊:在猪肠道中鉴定出770万个微生物基因(2016)
① 本研究对来自287头猪的粪便DNA进行了宏基因组深度测序;② 鉴定出代表了719个宏基因组物种的770万个非冗余基因;③ 在人类肠道菌群宏基因组目录中的功能性通路中有96%在猪中也存在;④ 性别、年龄、宿主基因都能够影响猪的肠道菌群;⑤ 从动物饮食中去除抗生素可降低抗生素耐药基因的传播风险。
参考基因目录
抗生素
耐药基因
抗生素抗药性
bacteria
Gastroenterology:IBS病人的肠道菌群特征
① 选取110名肠易激综合征患者及39名健康人,收集其粪便及粘膜样品进行分析;② 肠易激综合征患者与健康人之间的粪便菌群组成及丰度无显著差异;③ 利用机器学习方法鉴定出严重肠易激综合征患者的肠道菌群特征,并在验证集中确认了其鲁棒性;④ 这个肠道菌群特征可用于区分健康人/严重肠易激综合征患者/轻度肠易激综合征患者;⑤ 肠易激综合征症状严重性与菌群丰度、呼出CH4、产甲烷菌的存在等呈负相关。
bacteria
functional bowel disorder
Microbiome
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