Genome Medicine微生物组特刊
文章数:19篇
阴道菌群
基因组医学:改变阴道菌群,靠谱么?
① 阴道菌群是女性生殖道的第一道防线,阴道乳酸杆菌缺陷的女性有较高的生殖及妇科疾病的风险; ② 不同种的阴道特有的乳酸杆菌利用厌氧环境产生低pH值的乳酸,后者是广谱杀菌剂及杀病毒剂; ③ 要改变女性的阴道菌群,最好的时间是刚出生时,尤其是母亲带有的阴道菌群与生殖系统感染相关时。
阴道菌群
乳酸杆菌
肠道菌群
肠道菌群影响情绪:临床应用的进展
近年来人们日益认识到大脑-肠道轴在维持健康和应激反应中起着关键作用。① 肠道菌群已经成为大脑-肠道轴的主要调节器;② 我们有机会利用肠道菌群治疗与压力相关的精神疾病;③ 有关这种治疗策略的临床验证是必须的。
肠道菌群
大脑-肠道轴
精神疾病
菌株水平分析
赵立平:菌株水平分析,了解菌群与疾病关系的正道
基因和代谢组技术促进菌株水平分析:① 新算法可在宏基因组数据中组装特定菌株基因组草图;② 以核磁共振为基础的代谢组分析,可在尿液等样本鉴定出与疾病表型相关代谢产物;③ 多组学方法也可鉴定编码代谢物前体的基因;④ 如后续机制研究确立因果关系,特定菌株就可成诊断生物标志物和治疗靶标。
菌株水平分析
宏基因组
代谢组
基因组草图
多组学分析
肠道菌群
肠道菌群对炎症、肥胖和代谢性疾病的影响
① 肠道菌群和宿主之间,分子层面上的代谢、免疫相关性已经得到证实;②本篇文章综述目前在肥胖和代谢性疾病中,肠道菌群与宿主的能量代谢及免疫系统之间相互作用的机制; ③ 并着重介绍了联系菌群和宿主代谢炎症的通路;④ 最后讨论了通过重塑肠道菌群生态系统控制肥胖及某些病原菌的可能性。
肠道菌群
炎症反应
肥胖
代谢性疾病
代谢炎症
无谷蛋白饮食
短期无谷蛋白饮食对人肠道菌群的影响
① 无谷蛋白饮食是治疗乳糜泻的有效疗法; ② 21位健康人食用无谷蛋白饮食4周后,实验前、实验过程中及实验后的粪便样本被分析; ③ 实验前后个体间差异不变; ④ 无谷蛋白饮食过程中,能代谢淀粉的韦荣球菌科显著减少; ⑤ 21个代谢通路的活性与饮食改变相关。
无谷蛋白饮食
肠道菌群
唾液蛋白组
超深度定量唾液蛋白组分析揭示口腔菌群动态
① 唾液分泌与口腔菌群与蛀牙呼吸道感染相关; ② 用以质谱为基础的蛋白组学分析方法,定量分析8位健康人2个不同时间点的唾液蛋白组; ③ 来自50个细菌属的超过2000种细菌蛋白被定量; ④ 蛋白组学分析结果与人类基因组计划中的测序数据相吻合; ⑤ 口腔菌群受饮食和刷牙的影响显著。
唾液蛋白组
口腔菌群
菌群
Genome Medicine:健康菌群长啥样?
① 不同人之间肠道菌群宏基因组的差别很大; ② 列出充分的保持健康所必需的菌群的组成,是发展针对菌群的疗法的第一步; ③ 一些研究记录了健康人群菌群组成及功能多样性,及地理、饮食及生活方式等影响因素; ④ 本综述回顾了几种对“健康菌群”的定义及对“健康菌群”多样性的现有了解。
菌群
健康
微生物组
破解微生物组的路线图
① Genome Medicine杂志发布了一期文献合集; ② 这些文献的关注点包括了对人体微生物组功能研究的最新见解; ③ 以及疾病及疾病治愈后人体微生物组组成的改变; ④ 还包括了利用计算方法分析个体疾病风险。
微生物组
艰难梭菌感染
复发及不复发艰难梭菌感染病人的粪便菌群动态
① 分析93位复发或不复发艰难梭菌感然病人的粪便菌群; ② 两组病人的粪便菌群多样性及群落结构有显著差异; ③ 这些病人的粪便菌群可分为4个群落组; ④ 复发病人的菌群多样性恢复较差; ⑤ 重症病人的菌群多样性显著降低。
艰难梭菌感染
粪便菌群
生物地球化学
微生物宏基因组揭示气候相关的地表下生物地球化学过程
① 宏基因组技术的发展使许多新的地表下的微生物及其在生物地球化学过程中的功能被发现; ② 许多新发现的微生物有着极小的细胞体积及基因组,其代谢能力十分有限,需要与群落中的其他微生物共生; ③ 许多新发现的微生物能够催化温室气体的转化; ④ 气候变化与地表微生物的相互影响值得关注。
生物地球化学
气候
微生物
宏基因组
类风湿关节炎
类风湿关节炎中肠道菌群一个罕见谱系的扩增
① 分析RA病人及健康人粪便样品; ② RA病人肠道菌群多样性降低,且与病程及自身抗体水平相关; ③ RA病人肠道中一个罕见的分类群——放线菌门的丰度上升; ④ RA病人中Collinsella等3个菌属丰度改变; ⑤ Collinsella的丰度与促炎因子IL-17A水平相关。
类风湿关节炎
肠道菌群
抗生素
抗生素对小鼠肠道菌群的扰动增加与高脂饮食相关的肥胖、胰岛素抵抗及肝病
① 小鼠分为2组,对照及服用抗生素,2组均在13周后食用高脂饮食; ② 服用抗生素的小鼠体重及脂肪质量增加; ③ 胰岛素抵抗及非酒精性脂肪肝在服用抗生素的小鼠中更严重,尽管雌雄结果并不一致; ④ 服用抗生素的小鼠肠道内有某些特异性细菌分类群与疾病相关。
抗生素
肠道菌群
肥胖
胰岛素抵抗
肝病
病毒组
Genome Medicine:别忽视肠道病毒!
① 人体病毒组包括了能够感染真核细胞的病毒及噬菌体; ② 肠道病毒组与肠道细菌、真菌等一起构成了肠道微生物组; ③ 宿主相关的病毒组对人体生理的重要性被忽视了; ④ 病毒与宿主基因网络互作,影响人体的健康与疾病; ⑤ 分析宿主基因网络时遗漏掉病毒组意味着遗漏掉了重要的信息。
病毒组
结肠直肠癌
基于菌群的模型提高了检测结肠病变时粪便免疫化学检测的敏感度
① 结肠直肠癌(CRC)改变肠道菌群组成,使肠道菌群可作为CRC的生物标记物; ② 分析490名病人粪便样本,利用肠道菌群相对丰度及粪便中血红蛋白浓度构建模型; ③ 传统粪便免疫化学检测未能检测出的结肠病变中,70%癌症及37.7%腺瘤可被该模型检测出。
结肠直肠癌
粪便免疫化学检测
生物标记物
肠道菌群
抗生素
抗生素对菌群贯穿发育过程的影响以及调节治疗中的不同选择
① 抗生素影响人体免疫系统、抵抗感染及处理食物的能力; ② 本综述总结了关于抗生素对人体菌群的短期及长期影响的最新研究; ③ 以及抗生素的使用对营养不良、肥胖、糖尿病及艰难梭菌感染等疾病的影响; ④ 并讨论抗病毒并减少耐药性的疗法的最新研究进展; ⑤ 最后讨论了益生菌及粪菌移植。
抗生素
菌群
老年人
肠道菌群中的早衰特征
① 老年人身体的脆弱与肠道菌群的组成改变相关; ② 在较年轻的群体中分析728名女性双胞胎的粪便样本; ③ 脆弱指数(frailty index,FI)与肠道菌群的α-多样性负相关; ④ 细长针杆菌及迟缓埃格特菌丰度随FI增加而增加,柔嫩梭菌群丰度则随FI增加而降低。
老年人
肠道菌群
虚弱
血液感染
预处理期间的肠道菌群可预测化疗相关的血液感染
① 分析28名在造血干细胞移植前接受化疗的非霍奇金淋巴瘤患者的肠道菌群; ② 在化疗后出现血液感染的患者肠道菌群多样性减少; ③ 脱硫弧菌属等7个分类群的丰度降低; ④ 基于粪便菌群的血液感染危险指数以90%的敏感度及90%的特异性预测血液感染。
血液感染
化疗
肠道菌群
微生物
微生物将饮食成分代谢生成生物活性物质:新疗法的机遇
① 疾病状态下微生物代谢产物发生显著改变; ② 微生物将饮食成分代谢后得到的产物对肠道及免疫稳态、能量代谢、血管及神经功能有很大影响; ③ 本综述回顾了如短链脂肪酸、色氨酸、酪氨酸衍生物及氧化脂肪酸等饮食代谢产物对宿主生理的影响; ④ 介绍了这些产物生成的细菌代谢途径。
微生物
代谢产物
饮食
癌症
菌群介导的癌症中的感染
① 癌症中发生的感染可能来自癌症治疗或癌症本身,免疫系统受损、解剖屏障破坏及医院内病原体暴露是可能原因; ② 常见万古霉素耐药性的肠球菌、肠杆菌及艰难梭菌感染; ③ 这些细菌正常状态下也存在于体内,但在体内菌群收到破坏时发生感染; ④ 本综述讨论菌群在癌症相关感染中的作用。
癌症
感染
菌群
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