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代谢相互作用
文章数:3篇
口腔菌群
量化人类口腔菌群生物合成能力的新方法
微生物的生物合成能力是其生长和相互作用的基础,在微生物群落结构中起着重要作用。对于大型、多样的微生物群落,这些能力的预测受到代谢功能和环境条件的不确定性的限制。eLife发表的文章,提出一种基于渗透理论的概率方法,来计算量化代谢网络如何在一组可变环境下产生一组给定的代谢产物。本方法是基于整个代谢网络,并捕获大量不同的途径,即不依赖于已经注释的生物合成途径,而是寻求使用整个代谢网络结构来预测生物合成能力。本方法可广泛用于理解复杂微生物生态系统中的代谢相互作用。
口腔菌群
Saccharibacteria (TM7)
computational biology
human microbiome
metabolic modeling
代谢相互作用
FG:菌群代谢建模,正火热发展!
① 测序技术发展特别是宏基因组学的出现,推动了微生物群落的研究;② 但利用宏基因组方法无法在分子水平上对群落成员之间代谢相互作用进行建模,也无法分析代谢互作对整个生态系统的影响;③ 可使用基于约束的建模方法(例如代谢流平衡分析),建立基因组规模的微生物代谢网络模型;④ 这些方法已被应用于单个模式生物,近年来开始被逐渐应用于多生物分析中;⑤ 重点介绍代谢相互作用建模相关的可能性和挑战,讨论该模型的可行性和前景。
代谢相互作用
微生物群落代谢模型
建模
代谢通路
Cell子刊:微生物组是如何进行代谢合作的?(综述)
① 本综述特别关注:由肠道菌群中不同群落成员推进的代谢进程、这些成员相互以及与宿主间互作的通路、这些互作对菌群整体代谢机制的影响;② 总结对菌群这个复杂生态系统中代谢相关内部运作机制的研究;③ 特别强调两条内部协作线:一条是解开微生物组,以确定不同物种的代谢能力,另一条是利用计算模型来推断和研究这些物种间的代谢相互作用。
代谢通路
代谢机制
代谢相互作用
代谢产物
代谢互作