基因组数据分析

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基因组数据分析

文章数：4篇

寻找与CRC、IBD相关肠道菌群基因的新方法

分析共丰度基因群（ CAG）有助于简化从基因层面研究菌群的方法。近期《Microbiome》发表一种新的数据处理方法，将CAG作为基础单位进行基因水平的菌群分析，并用该方法验证了一系列结直肠癌、炎症性肠病人群研究中与疾病相关的CAG。该数据计算方法有助于在基因层面揭示肠道菌群与人体健康的关系。

丰度基因肠道菌群标志物方法学结直肠癌炎症性肠病(IBD)

抗菌素研发

何处寻觅新型抗生素？（综述）

新抗菌物质和抗感疗法的研发迫在眉睫。通过回顾2014-2017年间发现的131种新抗菌分子，本综述总结了寻找抗菌物质的方法，强调了宏基因组数据分析在定位潜在抗菌分子中的重要贡献。同时归纳了合成生物学、噬菌体疗法、窄谱抗菌药物研发等技术在治疗感染、防控抗生素耐药性过程中的潜在价值。本文对开发新型抗菌药物、管控抗生素耐药性具有参考价值。

抗菌素研发 Hidden Antibiotics Habitat Profiling natural product Genome Mining

微生物全基因组测序技术离临床运用还有多远？（综述）

全基因组测序(WGS)的精确性，可提供从菌株/表型鉴定到来源的相关信息，但在临床感染诊疗领域缺乏广泛运用。本文回顾了WGS转化为临床运用过程的多个瓶颈和问题，并提出了若干解决方法，为WGS后续的临床应用与技术转化提供了可参考的方案。

技术转化全基因组测序（WGS）临床运用抗生素耐药表型鉴定

内源性逆转录病毒

内源性逆转录病毒表位参与肾透明细胞癌肿瘤免疫

这篇来自北卡罗莱纳大学的article介绍了一种算法hervQuant，鉴定并证实了内源逆转录病毒序列参与了肿瘤免疫，尤其是在肾透明细胞癌中。

内源性逆转录病毒肾透明细胞癌基因组数据分析肿瘤免疫独立预后因素