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Jun Wang
文章数:16篇
菌群研究
Nature子刊:菌群领域KOL探讨菌群治疗面临的挑战
Global Engage和Nature Biotechnology于2018年5月组织菌群领域KOL对人体菌群研究及转化的未来进行了深入探讨,指出了目前研究的局限性的同时,也提出了一系列具有创新性的观点,对于未来的菌群相关基础研究、临床转化、产品开发等都具有重要参考价值!
菌群研究
菌群治疗
访谈录
人体菌群
菌群治疗
肠型
Nature子刊:利用“肠型”对肠道菌群进行分类
这是Nature Microbiology发表的重要文献,包括王俊、赵立平等两位中国科学家在内的29位菌群研究领域的重量级科学家,针对“肠型”这个概念进行了新的探讨,以求推动对这个重要概念的统一认识并将其推到实践。新方案是综合之前多种分型方案之长但充分考虑菌群功能、生态学及临床需求的在线方法。具体方法值得专业人士去深挖,我们仅简要介绍。特别推荐!
肠型
Trevor Beaudoin
Charles M Deber
高脂饮食
Microbiome:高脂饮食而非肥胖导致小鼠肠道菌群改变
胖老鼠的肠道菌群发生改变,是因为它胖,还是因为它吃了不健康的食物呢?这篇文章有答案!吃,看来是肠道菌群扰动的最大因素之一!
高脂饮食
肥胖
C57BL/6J mice 129S6/Sv mice Obesity High-fat feeding Microbiota Microbiome Indomethacin
粪菌移植
APT:新鲜粪便样本用于粪菌移植治疗CDI效果最好
做粪菌移植,冷冻的好,还是新鲜的好?之前有研究认为二者区别不大,但这个研究发现还是新鲜的好。研究总是会有差异,到底怎样的好,我们一起让子弹再飞一会。
粪菌移植
复发性艰难梭菌感染
随机双盲临床试验
新鲜粪便
冻干粪便
参考基因集
史上最多双胞胎菌群测序:250人,鉴1140万基因+800万SNP
华大基因参与的一项研究,对250名成年英国双胞胎进行粪便菌群宏基因组测序,建立起包含1140万个基因的肠道菌群参考基因目录(比2014年同样由华大参与并发表在Nature Biotechnology的988万又多了一百多万个),同时还鉴定出肠道菌群中的8百万个SNP,并明确肠道菌群的可遗传性和环境因素的影响。这又是一篇宏基因组测序的重要文章,特别推荐!值得一提的是,该文主要作者都在我们的Hi Microbes系列群里,这篇文章也是今年群友发出的最重要文献之一。
参考基因集
宏基因组测序
SNP
遗传因素
环境因素
参考基因目录
Nature子刊:在猪肠道中鉴定出770万个微生物基因(2016)
对来自287头猪的粪便DNA进行了宏基因组深度测序,鉴定出719个宏基因组物种,770万个非冗余基因,这个与迄今为止在人类肠道菌群中发现的基因数量(http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1045745408)有得一拼哪。强烈推荐看一看。
参考基因目录
抗生素
耐药基因
猪
抗生素抗药性
基因组
SR:鹅与肠道菌群的适应性共进化
鹅有着许多独特的能力,如肝脏脂肪沉积及纤维消化,这些能力的获得,除了鹅自己的基因组给力外,肠道菌群的宏基因组也发挥关键性作用。最近SR上,已经连续有两篇关于鹅的肠道菌群的研究,他们的Editor爱吃鹅肝?[呲牙]
基因组
宏基因组
鹅
肠道菌群
适应性进化
血清代谢组学
Nature:两种肠道细菌改变血清代谢组,增加糖尿病风险
最新online的nature,关注肠道菌群如何影响血清代谢组、胰岛素抵抗、代谢和心血管疾病,值得一读。
血清代谢组学
胰岛素抵抗
支链氨基酸
转运蛋白
葡萄糖不耐受
宏基因组关联分析
Nature Reviews:王俊&贾慧珏教你MWAS怎么玩!
碳云智能的王俊和华大基因的贾慧珏最新发表在Nature Reviews Microbiology的综述,系统介绍了MWAS,这是相关研究者近期最值得看的综述之一。而上周Nature专辑发表的综述中,也系统阐述了MWAS,相关研究和应用的精彩大幕,已然揭开。
宏基因组关联分析
MWAS
因果关系
慢性病
2型糖尿病
二甲双胍
Nature:二甲双胍对糖尿病人的肠道菌群到底有何影响?
去年Nature上的重量级研究,证实二甲双胍通过微生物调节而产生的药效是通过产生短链脂肪酸,并增加埃希氏杆菌达成的。强烈推荐重温经典。
二甲双胍
二型糖尿病
短链脂肪酸
埃希氏杆菌
Grace Hewon Shin
类风湿关节炎
类风湿性关节炎患者口腔及肠道菌群受到扰乱且在治疗后部分恢复
① 纳入类风湿关节炎患者(RA)及健康人的粪便、牙齿及唾液样品,分析三个部位样品菌群组间差异;② RA患者口腔及肠道菌群失调,且具有一致性,治疗后菌群可部分恢复;③ RA患者样本中,嗜血杆菌属消失殆尽且与血清抗体水平呈负相关,唾液乳酸杆菌过表达且与RA活跃程度正相关;④ 在功能上,RA患者体内的氧化还原环境、铁、硫、锌和精氨酸的转运和代谢发生改变;⑤ 检测到与RA相关的人类抗原的分子拟态,提出利用菌群进行预后和诊断的可能方法。
类风湿关节炎
口腔菌群
肠道菌群
W H Wilson Tang
Stanley L Hazen
婴儿肠道微生物
Cell子刊:出生第一年,人的肠道菌群会怎么变?(综述)
① 纳入98对母子,并对其出生后第一年的肠道微生物进行测定;② 与经阴道分娩的婴儿相比,剖腹产婴儿的肠道微生物群与母亲肠道微生物群的相似性明显降低;③ 营养和外源代谢的变化标志着肠道微生物群的成熟;④ 营养对早期微生物群的组成和功能有重大影响,停止母乳喂养对于婴儿肠道微生物转变为成人样微生物群是必需的,而引入固体食物是非必需的;⑤ 微生物群落的组成和生态网络在每个采样阶段都具有不同的特征,与微生物群落的功能匹配相一致。
婴儿肠道微生物
母乳喂养
肠道菌群
健康和炎症性肠病人群中固有和活跃肠道菌群的地理模式
① 分析来自德国、立陶宛及印度的健康人或炎症性肠病(IBD)患者的89个粘膜活检样品;② 在细菌分类水平和菌群组成(β-多样性)层面揭示了IBD相关肠道菌群受到疾病状态和地理因素的影响;③ 地理因素对活跃肠道菌群(菌群16S转录水平)影响更大;④ 柔嫩梭菌中的两个属与IBD相关且不受地理因素影响;⑤ 指示种分析表明,与IBD相关的菌属存在人群共享,也存在私有,该结果可为菌群在疾病病因和治疗靶标的研究中提供理论基础。
IBD
肠道菌群
地理因素
Cheng-Ying Jiang
Shuangjiang Liu
参考基因
Nature子刊:在人类肠道中鉴定出近988万个微生物基因(2014)
2014年,以MetaHIT为班底的团队,特别是华大基因团队,在Nature Biotechnology上公布了截至当时最全的肠道微生物参考基因集,包含9879896个基因,这是令人震惊的数字!
参考基因
人肠道宏基因组
基因集数据库
metaHIT
Hsin-Jung Joyce Wu
二型糖尿病
Nature:二型糖尿病人的肠道菌群长啥样?(2012)
这是MetaHIT的核心成果之一,也是覃俊杰博士在2010年Nature第一作者论文之后的又一重量级研究成果,这开启了用MGWAS分析慢性疾病中肠道菌群的先河,随后大量慢病相关研究出现,包括2013年关于肥胖、2014年关于肝硬化的Nature article。
二型糖尿病
宏基因组相关研究的方法
宏基因组基因关联群组
宏基因组测序
Thomas Blank
人肠道宏基因组
Nature:在人类肠道中鉴定出330万个微生物基因(2010)
经典回顾,这是MetaHIT抢在HMP团队之前在Nature上发出的第一个重量级阶段性研究成果,也是覃俊杰博士的成名之作,迄今被引用次数已近4000次。
人肠道宏基因组
Jacques Ravel
Jacques Ravel