陈卫华
华中科技大学生命科学与技术学院教授、博士生导师
陈卫华,教授、博士生导师;海外引进高层次人才。研究主要方向是肠道菌群精细调控与人体健康。通过实验与生物信息学分析相结合,发现肠道和肿瘤部位微生态异常与疾病的关联;利用噬菌体或小分子物质对特定肠道细菌精准调控,以达到改善微生态、改善和治疗疾病之目的。截止2021年9月,以主要作者(通讯或第一)身份在Science、Cell Metabolism、Nature Communications、Molecular Systems Biology、Nucleic Acids Research等杂志发表文章60多篇。他引4100多次,H-因子28。
陈卫华+赵兴明+赫丽杰:实现疾病标志物识别和跨数据集比较的人类肠道菌群数据库GMrepo v2
① GMrepo v2(肠道菌群的数据存储库) 包含 353 个项目和 71,642 个测序样本,与之前的版本相比显著增加;② 这些样本中,分别通过 16S rRNA基因扩增子和随机宏基因组测序获得 45,111 和 26,531 个,表型数量从 92 个增加到 133 个,还引入疾病标志物识别和跨项目/表型比较;③ 首先为选定的项目确定两种表型(例如健康与疾病)之间的疾病标志物,然后比较跨数据集的每个表型对的已识别标记,并提供一个以标记为中心的视图。
2021-11-12
陈卫华+刘智+赵兴明:人体菌群及其与健康和疾病关联的精选数据库 mBodyMap
① mBodyMap收集63148个来自136个项目的22个人体部位样本(与健康和56种疾病有关),含6247个物种和1645个属;② 数据库构建是为促进人类宏基因组数据可重用性和可获得性,有助于用户更好了解多部位菌群失调与疾病间的关系;③ 根据人类疾病和身体部位对样本分层,利于用户快速找到对疾病中感兴趣的菌群,实现跨数据集比较和可视化;④ 未来还会添加人体多部位新数据(宏基因组和病毒组),允许用户实现跨样本比较、差异分析和数学建模。
2021-10-28
国内团队:“无菌小鼠+粪菌移植”研究人类疾病与菌群的因果关联可能不靠谱?
① 收集来自4项已发表研究的数据,并分析了1713对人-鼠的肠道菌群谱;② 发现在物种水平上平均只有47%的人类肠道菌群可以在小鼠中重建,其中超过1/3发生显著变化(可变分类群);③ 大多数可变分类群在多个人-鼠对和不同实验环境中是一致的;④ 约1/3的人类样本的肠型发生改变,即粪菌移植后主要物种发生显著变化;⑤ 饲喂受控饮食的小鼠的肠型变化率 (23.5%) 低于饲喂非受控饮食的小鼠 (49.0%);⑥ 多数可变分类群与人类疾病有关。
2021-06-09
国内团队:3种常见肠道疾病的菌群特征异同和诊断模型
① 对CD、UC和CRC的13个粪便宏基因组数据集进行荟萃分析;② 87个标记物种和65个标记通路在同一疾病多个数据集中存在一致变化;③ CRC特异性富集的物种有最高的系统发育多样性,UC特异性物种在系统发育上与CRC接近;④ 疾病相关物种与代谢能力的变化有关,特别是降解功能,部分标记物种和通路与肠漏相关;⑤ 标记物种间的网络联系增强,或与疾病肠道环境的选择压力有关;⑥ 基于标记物种和通路构建4种高效的疾病识别和分层模型,性能良好且真阳性率高。
2021-05-04
国内团队:人类肠道宏基因组数据库——GMrepo
① GMrepo是一个精心挑选和注释的人类肠道宏基因组数据库,用于重用和访问人类肠道菌群宏基因组数据;② 根据样本相关表型组织所收集到的样本,并囊括所有可能的相关元数据,如年龄、性别、国家、BMI和近期抗生素使用情况;③ GMrepo配备图形化查询生成器,使用户能方便地对元数据中的多个指标进行个性化查询;④ 可通过GMrepo获得预先计算的物种丰度、表型内和表型间的流行度以及菌株共现网络等信息;⑤ GMrepo目前包含58903个人体肠道样本/次。
2019-09-04
华中科技大学:解读肠道病变中的菌群互作
① 重新分析了两个炎症性肠病和一个结直肠癌的人类肠道菌群宏基因组数据,构建出了肠道疾病过程中肠道菌群的代谢依赖型互作网络;② 益生菌是该互作网络中的重要节点,在疾病患者和健康人群中,其他细菌对益生菌有很强的抑制作用;③ 在疾病状态下富集的细菌类群,其丰度可受自身或其他细菌的影响而增加;④ 代谢互作网络中临近物种的相互作用,可能导致肠道菌群在肠道发病过程中发生改变的基础。
2019-06-04
NAR:细菌-噬菌体互作数据库
① 建立MVP(细菌vs. 噬菌体)数据库,旨在提供全面的噬菌体-细菌互作信息;② 首先从不同来源收集了50782条病毒序列,基于序列相似性将其分类为33097个独特的病毒集群;③ 在18608个病毒集群及9245个原核生物(包括细菌和古细菌)中,鉴定出26572个互作;④ 基于从已公开的数据集、基因组及宏基因组数据中收集的30321个证据条目建立上述互作关联;⑤ 基于噬菌体的宿主,将噬菌体归类至“种”、“属”、“科”特异性集群。
2017-11-21
注:FA表示第一作者;CA表示通讯作者;SA表示高级作者
2021
2020
华中科技大学生命科学与技术学院教授、博士生导师
陈卫华,教授、博士生导师;海外引进高层次人才。研究主要方向是肠道菌群精细调控与人体健康。通过实验与生物信息学分析相结合,发现肠道和肿瘤部位微生态异常与疾病的关联;利用噬菌体或小分子物质对特定肠道细菌精准调控,以达到改善微生态、改善和治疗疾病之目的。截止2021年9月,以主要作者(通讯或第一)身份在Science、Cell Metabolism、Nature Communications、Molecular Systems Biology、Nucleic Acids Research等杂志发表文章60多篇。他引4100多次,H-因子28。
2003年~2006年:中国科学院北京基因组研究所,遗传学,博士
2000年~2003年:东北师范大学生命科学院遗传与细胞研究所,遗传学,硕士
1996年~2000年:河南师范大学生物科学学院,生物学,学士
2016年9月~至今:华中科技大学生命学院,生物信息与系统生物学系,教授
2014年~2016年:瑞士生物信息学研究所,博士后
2008年~2013年:欧洲分子生物学实验室,博士后
2007年~2008年:杜塞尔多夫大学,博士后
2006年~2007年:北京基因组研究所,研究助理
肠道菌群与人体健康,鉴定疾病标志菌,构建疾病诊断机器学习模型。利用公共和自有数据,验证标志菌和模型的多中心、跨地域稳定性。
肠道菌群精细调控。研究噬菌体与肠道细菌的关系,通过发现、改造噬菌体实现对特定肠道细菌的示踪和精细调控(敲除)。