朱瑞新
同济大学 生物信息系 教授、同济大学 附属第十人民医院 特聘研究员
朱瑞新教授所领导的团队致力于生物信息驱动(数据驱动)的宏基因组相关研究,尤其擅长于宏基因组相关算法开发以及微生物与宿主或环境互作分析。 以第一或通讯作者身份(含并列)在包括Nature Ecology & Evolution, Nature Microbiology, The Lancet Gastroenterology & Hepatology,Cell Reports Medicine, Nature Communications 和 Gut等知名期刊发表SCI论文65篇。 主编出版了国内“计算机辅助药物设计”第一本本科生专业教材:《计算机辅助药物设计:基本方法原理概要与实践详解》(朱瑞新编著,大连理工大学出版社,2011年,ISBN 978-7-5611-6104-3)。 任期刊Frontiers in Pharmacology(IF=5.81)和Frontiers in Microbiology(IF=5.64)副主编。 已培养出2名独立PI。
朱立新/刘占举/朱瑞新/焦娜等:肠菌单核苷酸变异助力大肠癌早期无创筛查
近日,中山大学朱立新、同济大学附属第十人民医院刘占举和朱瑞新、浙江大学焦娜及团队在Gut Microbes发表最新研究,整合了多队列全宏基因组测序数据,并系统评估了多模态微生物标志物对于结直肠腺瘤的诊断效能,最终揭示了微生物单核苷酸变异作为疾病诊断标志物的潜力巨大,值得关注。
2023-08-31
刘占举+郭天南+朱瑞新Cell子刊:多组学破译克罗恩病中宿主与肠道菌群互作的空间特征
宿主-菌群互作失调在克罗恩病 (CD) 肠炎的发生发展中起着关键作用,然而肠道及其附属组织的空间分布和相互作用网络尚不清楚。近日,同济大学刘占举、朱瑞新团队联合西湖大学郭天南在Cell Reports Medicine发表文章,通过对克罗恩病患者的肠道及其附属组织的整合多组学分析,揭示了宿主蛋白和肠道菌群的空间特征及其相互作用,为CD发病机制以及基于蛋白和微生物的潜在诊断标志物提供了新见解。
2023-05-24
李后开+朱瑞新等:冠心病患者肠菌与机体代谢有何特征?
近日,上海中医药大学李后开、同济大学朱瑞新、上海中医药大学张卫东、北京中医药大学附属东直门医院沈晓旭及团队在Microbiology Spectrum发表最新研究,纳入42名稳定性冠心病心绞痛患者(SCAD)和46名健康人,发现患者肠菌α多样性显著降低,29个物种丰度显著改变。此外,患者肠道中富集的Ralstonia Pickettii可能是其体内不饱和脂肪酸降低的重要原因。总之,该研究为探究SCAD形成的机制提供了新证据,值得关注。
2022-12-10
朱瑞新+朱立新等iMeta: 靶向基石菌种可恢复NASH中失调的产丁酸菌
同济大学朱瑞新团队和中山大学六院朱立新团队与合作者近期在iMeta发表研究,收集了来自纽约的22名非酒精性脂肪性肝炎(NASH)患者、25名肥胖患者和16名健康个体的粪便样本,进行16S rRNA基因测序,并基于因果推理理论和动态干预模拟(DIS)建立了一种疾病关键菌种识别算法。该研究发现多个关键菌种可有效地使NAFLD的菌群组成向正常肠道菌群恢复,提示了一种新的潜在的NAFLD微生物治疗方法。
2022-12-02
朱立新/刘占举/朱瑞新/焦娜等:肠菌单核苷酸变异助力大肠癌早期无创筛查
① 基于xMarkerFinder分析了750个跨队列样本的全宏基因组测序数据,以识别与腺瘤相关的微生物多模态特征;② 真菌在区分腺瘤和对照方面的性能优于其他界物种(AUC=0.71),相比物种丰度和物种基因,微生物SNV的诊断精度更佳(AUC=0.89);③ 超一半的SNV生物标志物是同义突变,尽管其不改变编码的氨基酸;④ 结直肠腺瘤患者肠道中呈现更复杂的微生物物种互作,且差异物种与功能(如嘌呤代谢、群体感应等通路)密切相关,并在新招募队列中验证。
2023-08-27
朱立新+刘占举+朱瑞新等:基于肠菌基因的炎症性肠病AI诊断模型
① 纳入8个队列粪便宏基因组数据集(含870名CD患者和548名健康对照),基于多维度(物种、微生物基因和SNV水平)评估CD患者菌群变化;② 两组间识别到227个物种、1047个基因和21877个SNVs有差异;③ 基于AI构建CD诊断模型,物种、基因和SNV模型平均AUC为0.97、0.95和0.77,且基因模型内外部验证平均AUC为0.89和0.91,对CD和其他微生物相关疾病有特异性;④ 磷酸转移酶系统对基因模型贡献最大,celB和manY具有高预测性,且在独立队列得到验证。
2023-06-06
刘占举+郭天南+朱瑞新Cell子刊:多组学破译克罗恩病中宿主与肠道菌群互作的空间特征
① 收集30名克罗恩病(CD)患者的540份手术切除样本,进行非靶向蛋白质组学和16S rRNA测序分析;② 发现CD期间跨多组织的失调蛋白功能簇、异常抗菌免疫和代谢过程,并可确定细菌传播以及改变的菌群和生态模式;③ 鉴定出宿主蛋白与微生物间的多个候选相互作用对,且与CD中肠炎的持续存在及细菌在多组织间的迁移有关;④ 血清和粪便样本进一步确定宿主蛋白(如SAA2和GOLM1)和微生物(如 Alistipes 和链球菌)可作为潜在的诊断生物标志物。
2023-05-11
朱瑞新+朱立新等iMeta: 靶向基石菌种可恢复NASH中失调的产丁酸菌
① 产丁酸菌的生态失调是NAFLD发展的关键因素;② 将生态学理论与动态干预模拟相结合的因果算法可以从宏基因组数据中挖掘微生物基关键菌种;③ 本研究在NAFLD肠道中鉴定出以Porphyromonas loveana等为代表的8个关键菌种,可有效地使NAFLD的菌群组成向正常肠道菌群恢复;④ 这些关键菌种通过调节肠道氨基酸代谢和酸碱环境,促进了NAFLD患者中显著减少的产丁酸菌的生长;⑤ 该研究提示了一种新的NAFLD微生物治疗策略。
2022-11-16
李后开+朱瑞新等:冠心病患者肠菌与机体代谢有何特征?
① 纳入42名稳定性冠心病心绞痛患者(SCAD)和46名健康人,患者肠菌α多样性显著降低,29个物种丰度显著改变;② SCAD患者氨基酸、B族维生素代谢和LPS合成功能失调,其中Ralstonia Pickettii是患者菌群功能稳态失衡核心菌株;③ SCAD患者不饱和脂肪酸(USFAs)水平显著降低,其水平下降与R. Pickettii富集高度相关,体外细菌培养实验进一步证实,R. Pickettii能代谢消耗USFAs;④ 基于肠菌标记物构建随机森林模型可较好诊断SCAD(AUC=0.91)。
2022-11-10
朱瑞新+朱立新等Nature子刊:基于多界微生物的大肠癌跨队列诊断模型
① 分析8个国家/地区CRC队列中1368个样本的宏基因组数据;② 鉴定出20个古菌、27个细菌、20个真菌和21个病毒物种可分别用于CRC的单界诊断模型;③ 但基于16个多界标志物(11个细菌、4个真菌和1个古菌)的诊断模型准确性最佳(AUROC=0.83),并在3个独立队列中验证;④ 生态网络共丰度分析揭示了CRC中的细菌和真菌物种间的关联;⑤ 宏基因组功能分析表明,CRC中D-氨基酸代谢和丁酸酯代谢增加,基于功能基因的诊断模型准确性高(AUROC=0.86)。
2022-01-27
刘占举+李明松:丁酸抑制中性粒细胞功能,改善肠炎
① 丁酸显著抑制IBD患者中性粒细胞生成促炎细胞因子、趋化因子和钙卫蛋白;② 丁酸通过抑制HDAC来抑制中性粒细胞产生促炎介质;③ 丁酸还抑制患者中性粒细胞的迁移、减少中性粒细胞胞外诱捕网(NETs)的形成;④ RNA测序分析表明,丁酸对IBD中性粒细胞的免疫调节作用涉及白细胞的激活、固有免疫反应的调节和氧化应激反应;⑤ 口服丁酸通过抑制中性粒细胞促炎介质和NETs形成,显著改善DSS诱导的小鼠结肠炎的肠粘膜炎症反应。
2021-09-08
同济大学 生物信息系 教授
同济大学 附属第十人民医院 特聘研究员
朱瑞新教授所领导的团队致力于生物信息驱动(数据驱动)的宏基因组相关研究,尤其擅长于宏基因组相关算法开发以及微生物与宿主或环境互作分析。 以第一或通讯作者身份(含并列)在包括Nature Ecology & Evolution, Nature Microbiology, The Lancet Gastroenterology & Hepatology,Cell Reports Medicine, Nature Communications 和 Gut等知名期刊发表SCI论文65篇。 主编出版了国内“计算机辅助药物设计”第一本本科生专业教材:《计算机辅助药物设计:基本方法原理概要与实践详解》(朱瑞新编著,大连理工大学出版社,2011年,ISBN 978-7-5611-6104-3)。 任期刊Frontiers in Pharmacology(IF=5.81)和Frontiers in Microbiology(IF=5.64)副主编。 已培养出2名独立PI。
2001~2007:中国科学院上海有机化学研究所,计算机化学博士学位
1997~2001:兰州大学,化学化工学院,化学学士学位
2022~至今:同济大学,附属第十人民医院,特聘研究员
2008~至今:同济大学,生物信息系,教授
2007~2008:上海生物信息技术研究中心,软件开发应用,助理研究员
微生物组分析方法发展及平台建设(方法学小组): (1)微生物组分析平台的建设:服务于国家水圈微生物数据密集型研究,https://www.biosino.org/iMAC/index。(2) 基于因果推理的互作分析及“基石菌种(Keystone species)”确定研究。
重大疾病(脂肪肝、肝癌、炎性肠病、结直肠癌、心衰和泌尿系统疾病)病理研究及药物开发(医学微生物小组):(1) 重大疾病发病机制及分子标记物: 从宿主、微生物及两者相互作用三个层面系统研究重大疾病的发病机制及分子标记物。近年来,本团队尤其致力于开发液态活检靶标,实现癌症及慢性病的早筛或动态监控。(2) 从深海代谢产物和中药资源中开发相关的治疗药物:综合运用合成生物学、虚拟筛选、有机合成和药理测试开发重大疾病治疗和预防药物或保健品。
真核细胞功能起源(环境微生物小组): (1) 系统发育树重构算法研究:系统地解决生命树重构过程中的瓶颈问题。(2) 真核细胞功能的进化途径:整合系统发育树和功能代谢分析,重现真核细胞复杂功能的演化史。
中药多靶点机制及优化研究(中药现代化小组):(1) 中药复方多靶点、多机制的定量研究:开发“通路模块化算法”,实现中药复方多靶点多机制的规范研究。(2) 中药复方效应成分研究:发展“通路定量分析方法”,开展复方及其效应成分机制的比较研究,实现中药复方的优化。
中国研究型医院学会中西医结合新药创制专业委员会,常务委员(2021-)
世界中联消化病专业委员会,常务理事 (2020-)
深圳海洋地球古菌重点实验室学术委员(2019-2024)
热心肠智库专家(2019-)
Frontiers in Microbiology(IF=4.0), 副主编(2019-)
中国医师协会中西医结合医师分会基础与转化医学专业委员会常务委员(2017-)
世界中联中药系统科学与工程专业委员会常务理事(2017-)
Frontiers in Pharmacology(IF=4.4), 副主编(2017-)
2019年,同济大学优秀博士学位论文指导教师。
2019年,同济大学“优秀毕业设计指导教师”(生物信息专业唯一名额,再次蝉联)。
2018年,同济大学“优秀毕业设计指导教师”(生物信息专业唯一名额,再次蝉联)。
2017年,同济大学生命科学与技术学院“年度考核优秀科研工作者”。
2017年,同济大学“优秀毕业设计指导教师”(生物信息专业唯一名额,再次蝉联)。
2016年,同济大学“优秀本科生教材二等奖”。
2016年,同济大学“优秀毕业设计指导教师”(生物信息专业唯一名额,蝉联)。
2015年,同济大学生命科学与技术学院“先进工作者”。
2015年,同济大学生命科学与技术学院“年度考核优秀教师”。
2015年,同济大学年度考核被评为“校优”(排名第一)。
2015年,同济大学“优秀毕业设计指导教师” (生物信息专业唯一名额)。