房刚
纽约西奈山医学院副教授
Nature子刊:房刚团队报道检测细菌DNA甲基化的新方法,助力菌群研究
① 现有的针对CpG 5mC(或少量具体序列)的纳米孔测序检测方法无法有效的检测细菌中常见的三种DNA甲基化;② NanoDisco同时解决了利用纳米孔测序全新发现DNA甲基化基序遇到的两个根本问题:识别出甲基化类型和找到基序中具体被甲基化的碱基;③ 新方法有效处理PacBio测序和纳米孔测序的一些本质区别,从而实现利用三种甲基化 (6mA, 4mC, 5mC) 更好地区分菌群中不同的细菌、关联可移动原件和其宿主、以及检测宏基因组组装中的错误。
2021-04-05
房刚等:调控艰难梭菌的孢子形成的关键表观遗传因子
① 对36个从人类分离的艰难梭菌菌株进行DNA甲基化组分析,发现其表观遗传组呈现高度多样性;② 鉴定出一个保守的孤儿DNA甲基转移酶CamA及其特异性的靶序列(CAAAAA),CamA基因在约300个艰难梭菌菌株基因组里高度保守;③ CamA基因敲除导致艰难梭菌在体外和小鼠体内的孢子形成效率大幅降低,减少在宿主肠道内的存留,其调控作用主要在孢子形成过程的初期;④ CamA还影响艰难梭菌的菌膜形成和细胞长度。
2019-11-25
Natutre子刊: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组分箱
① 微生物组中各基因组的有效区分是当前宏基因组研究的一大挑战;② 本文提出了一种结合单分子实时测序检测细菌DNA甲基化特征的分箱方法,基于合成和真实微生物组数据验证,可实现内源表观遗传条形码将个体短序列和组装的重叠群分类为物种和菌株水平;③ 此方法还能将质粒和其他移动遗传元件与真实微生物组样本中的宿主物种联系起来;④ 将DNA甲基化信息纳入是对宏基因组学分析方法的有效补充,以实现更准确的序列分组。
2017-12-11
注:FA表示第一作者;CA表示通讯作者;SA表示高级作者
纽约西奈山医学院副教授