贾慧珏
深圳华大生命科学研究院助理院长
张涛+贾慧珏:Nature子刊揭示肠道菌群与血液代谢物间的因果关系
肠道微生物组与人体的生理状态和疾病密切相关,但这些关联是否具有因果关系仍存争议。Nature Genetics最新发表了深圳华大生命科学研究院张涛和贾慧珏作为共同通讯作者的研究,通过M-GWAS以及双向孟德尔随机化分析,鉴定出肠道微生物组与血液代谢物水平之间的潜在因果关系,为进一步揭示菌群与表型和疾病关系以及潜在干预方法,提供了新的证据和假说。
01-05
刘小敏+张涛+贾慧珏:基因决定口腔微生物组组成
近期深圳华大生命科学研究院刘小敏、张涛和贾慧珏作为共同通讯作者,在Cell Discovery上发表的最新工作,首次通过大样品基因组测序探索了宿主基因组对口腔微生物的影响,发现了5个影响口腔微生物组的显著性位点,并应用人工智能学习的方法探索了基因组和微生物对牙周疾病的预测性能,取得了较好的结果。
2021-12-22
揭著业+贾慧珏:人类口腔微生物基因组目录
华大基因的揭著业、贾慧珏与团队近期在Genomics, Proteomics & Bioinformatics上发表文章,阐述并提供了一个人类的口腔菌群基因组参考,高度代表未用于基因组装,可以促进细菌培养、功能筛选、疾病诊断和基于口腔微生物群的调节的宏基因组样本。值得专业人士仔细阅读。
2021-09-13
张涛+贾慧珏+侯勇:深度剖析中国人的遗传-菌群关联
Cell Discovery近期发表了深圳华大生命科学研究院张涛、贾慧珏、侯勇与研究团队的成果,纳入近1300名中国人,首次通过深度的全基因组和宏基因组测序,分析了宿主遗传与肠道菌群之间的关联,并首次揭示了这些关联中的性别差异。
2021-03-11
张涛+贾慧珏:Nature子刊揭示肠道菌群与血液代谢物间的因果关系
① 纳入2个中国队列(发现+验证,共3432人),用双向孟德尔随机化挖掘肠道菌群(如肠菌、菌群功能)与人体代谢特征的因果关联;② 鉴定出菌群与血液代谢物间的58个因果关联(17个菌→血,41个血→菌),复证了43个;③ 如Oscillibacter和Alistipes可降低血液甘油三酯,而血液谷氨酸可使草酸杆菌属减少,5-甲基四氢叶酸、丙氨酸、谷氨酸盐和硒等可影响变形菌门成员;④ 用日本生物库数据验证了部分发现,并延伸鉴定出肠菌与多种疾病的因果效应。
01-03
刘小敏+张涛+贾慧珏:基因决定口腔微生物组组成
① 首次对1915个人舌背、唾液宏基因组数据和基因组进行了关联分析,发现5个遗传位点与口腔微生物组具有关联性;② 基于1439人的队列分析,验证了其中4个位点与口腔微生物的关联;③ APPL2、SLC2A9、OR11H1和LOC105371703的特定SNP分别与舌苔菌Prevotella jejuni等、OribacteriumuSGB 1215等、F0422 uSGB 392和Eggerthia相关;④ 宿主miRNAs具有调控特定口腔细菌生长的能力;⑤ 基因组和微生物组数据的机器学习可用于预测牙周疾病。
2021-12-07
揭著业+贾慧珏:人类口腔微生物基因组目录
① 研究收集了4154例人类口腔宏基因组样本,重新组装获得56213个质量合格宏基因组组装基因组(MAG);② 整合公共数据库及已发表的宏基因组数据,新获得的MAG中的物种水平基因组(SGB)大于参考库,可代表口腔宏基因组数据;③ 高质量MAG中uSGBs构成的进化枝发现了无胆甾原体目中新的细菌类群Candidatus Bgiplasma;④ 菌株水平检测到奈瑟菌属、卟啉单胞菌属和普氏菌属等,预测了人类疾病相关基因;⑤ 发现一株在男性中富集的弯曲杆菌属菌株。
2021-09-04
IgA缺陷者的肠道菌群失调
① 纳入生活方式相似的50名IgA水平正常(IgA+)者及50名IgA缺陷(IgAD)者,对肠道菌群进行对比分析;② IgAD者的肠道菌群丰富度及多样性显著降低,编码致病菌相关功能(如多药耐药基因、抗菌肽抗性基因、毒力因子、III型与VI型分泌系统)的细菌物种富集;③ IgAD者的更高的肠道菌群致病性及促炎性主要由大肠杆菌的显著富集导致;④ 部分IgAD者(而非IgA+者)的血清中可检测到IgA特异性IgG自身抗体,这部分人群的肠道菌群失调更为显著。
2021-02-28
张涛+贾慧珏+侯勇:深度剖析中国人的遗传-菌群关联
① 纳入632名中国人,通过深度全基因组和宏基因组测序,分析宿主遗传和肠道菌群的关联,并在另外663人的队列中进行验证;② 鉴定出与特定细菌分类群显著相关的37个基因座、47个基因和18个拷贝数变异,可共同解释至少20%的肠道菌群组成;③ 这些遗传信号主要集中在代谢、神经和免疫功能等方面;④ 鉴定出2个与肠型有关的基因座,解释11%的普氏菌肠型和拟杆菌肠型的差异;⑤ 鉴定出33个男性特异和37个女性特异的菌群-宿主遗传关联。
2021-02-09
华大研究院:谁更易减肥成功?肠道菌群或是最强预测力
① 72名超重/肥胖和11名体重正常的中国成人,进行6个月的基于膳食建议的节食减重,干预结束时个体间体重变化差异很大;② 在多个变量中,基线肠道菌群对个体减重轨迹的预测力最强,其中Blautia wexlerae和多氏拟杆菌在基线时的高含量是减重的最强预测因子;③ 体重下降与某些细菌种类的丰度变化有关:活泼瘤胃球菌在肥胖个体中显著富集,并在减重过程中显著减少,而Akk菌和Alistipes obesi在瘦人中显著富集,并在节食过程中丰度增加。
2021-01-19
马现仓+贾慧珏等:精神分裂症患者的肠道微生物组特征
① 收集90例未经治疗的精神分裂症患者和81例对照的粪便样本,通过宏基因组关联分析鉴定出83个相对丰度有显著差异的OTU;② 患者菌群中,兼性厌氧菌和口腔菌增多,短链脂肪酸合成、色氨酸代谢、多种神经递质的合成/降解等功能潜力发生改变;③ 包含26个OTU的诊断模型可较准确的区分患者和对照(AUC=0.896),并在测试队列中得到确认(AUC=0.765);④ 移植患者中富集的前庭链球菌,可诱导小鼠的精神分裂症样行为、改变外周神经递质水平。
2020-03-31
注:FA表示第一作者;CA表示通讯作者;SA表示高级作者
2022
2021
CALife History Recorded in the Vagino-cervical Microbiome Along with Multi-omics
Genomics Proteomics Bioinformatics, 10.1016/j.gpb.2021.01.005
2020
2019
深圳华大生命科学研究院助理院长