贾慧珏
深圳华大生命科学研究院助理院长
揭著业+贾慧珏:人类口腔微生物基因组目录
① 研究收集了4154例人类口腔宏基因组样本,重新组装获得56213个质量合格宏基因组组装基因组(MAG);② 整合公共数据库及已发表的宏基因组数据,新获得的MAG中的物种水平基因组(SGB)大于参考库,可代表口腔宏基因组数据;③ 高质量MAG中uSGBs构成的进化枝发现了无胆甾原体目中新的细菌类群Candidatus Bgiplasma;④ 菌株水平检测到奈瑟菌属、卟啉单胞菌属和普氏菌属等,预测了人类疾病相关基因;⑤ 发现一株在男性中富集的弯曲杆菌属菌株。
09-04
IgA缺陷者的肠道菌群失调
① 纳入生活方式相似的50名IgA水平正常(IgA+)者及50名IgA缺陷(IgAD)者,对肠道菌群进行对比分析;② IgAD者的肠道菌群丰富度及多样性显著降低,编码致病菌相关功能(如多药耐药基因、抗菌肽抗性基因、毒力因子、III型与VI型分泌系统)的细菌物种富集;③ IgAD者的更高的肠道菌群致病性及促炎性主要由大肠杆菌的显著富集导致;④ 部分IgAD者(而非IgA+者)的血清中可检测到IgA特异性IgG自身抗体,这部分人群的肠道菌群失调更为显著。
02-28
张涛+贾慧珏+侯勇:深度剖析中国人的遗传-菌群关联
① 纳入632名中国人,通过深度全基因组和宏基因组测序,分析宿主遗传和肠道菌群的关联,并在另外663人的队列中进行验证;② 鉴定出与特定细菌分类群显著相关的37个基因座、47个基因和18个拷贝数变异,可共同解释至少20%的肠道菌群组成;③ 这些遗传信号主要集中在代谢、神经和免疫功能等方面;④ 鉴定出2个与肠型有关的基因座,解释11%的普氏菌肠型和拟杆菌肠型的差异;⑤ 鉴定出33个男性特异和37个女性特异的菌群-宿主遗传关联。
02-09
华大研究院:谁更易减肥成功?肠道菌群或是最强预测力
① 72名超重/肥胖和11名体重正常的中国成人,进行6个月的基于膳食建议的节食减重,干预结束时个体间体重变化差异很大;② 在多个变量中,基线肠道菌群对个体减重轨迹的预测力最强,其中Blautia wexlerae和多氏拟杆菌在基线时的高含量是减重的最强预测因子;③ 体重下降与某些细菌种类的丰度变化有关:活泼瘤胃球菌在肥胖个体中显著富集,并在减重过程中显著减少,而Akk菌和Alistipes obesi在瘦人中显著富集,并在节食过程中丰度增加。
01-19
马现仓+贾慧珏等:精神分裂症患者的肠道微生物组特征
① 收集90例未经治疗的精神分裂症患者和81例对照的粪便样本,通过宏基因组关联分析鉴定出83个相对丰度有显著差异的OTU;② 患者菌群中,兼性厌氧菌和口腔菌增多,短链脂肪酸合成、色氨酸代谢、多种神经递质的合成/降解等功能潜力发生改变;③ 包含26个OTU的诊断模型可较准确的区分患者和对照(AUC=0.896),并在测试队列中得到确认(AUC=0.765);④ 移植患者中富集的前庭链球菌,可诱导小鼠的精神分裂症样行为、改变外周神经递质水平。
2020-03-31
国内团队:强制性脊柱炎患者的肠道菌群组成及功能变化
① 对比分析85名强直性脊柱炎(AS)患者及62名健康人的肠道菌群,发现惰性真杆菌等5种菌种在AS患者中富集;② 在AS患者的肠道菌群中,氧化磷酸化、脂多糖生物合成和粘多糖降解作用增强;③ AS患者中存在脆弱拟杆菌和III型分泌系统等与自身免疫相关的特征;④ AS患者肠道菌群中部分富集的细菌多肽可模拟II型胶原,并促进特定HLA分类(HLA-B27)AS患者的PBMC产生IFN-γ。
2019-12-02
国内团队:前驱糖尿病与未治疗2型糖尿病患者的肠道菌群变化
① 纳入77名未经治疗的2型糖尿病患者、80名前驱糖尿病患者、97名血糖正常受试者,分析对比肠道菌群组成及功能的差异;② 通过宏基因组分析揭示,3组受试者之间的肠道菌群组成及功能存在差异;③ 前驱糖尿病患者中大肠杆菌富集,而2型糖尿病患者中拟杆菌属的丰度升高,前驱糖尿病患者的肠道菌群中与能量代谢及细菌生长有关降低;④ 通过宏蛋白组分析揭示,2型糖尿病患者的粪便中,几种抗菌肽的水平显著降低。
2019-09-01
注:FA表示第一作者;CA表示通讯作者;SA表示高级作者
2021
CALife History Recorded in the Vagino-cervical Microbiome Along with Multi-omics
Genomics Proteomics Bioinformatics, 10.1016/j.gpb.2021.01.005
2020
2019
2018
CAMining the Microbiome for Drug Targets
METH ENZYM, 10.1016/bs.mie.2018.09.014
深圳华大生命科学研究院助理院长