傅静远
荷兰格罗宁根大学医学中心系统医学教授
荷兰格罗宁根大学系统医学教授。研究领域包括宿主和肠道菌群在代谢及免疫的相互作用,以及对人体健康的影响。研究项目涉及大数据群体水平研究,例如荷兰LifeLines 项目,跟踪分析近17万个体30年,分析遗传,饮食,环境,肠道菌群及社会经济因素对疾病和性状的影响,以达到个体化、精准化医疗。至今共发表SCI论文70多篇,其中18篇论文发表Science, Cell, Nature及其子刊(8篇作为第一或通讯作者)。论文总引用数达6500以上 (H index 36)。
傅静远等Nature:人类肠道微生物组、暴露组与遗传力
① 纳入来自3代人、2756个家庭的8208名荷兰人,分析其肠道微生物组成、功能、抗生素耐药性和毒力因子等数据;② 鉴别出1253个微生物分类单元、564条代谢通路,约600个菌种、9个核心菌种以及基石特征(28个菌种、53条通路),发现Prevotella copri主导微生物组分型;③ 分析241个宿主表型与微生物组间关系,揭示了菌群与饮食、童年生活环境、社会经济地位等暴露组参数间7519个显著关联;④ 发现同居是影响菌群的主要因素,只有6.6%的菌群如Akk菌可遗传;⑤ 不同疾病具有共同微生物组特征且与共存病无关,不健康肠道菌群同时反映疾病和用药情况。
04-13
Nature子刊:近8000人数据揭示遗传对肠道菌群的影响
① 纳入7738名荷兰人,对肠道菌群的207个分类单元和205条通路进行GWAS研究;② LCT和ABO基因的2个相关位点与多个细菌分类单元和通路存在强关联,并在2个独立队列中复现;③ LCT位点的关联可能受乳糖摄入的影响,ABO位点的关联可由取决于FUT2基因型的分泌型状态来解释;④ 另鉴定出可能与肠菌分类单元和通路相关的22个新位点;⑤ 孟德尔随机化分析表明,特定肠菌丰度可能影响盐摄入和甘油三酯水平;⑥ 需更大样本量来阐明宿主遗传对肠道菌群的影响。
02-03
傅静远等Cell子刊:从微生物遗传组成的维度,解析人肠道菌群与胆汁酸代谢的关系
① 分析2个荷兰队列1437名受试者的肠道微生物宏基因组和血浆胆汁酸(BA)谱;② 发现肠道菌群的遗传组成(结构变异SV)与BA水平相关且独立于细菌丰度;③ 29种微生物的群体遗传结构呈现聚簇分层,其中13种与BA水平相关;④ 鉴定到809个SV和BA之间的可重复关联,并评估了相关的谱系效应影响;⑤ 在BA相关的SV区域内或邻近区域鉴定到BA合成转化相关基因,并用结构生物信息学验证;⑥ 推断得到217组生活方式→SV→BA的调控关系,包括鱼肉、苏打饮料摄入等。
2021-11-29
JAMA子刊:2型糖尿病的肠道菌群特征
① 纳入荷兰两个人群序列共2166名参与者,共有193例2型糖尿病患者;② 较低的α多样性与较高的HOMA-IR、2型糖尿病有关;③ 其中,高丰度的Christensenellaceae、Christensenellaceae R7 group、Marvinbryantia、Ruminococcaceae UCG005、Ruminococcaceae UCG008/NK4A214 group,与较低的HOMA-IR有关;④ 而高丰度的产丁酸菌Clostridiaceae 1、消化链球菌科、C sensu stricto 1、Intestinibacter、Romboutsia,与较少的2型糖尿病有关。
2021-07-29
粪便钙卫蛋白+人β-防御素2用于IBD的诊断和监测
① 对IBS患者(n=169)、IBD 患者(n=447)和对照人群(n=1044)的粪便菌群组成及功能进行分析,并检测粪便钙卫蛋白(FCal)、人β-防御素2(HBD2)和嗜铬粒蛋白A(CgA);② 利用75%的数据作为训练集,25%的数据作为验证集,构建逻辑回归和机器学习模型,粪便HBD2可明显区分IBD和IBS(敏感度0.89、特异性0.76),结合FCal与菌群数据可提高准确性(敏感度0.87、特异性0.93);③ 结合HBD2与FCal预测IBD疾病活动度的AUC约为0.7。
2021-07-27
Nature子刊:基于菌群的人体免疫学“指纹”
① 纳入997名健康人,研究人体对24.4万种菌群多肽抗原(来自肠道菌群、致病菌和益生菌)的血清抗体反应;② 发现其呈现明显的个体特异性,但有些表位在个体间被普遍识别;③ 在个体水平上未发现抗体反应与菌群丰度间的关联,但在人群水平上鉴定出抗体识别的1706个多肽与菌群物种丰度的关联;④ 抗体表位库与年龄和性别密切相关;⑤ 分析约200人间隔5年的样本表明,抗体表位库随时间推移保持稳定(比菌群稳定性高),可作为个体的免疫学“指纹”。
2021-07-19
Cell子刊:人肠道病毒组的稳定性和无麸质饮食的影响
① 纵向分析11例健康成人在无麸质饮食干预前、干预中和干预后5周的肠道病毒组;② 不同个体肠道病毒组差异巨大,每个样本平均检出2143个病毒基因组,其中13.1%在3个时间点均出现;③ 与先前报道相反,本研究中长尾噬菌体科比微小噬菌体科占主导地位;④ 个体病毒组在科水平上较为稳定,但在属和种水平上变化性较大;⑤ 饮食干预对肠道病毒组的影响,在初始多样性较低的人群中更加显著;⑥ 与其他病毒组数据集联用可增加每个样本识别出的病毒数量。
2021-05-18
注:FA表示第一作者;CA表示通讯作者;SA表示高级作者
2021
CAGut microbiome and bile acids in obesity-related diseases
BEST PRACT RES CL EN, 10.1016/j.beem.2021.101493
2020
2019
荷兰格罗宁根大学医学中心系统医学教授
荷兰格罗宁根大学系统医学教授。研究领域包括宿主和肠道菌群在代谢及免疫的相互作用,以及对人体健康的影响。研究项目涉及大数据群体水平研究,例如荷兰LifeLines 项目,跟踪分析近17万个体30年,分析遗传,饮食,环境,肠道菌群及社会经济因素对疾病和性状的影响,以达到个体化、精准化医疗。至今共发表SCI论文70多篇,其中18篇论文发表Science, Cell, Nature及其子刊(8篇作为第一或通讯作者)。论文总引用数达6500以上 (H index 36)。
1995年,南京大学生物化学系,获学士学位
2003年,荷兰瓦赫宁根大学,获生物信息学优异硕士学位
2007年,荷兰格罗宁根大学,获优异博士学位
2008-2010年 荷兰格罗宁根大学遗传系 博士后
2010-2012 荷兰格罗宁根大学遗传系 VENI research fellow
2012-2015 荷兰格罗宁根大学遗传系 助理教授
2015-2019 荷兰格罗宁根大学遗传系及儿科系 副教授,博导
2019 荷兰格罗宁根大学遗传系及儿科系 Tenure Track教授,博导
宿主和肠道菌群在代谢及免疫的相互作用,以及对人体健康的影响