宁康
华中科技大学生命科学与技术学院教授、生物信息与系统生物学系系主任
在生物信息学和微生物组学领域从事科研工作10余年,作为通讯或第一作者在Gut、Bioinformatics、PLoS Genetics、Plant Cell等高水平学术期刊发表学术论文40余篇,文章总引用超过1500次(Google Scholar)。作为负责人承担多项国家级科研项目,包括国家科技部十二五863课题、十三五重大研究计划课题、国家自然科学基金委面上项目和中德中心合作项目等。
徐书华+宁康:我国多民族间宿主—微生物基因多样性及微观共进化研究
中科院上海营养与健康研究所徐书华团队和华中科技大学宁康团队合作,在Journal of Genetics and Genomics发表文章,报道了我国新疆哈萨克族、汉族和维吾尔族等群体中宿主-肠道微生物遗传多样性与微观共进化机制,其有助于加深理解人类宿主基因组与肠道微生物组间的微观共进化,同时该研究对推动人类表型组计划和我国多民族“宿主-微生物”共进化研究有积极影响和示范效应。
10-06
宁康等:用工程菌“一石二鸟”改善乳糖不耐受
华中科技大学宁康、Yi Zhan和闫云君与团队近期在BMC Biology发表文章,报道了一种用于构建工程菌株的基因回路,能根据肠道内的乳糖和pH信号在“促进乳糖消化”和“消耗乳酸以稳定肠道pH值”两种功能间进行切换,从而有效改善由过量乳糖摄入引起的肠道问题,为干预乳糖不耐受提供了新策略。
07-21
宁康、张磊等:肠道菌群或可促进早期类风湿性关节炎进展
山东第一医科大学Jinxiang Han、华中科技大学宁康和山东大学张磊与研究团队在Gut发表文章,招募健康对照、骨性关节炎和类风湿关节炎患者,对肠道宏基因组、临床表型、血液和膝关节滑液中的代谢物进行分析,发现大肠杆菌和牛链球菌促进抗坏血酸的降解,促进促炎反应,加速炎症性关节炎的发展。
07-13
19分钟详解用人工智能赋能菌群大数据挖掘
面对海量的微生物组大数据,研究者该如何挖掘?怎样突破目前面临的两大瓶颈?
2020-12-17
宁康、张磊等:肠道菌群或可促进早期类风湿性关节炎进展
① 招募健康对照(27)、骨性关节炎(OA,19)和类风湿关节炎(RA,76)患者,对肠道宏基因组、临床表型、血液和膝关节滑液中的代谢物进行分析;② 抗坏血酸降解相关的肠道菌群与关节炎的类型、促炎细胞因子TNF、IL-6呈正相关,其中大肠杆菌和牛链球菌是主要的驱动性菌株;③ 大肠杆菌和牛链球菌在RA的I期都存在,而牛链球菌在RA的I期后以及OA中消失,说明牛链球菌主要在RA早期发挥作用,而大肠杆菌在RA和OA的整个发育阶段都是至关重要的。
07-08
宁康等:用工程菌“一石二鸟”改善乳糖不耐受
① 通过基因工程方法在质粒pETDuet1-1中构建具有两种功能状态的三稳定开关基因回路;② 该基因回路能分别响应肠道的乳糖和pH信号,在表达β-半乳糖苷酶和L-乳酸脱氢酶之间进行功能切换,从而促进乳糖消化和稳定肠道pH(将菌群发酵乳糖产生的乳酸消耗掉),以改善乳糖不耐受;③ 将该基因回路转化到大肠杆菌BL21中,获得工程菌株BL21: pETDuet1-1,于体外和体内验证了基因回路的功能有效性,并能在小鼠中恢复受过量乳糖摄入影响的肠道菌群。
07-05
宁康、童贻刚等:ICU患者的肠道菌群与临床结局相关
① 收集64名患有脓毒症或脓毒性休克的ICU患者的131份粪便样本;② 在脓毒症或脓毒性休克发展期间,ICU患者表现出2种失调的菌群模式(ICU E1及ICU E2),且不受年龄、性别、BMI及外界因素(感染位点、抗生素使用等)的影响;③ ICU E1主要由拟杆菌属及肠杆菌科中的某种未分类菌属组成,ICU E2主要由肠球菌属组成;④ 在更危重的患者(APACHE II分数>18)中,脓毒性休克与ICU E1相关;⑤ ICU E1与更高的血清乳酸盐水平相关。
02-17
华中科大宁康等:运动员的肠道菌群组成及功能与其表现相关
① 19名运动员分为成人优秀(AE)组,年轻优秀(YE)组和年轻非优秀(YN)组,检测肠道菌群多样性;② AE与YE的肠道菌群多样性高于YN,三组运动员的菌群组成及功能有显著差异;③ 鉴定出3种不同肠型,AE与YE主要为瘤胃球菌科为主的肠型,而大部分YN为普氏菌属为主的肠型;④ 优秀运动员的菌群组成与碳固定、甲烷代谢、支链氨基酸代谢等通路正相关;⑤ 运动员的菌群差异与饮食和身体特征有关,结合菌群组成及功能可准确地区分优秀与非优秀运动员。
2020-12-08
华科宁康团队:一个快速、准确的微生物群落结构搜索利器——Meta-Prism
① Meta-Prism方法用于比对分析不同样本的微生物群落结构,可从数据库搜索到与目标样本群落结构最相似的样本,加深对不同来源样本的了解;② Meta-Prism方法比同类方法至少快10倍,并且可以提供非常精确的搜索结果;③ 开发团队在来自人体和环境的上万个样本中验证了该方法在速度和准确性上的优势;④ Meta-Prism方法基于以下三项技术:用于样本分组的双索引方法、用于分析样本间微小差异的精细打分函数和CPU/GPU并行计算技术。
2020-02-07
华科宁康等:海洋宏基因组资源促进了对新蛋白质的结构和功能预测
① 同源序列较少的蛋白质的结构和功能预测是生物信息学领域的一大难题;② 从Tara Oceans宏基因组中鉴定了9700万个非冗余基因,为5721个无结构信息的Pfam家族中的2801个提供了新的参考序列;③ 据此利用C-QUARK为27个蛋白家族建模,结果中有20个家族的折叠预测可靠,并进一步扩展到417个蛋白家族;④ 基于结构的功能预测算法MetaGO发现PF15461蛋白家族在光合作用中的重要功能;⑤ 揭示了海洋宏基因组在探索新蛋白的结构和功能上具有的独特作用。
2019-11-01
同济大学:MetaMed连接菌群功能与药物治疗学
① 根据微生物代谢物与药物之间的相似性评分,MetaMed将微生物群功能与现有的药物治疗联系起来;② MetaMed提供微生物-药物、微生物-疗效、微生物-副作用和微生物-免疫状态关联对;③ MetaMed可提供微生物生物合成基因(BGC)及其相关代谢信息和对人体潜在的副作用;④ 可通过MetaMed评分系统获得微生物对免疫状态转变的影响,为个性化微生物的免疫疗法提供线索;⑤ MetaMed提供了一个用户友好的微生物数据预处理流程,获得个性化的人类BGC轮廓。
2019-10-08
注:FA表示第一作者;CA表示通讯作者;SA表示高级作者
2021
CAIntegrating pan-genome with metagenome for microbial community profiling
Computational & Structural Biotechnology Journal, 10.1016/j.csbj.2021.02.021
2020
公开国家发明专利10余项,获得软件著作权6项。
华中科技大学生命科学与技术学院教授
生物信息与系统生物学系系主任
华中学者特聘教授
2019中国肠道大会GPB杂志专场学术大会主席
在生物信息学和微生物组学领域从事科研工作10余年,作为通讯或第一作者在Gut、Bioinformatics、PLoS Genetics、Plant Cell等高水平学术期刊发表学术论文40余篇,文章总引用超过1500次(Google Scholar)。作为负责人承担多项国家级科研项目,包括国家科技部十二五863课题、十三五重大研究计划课题、国家自然科学基金委面上项目和中德中心合作项目等。
1998年09月-2003年07月 中国科学技术大学计算机系,学士
2003年08月-2008年08月 新加坡国立大学计算机学院生物信息专业,博士
2007年11月-2010年06月 美国密歇根大学,博士后
2010年08月-2015年03月 中国科学院青岛生物能源与过程研究所,副研究员/研究员
2015年04月-至今 华中科技大学生命科学与技术学院,教授
生物信息学、生物大数据挖掘、以及相关方法在微生物组学研究中的应用
创新性的微生物组学实验和数据分析
微生物组学数据库系统的开发
基于微生物组学大数据的群落宏基因组信息挖掘
单细胞数据分析方法开发和应用
蛋白组和调控网络等数据分析
大数据分析算法和高性能计算等
中国生物工程学会-计算生物学与生物信息学专业委员会委员
中国遗传学会-生物大数据专业委员会委员
中国计算机学会-生物信息学专业委员会委员等
亚太生物信息学大会(APBC)等国际会议委员
英国生物技术与生物科学研究理事会(UK-BBSRC)、英国自然环境研究委员会(UK-NERC)等基金评委
担任Scientific Reports,Genomics Proteomics Bioinformatics(GPB)等期刊编委会编委
2015年率队获"国际遗传工程的机器设计竞赛"(iGEM) 金奖