肖亮
深圳华大生命科学研究院宏基因组方向负责人、深圳市人体肠道微生态检测与干预工程实验室主任
博士,助理研究员,深圳华大生命科学院精准健康研究院宏基因组研究中心主任。2010年进入深圳华大生命科学研究院宏基因组研究所,作为技术骨干及项目负责人先后参与了宏基因组16S rDNA测序、分析流程开发,西班牙新生儿肠道菌群分析,贵州茅台酒厂环境宏基因组研究(贵州省科技厅合作项目),加拿大婴儿脑部未知病原筛查,仔猪腹泻宏病毒组研究,模式动物肠道宏基因集构建,多发性硬化症疾病研究等项目。以第一作者,通讯作者及共同作者身份,在Nature Biotechnology,Nature Microbiology,Nature Medicine,Cell Host & Microbe等期刊发表多篇科研论文,总计引用次数600余次。作为项目负责人主持国自然面上项目一项及深圳市百万级技术开发项目一项。
揭著业+贾慧珏:人类口腔微生物基因组目录
① 研究收集了4154例人类口腔宏基因组样本,重新组装获得56213个质量合格宏基因组组装基因组(MAG);② 整合公共数据库及已发表的宏基因组数据,新获得的MAG中的物种水平基因组(SGB)大于参考库,可代表口腔宏基因组数据;③ 高质量MAG中uSGBs构成的进化枝发现了无胆甾原体目中新的细菌类群Candidatus Bgiplasma;④ 菌株水平检测到奈瑟菌属、卟啉单胞菌属和普氏菌属等,预测了人类疾病相关基因;⑤ 发现一株在男性中富集的弯曲杆菌属菌株。
09-04
复旦+华大:迄今最大规模的中国汉族人皮肤菌群宏基因组研究
① 采用宏基因组测序法检测了822个健康汉族人群面部皮肤菌群的样本,结合HMP数据,构建了首个皮肤菌群基因集iHSMGC;② 表皮葡萄球菌属是皮肤菌群耐药基因的重要来源,耐药基因的分布具有微生物特异性和部位特异性;③ 发现了中国汉族人群显著富集的一种皮肤微生物奥斯陆莫拉菌;④ 基于皮肤菌群鉴定出了2种广泛存在的皮肤亚型,分别以痤疮丙酸杆菌和奥斯陆莫拉菌为指示菌;⑤ 2种皮肤亚型表现出不同代谢功能特征,或与宿主提供的营养不同有关。
02-17
张涛+贾慧珏+侯勇:深度剖析中国人的遗传-菌群关联
① 纳入632名中国人,通过深度全基因组和宏基因组测序,分析宿主遗传和肠道菌群的关联,并在另外663人的队列中进行验证;② 鉴定出与特定细菌分类群显著相关的37个基因座、47个基因和18个拷贝数变异,可共同解释至少20%的肠道菌群组成;③ 这些遗传信号主要集中在代谢、神经和免疫功能等方面;④ 鉴定出2个与肠型有关的基因座,解释11%的普氏菌肠型和拟杆菌肠型的差异;⑤ 鉴定出33个男性特异和37个女性特异的菌群-宿主遗传关联。
02-09
马现仓+贾慧珏等:精神分裂症患者的肠道微生物组特征
① 收集90例未经治疗的精神分裂症患者和81例对照的粪便样本,通过宏基因组关联分析鉴定出83个相对丰度有显著差异的OTU;② 患者菌群中,兼性厌氧菌和口腔菌增多,短链脂肪酸合成、色氨酸代谢、多种神经递质的合成/降解等功能潜力发生改变;③ 包含26个OTU的诊断模型可较准确的区分患者和对照(AUC=0.896),并在测试队列中得到确认(AUC=0.765);④ 移植患者中富集的前庭链球菌,可诱导小鼠的精神分裂症样行为、改变外周神经递质水平。
2020-03-31
马现仓+贾慧珏等:肠道菌群异常可影响色氨酸代谢,促进小鼠精神分裂症状
① 给抗生素处理的小鼠移植健康人(HC)或精神分裂症(SCZ)患者的粪菌;② SCZ小鼠有精神运动亢进和认知损伤等SCZ样症状;③ SCZ小鼠的色氨酸(Trp)水平降低,大脑和血液中Trp分解代谢的犬尿氨酸(Kyn)-犬尿喹啉酸(Kyna)通路活性上升,脑内特定区域的神经递质多巴胺和5-羟色胺增多;④ SCZ小鼠的结肠腔滤液可促进Trp-Kyn-Kyna代谢途径关键酶IDO1和KAT II的活性;⑤ HC和SCZ小鼠的肠道菌群组成和功能有差异,可能影响Trp代谢和神经递质水平。
2019-08-07
华大基因团队:1520个人肠道单细菌参考基因组,助力菌群研究
① 用培养组学分离>6000个人粪便菌株,得到1520个高质量单菌基因组草图(338个种),构成可培养基因组参考(CGR)数据集;② 包括人肠道的主要细菌门和属,含至少264个新参考基因组,有不少低丰度菌,丰富了现有参考基因组,提高了宏基因组学分析的分辨率(读段比对率和SNP分析等);③ 对CGR的功能注释加深了对肠道菌功能的认知;④ 对38种重要菌的泛基因组分析,揭示不同菌门的泛基因组开合趋势和在各自核心和非核心基因组上功能富集的差异。
2019-02-04
华大基因:建立食蟹猴的肠道微生物组基因目录
① 对20只食蟹猴(两种饮食)的粪便进行宏基因组测序,建立食蟹猴的肠道微生物基因目录;② 鉴定出190万非冗余肠道细菌基因,厚壁菌门和拟杆菌门为主,主要菌属为普氏菌、瘤胃球菌、梭菌、真杆菌和拟杆菌;③ 同猪和小鼠相比,食蟹猴的肠道微菌群与人最接近(共享约40%的肠道细菌基因),鉴定出32个菌属为4者中均存在的核心菌属,而4者的菌群功能高度相似;④ 饮食影响食蟹猴的肠道菌群和噬菌体,高脂/低纤维饮食的食蟹猴菌群与人的更相似。
2018-08-18
深圳华大生命科学研究院宏基因组方向负责人
深圳市人体肠道微生态检测与干预工程实验室主任
博士,助理研究员,深圳华大生命科学院精准健康研究院宏基因组研究中心主任。2010年进入深圳华大生命科学研究院宏基因组研究所,作为技术骨干及项目负责人先后参与了宏基因组16S rDNA测序、分析流程开发,西班牙新生儿肠道菌群分析,贵州茅台酒厂环境宏基因组研究(贵州省科技厅合作项目),加拿大婴儿脑部未知病原筛查,仔猪腹泻宏病毒组研究,模式动物肠道宏基因集构建,多发性硬化症疾病研究等项目。以第一作者,通讯作者及共同作者身份,在Nature Biotechnology,Nature Microbiology,Nature Medicine,Cell Host & Microbe等期刊发表多篇科研论文,总计引用次数600余次。作为项目负责人主持国自然面上项目一项及深圳市百万级技术开发项目一项。
2010年8月至今,深圳华大生命科学研究院,助理研究员。
2006年9月-2010年6月, 南开大学 微生物学专业,理学博士。
2003年9月-2006年6月, 南开大学 微生物学专业,理学硕士。
1999年9月-2003年6月 ,北京工商大学 生物工程专业,工学学士。
2016-2020:国家自然科学基金面上项目,《利用多组学手段研究肠道微生态与食物过敏之间的关联》,直接经费58万元,81670606,在研,项目主持人
2018-2023:国家重点研发计划,《肠道与下丘脑在糖尿病发生发展中的作用及干预新方 案研究》,1104万元,2018YFC1313800,在研,课题骨干
2017-2022:国家重点研发计划,《特殊保障食品制造关键技术研究及新产品创制/水下长航特殊食品制造关键技术研究与新产品创制》,2188万元,2017YFD0400500/04,在研,课题骨干
2018-2021:广州市科技计划项目,《基于多组学特征谱急性胃肠损伤标志物的开发与应用》,100万元,201803010058,在研,课题骨干
2018-2021:深圳市科创委学科布局,《海洋多糖配合益生菌制剂调节肠道菌群防治帕金森病的临床研究》,200万元,JCYJ20170818111103886,在研,课题骨干
2014-2018:深圳市人体肠道微生态检测与干预工程实验室,DRC-SZ [2015]162,500万元,在研。
2015-2017:深圳市科创委技术开发项目,《新型个性化干预人肠道菌群益生元的研发》,100万元,CXZZ20150330171521403,结项,项目主持人
2014-2016:深圳市科创委基础研究项目,《食物、药材调节肠道微生物菌群稳态及粘膜免疫的研究》,30万元,JCYJ20140418095735538, 结项,华大方负责人
2011-2014:深圳市人体共生微生物重点实验室,CXB201108250098A,500万元,结项,实验室骨干成员
现主要从事人体健康相关宏基因组学方面的科学研究与干预产品研发工作。