揭著业
华大研究院助理研究员
揭著业现为华大研究院助理研究员,从2011年加入华大,一直从事宏基因组和复杂疾病的研究工作,参与发表过Nature, Nature medicine等,一作发表过Gastroenterology,Nat Commun等。研究领域集中在宏基因组和糖尿病,肥胖,肠癌,冠心病等复杂疾病关系。
刘小敏+张涛+贾慧珏:基因决定口腔微生物组组成
① 首次对1915个人舌背、唾液宏基因组数据和基因组进行了关联分析,发现5个遗传位点与口腔微生物组具有关联性;② 基于1439人的队列分析,验证了其中4个位点与口腔微生物的关联;③ APPL2、SLC2A9、OR11H1和LOC105371703的特定SNP分别与舌苔菌Prevotella jejuni等、OribacteriumuSGB 1215等、F0422 uSGB 392和Eggerthia相关;④ 宿主miRNAs具有调控特定口腔细菌生长的能力;⑤ 基因组和微生物组数据的机器学习可用于预测牙周疾病。
2021-12-07
揭著业+贾慧珏:人类口腔微生物基因组目录
① 研究收集了4154例人类口腔宏基因组样本,重新组装获得56213个质量合格宏基因组组装基因组(MAG);② 整合公共数据库及已发表的宏基因组数据,新获得的MAG中的物种水平基因组(SGB)大于参考库,可代表口腔宏基因组数据;③ 高质量MAG中uSGBs构成的进化枝发现了无胆甾原体目中新的细菌类群Candidatus Bgiplasma;④ 菌株水平检测到奈瑟菌属、卟啉单胞菌属和普氏菌属等,预测了人类疾病相关基因;⑤ 发现一株在男性中富集的弯曲杆菌属菌株。
2021-09-04
复旦+华大:迄今最大规模的中国汉族人皮肤菌群宏基因组研究
① 采用宏基因组测序法检测了822个健康汉族人群面部皮肤菌群的样本,结合HMP数据,构建了首个皮肤菌群基因集iHSMGC;② 表皮葡萄球菌属是皮肤菌群耐药基因的重要来源,耐药基因的分布具有微生物特异性和部位特异性;③ 发现了中国汉族人群显著富集的一种皮肤微生物奥斯陆莫拉菌;④ 基于皮肤菌群鉴定出了2种广泛存在的皮肤亚型,分别以痤疮丙酸杆菌和奥斯陆莫拉菌为指示菌;⑤ 2种皮肤亚型表现出不同代谢功能特征,或与宿主提供的营养不同有关。
2021-02-17
张涛+贾慧珏+侯勇:深度剖析中国人的遗传-菌群关联
① 纳入632名中国人,通过深度全基因组和宏基因组测序,分析宿主遗传和肠道菌群的关联,并在另外663人的队列中进行验证;② 鉴定出与特定细菌分类群显著相关的37个基因座、47个基因和18个拷贝数变异,可共同解释至少20%的肠道菌群组成;③ 这些遗传信号主要集中在代谢、神经和免疫功能等方面;④ 鉴定出2个与肠型有关的基因座,解释11%的普氏菌肠型和拟杆菌肠型的差异;⑤ 鉴定出33个男性特异和37个女性特异的菌群-宿主遗传关联。
2021-02-09
华大研究院:谁更易减肥成功?肠道菌群或是最强预测力
① 72名超重/肥胖和11名体重正常的中国成人,进行6个月的基于膳食建议的节食减重,干预结束时个体间体重变化差异很大;② 在多个变量中,基线肠道菌群对个体减重轨迹的预测力最强,其中Blautia wexlerae和多氏拟杆菌在基线时的高含量是减重的最强预测因子;③ 体重下降与某些细菌种类的丰度变化有关:活泼瘤胃球菌在肥胖个体中显著富集,并在减重过程中显著减少,而Akk菌和Alistipes obesi在瘦人中显著富集,并在节食过程中丰度增加。
2021-01-19
马现仓+贾慧珏等:精神分裂症患者的肠道微生物组特征
① 收集90例未经治疗的精神分裂症患者和81例对照的粪便样本,通过宏基因组关联分析鉴定出83个相对丰度有显著差异的OTU;② 患者菌群中,兼性厌氧菌和口腔菌增多,短链脂肪酸合成、色氨酸代谢、多种神经递质的合成/降解等功能潜力发生改变;③ 包含26个OTU的诊断模型可较准确的区分患者和对照(AUC=0.896),并在测试队列中得到确认(AUC=0.765);④ 移植患者中富集的前庭链球菌,可诱导小鼠的精神分裂症样行为、改变外周神经递质水平。
2020-03-31
国内团队:强制性脊柱炎患者的肠道菌群组成及功能变化
① 对比分析85名强直性脊柱炎(AS)患者及62名健康人的肠道菌群,发现惰性真杆菌等5种菌种在AS患者中富集;② 在AS患者的肠道菌群中,氧化磷酸化、脂多糖生物合成和粘多糖降解作用增强;③ AS患者中存在脆弱拟杆菌和III型分泌系统等与自身免疫相关的特征;④ AS患者肠道菌群中部分富集的细菌多肽可模拟II型胶原,并促进特定HLA分类(HLA-B27)AS患者的PBMC产生IFN-γ。
2019-12-02
华大研究院助理研究员
揭著业现为华大研究院助理研究员,从2011年加入华大,一直从事宏基因组和复杂疾病的研究工作,参与发表过Nature, Nature medicine等,一作发表过Gastroenterology,Nat Commun等。研究领域集中在宏基因组和糖尿病,肥胖,肠癌,冠心病等复杂疾病关系。
宏基因组和复杂疾病的研究