李俊桦
深圳华大生命科学研究院精准健康研究所副所长、深圳华大生命科学研究院研究员
李俊桦,博士,研究员,主要从事微生物组学研究及相关生物信息分析工具研发。已发表高水平 SCI 文章超过 40 篇,Google Scholar h-index 25,其中以第一作者或通讯作者在Nature Biotechnology,Nature Communications,Microbiome,Genome Medicine, EbioMedicine 等高水平期刊发表文章 14 篇。入选科睿唯安(Clarivate)2019年度“高被引科学家”。为 Genome Medicine,Critical Reviews in Microbiology,Frontiers in Microbiology,BMC Genomics 等多个国际期刊审稿人;提交受理发明专利14项(其中PCT专利6项),获授权软件著作权11项。深圳市团体标准(SZTT/SZGIA 1.2-2018)主要起草人。
国内团队:新冠重症患者的呼吸道菌群失调特征
① 收集广东省8例轻症和15例重症新冠住院患者的临床标本,进行超深度宏转录组测序和诊断分析;② 在4例重症患者中检测到其他人类呼吸道病毒,但在所有轻症患者中均未检出;③ 重症患者的主要呼吸微生物类群为洋葱伯克霍尔德菌群(BCC)、表皮葡萄球菌或支原体,3例重症病例呼吸道标本的临床培养证实存在前两类细菌;④ 在1名重症患者中检测到表达多种毒力因子的B. cenocepacia的继发性感染,或许加速了患者病情恶化并致其入院后1个月死亡。
04-13
纪立农+李俊桦等:Nature子刊揭秘成年人肠道微生态“变迁史”
① 以北京平谷队列为基础,综合中国、以色列和荷兰超过5000名成年人的肠道微生态数据,发现成年人肠道菌群组成和变化具有普适的性别差异性;② 肠道微生态存在性别差异,绝经前女性的肠道菌群多样性显著高于同龄段男性,女性肠道中富集了更多对宿主代谢有益的微生物;③ 随着宿主年龄的增加,肠道微生态的性别差异逐渐缩小;④ 不同人种、性别间,肠道菌群随宿主年龄的变化具有一致性,肠道中出现的口腔共生菌群可作为指示宿主年龄的最优指标。
01-14
王卫庆+李俊桦:小檗碱+益生菌,更好改善糖尿病
① 纳入409名2型糖尿病患者进行随机双盲对照试验,在庆大霉素预处理1周后,接受益生菌、小檗碱(BBR)、益生菌+BBR或安慰剂治疗12周;② 与安慰剂和单独使用益生菌相比,益生菌+BBR和单独使用BBR组的糖化血红蛋白改变更明显,益生菌能促进BBR对年长患者的血糖控制,BBR引起更多的胃肠副作用;③ BBR改变肠道菌群以及菌群相关的胆汁酸代谢(BA)和血液BA组成;④ BBR可能通过抑制布氏瘤胃球菌(R. bromii)产生次级胆汁酸DCA来发挥降血糖作用。
2020-10-06
国内团队:前驱糖尿病与未治疗2型糖尿病患者的肠道菌群变化
① 纳入77名未经治疗的2型糖尿病患者、80名前驱糖尿病患者、97名血糖正常受试者,分析对比肠道菌群组成及功能的差异;② 通过宏基因组分析揭示,3组受试者之间的肠道菌群组成及功能存在差异;③ 前驱糖尿病患者中大肠杆菌富集,而2型糖尿病患者中拟杆菌属的丰度升高,前驱糖尿病患者的肠道菌群中与能量代谢及细菌生长有关降低;④ 通过宏蛋白组分析揭示,2型糖尿病患者的粪便中,几种抗菌肽的水平显著降低。
2019-09-01
NAR:细菌基因组中寻找活性噬菌体——Prophage Hunter
① Prophage Hunter一种从细菌全基因中寻找活性前噬菌体的网页工具;② 结合序列相似性的匹配和遗传特征的机器学习分类开发新的评分系统,在验证数据集上预测活性前噬菌体中表现出比当前工具更高的准确性;③ 也可以选择跳过相似性匹配,以便更高机会发现新型噬菌体;④ Prophage Hunter提供一站式网络服务,包括从细菌基因组中预测前噬菌体、提取前噬菌体基因组,评估前噬菌体的活性、鉴定系统发育相关的噬菌体和注释噬菌体蛋白的功能。
2019-05-22
华大基因团队:1520个人肠道单细菌参考基因组,助力菌群研究
① 用培养组学分离>6000个人粪便菌株,得到1520个高质量单菌基因组草图(338个种),构成可培养基因组参考(CGR)数据集;② 包括人肠道的主要细菌门和属,含至少264个新参考基因组,有不少低丰度菌,丰富了现有参考基因组,提高了宏基因组学分析的分辨率(读段比对率和SNP分析等);③ 对CGR的功能注释加深了对肠道菌功能的认知;④ 对38种重要菌的泛基因组分析,揭示不同菌门的泛基因组开合趋势和在各自核心和非核心基因组上功能富集的差异。
2019-02-04
学龄儿童可能存在3种肠型特征
① 分析荷兰281位6-9岁儿童肠道菌群,总体上与成人相似;② 按优势菌属可分为3种肠型(E1-拟杆菌属、E2-普雷沃菌属和E3-双歧杆菌属),各有独特的菌群组成和功能,与哺乳期长短和学前饮食生活方式相关;③ 学前饮食与学龄期代谢表型的关联,依肠型而异;④ 高纤维饮食与低胰岛素水平的负相关性仅存在于E1和E2肠型;⑤ E3肠型菌群基因多样性、纤维发酵能力、生成丁酸和琥珀酸的能力总体较低,脂肪摄入和血液游离脂肪酸水平升高与链球菌属相关。
2019-01-04
深圳华大生命科学研究院精准健康研究所副所长
深圳华大生命科学研究院研究员
深圳市未知病原体应急检测重点实验室主任
中华预防医学会生物资源管理与利用研究分会委员会委员
李俊桦,博士,研究员,主要从事微生物组学研究及相关生物信息分析工具研发。已发表高水平 SCI 文章超过 40 篇,Google Scholar h-index 25,其中以第一作者或通讯作者在Nature Biotechnology,Nature Communications,Microbiome,Genome Medicine, EbioMedicine 等高水平期刊发表文章 14 篇。入选科睿唯安(Clarivate)2019年度“高被引科学家”。为 Genome Medicine,Critical Reviews in Microbiology,Frontiers in Microbiology,BMC Genomics 等多个国际期刊审稿人;提交受理发明专利14项(其中PCT专利6项),获授权软件著作权11项。深圳市团体标准(SZTT/SZGIA 1.2-2018)主要起草人。
2010年9月~2015年6月:华南理工大学,博士
2009年3月~2010年6月:华南理工大学-华大基因研究院联合培养创新班
2006年9月~2010年9月:华南理工大学,学士
① 微生物组学及相关生物信息分析工具研发。
② 人肠道微生物组与代谢病关联研究及干预策略研究,病原微生物(细菌,寄生虫,病毒等)基因组及遗传多态性研究,基于高通量测序的病原检测技术研究等。