徐振江
南昌大学食品科学与技术国家重点实验室教授
王军军团队:绿茶多酚或能调肠菌治肠炎
① DSS诱导的结肠炎小鼠模型中,绿茶多酚EGCG(表没食子儿茶素没食子酸酯)的口服给药能减轻结肠炎症、肠粘膜氧化应激和屏障功能障碍,而结肠给药无此效果;② 这些保护性作用与EGCG改变肠道菌群的组成和功能有关,包括增加阿克曼菌属等丰度、促进丁酸等短链脂肪酸的生成;③ 在诱导结肠炎前预防性口服EGCG,也能改变小鼠肠道菌群,减轻DSS诱导的结肠炎;④ 粪菌移植实验证明,EGCG的有益作用是由肠道菌群介导的。
09-07
刘星吟团队:新的鉴定和量化菌群关系变化的分析框架—PM2RA
① PM2RA在识别来自不同队列和不同测序策略数据集中核心微生物方面具有很强的鲁棒性;② PM2RA具有很高的敏感性和特异性,并且能够识别多种疾病中的既往微生物和新微生物;③ PM2RA对涉及多种微生物的关系变化(RA)进行定量分析的能力使其适用于亚群落中RAs的鉴定;④ 与传统的鉴定RA网络的方法相比,PM2RA不需要对参与比较的两种状态分别构建共现网络;⑤ 基于PM2RA 的Hoteling T2统计量转换的随机森林模型显著优于基于微生物丰度的模型预测。
02-11
Nature子刊:维生素D代谢与肠道菌群的关联
① 纳入567名平均84岁的老年男性,基于LC-MSMS对血清中的维生素D代谢产物进行定量,并对粪便菌群进行分析;② 血清1,25(OH)2D的水平可分别解释5%的粪便菌群α-多样性差异及2%的β-多样性差异;③ 鉴定出12个分类群(其中11个属于厚壁菌门)与维生素D代谢产物相关,其中8个分类群与1,25(OH)2D及1,25(OH)2D/25(OH)D比值呈正相关;④ 更高的1,25(OH)2D水平、更高的1,25(OH)2D/25(OH)D比值与丁酸盐产生菌相关。
2020-11-26
苏晓泉、徐健等:基于微生物组大数据的疾病检测方法
① 肠道菌群进行疾病诊断手段受到微生物实验的准确性、重现性,及微生物组高通量数据等多方面的影响;② 本研究利用前期的微生物搜索引擎开发了基于菌群大数据搜索的疾病检测新策略;③ 第一步通过计算待测样本相对于数据库中所有微生物数据得到离群微生物组新颖性评分,确定样本健康与否;④ 第一步中检测到的不健康样本与数据库中多种疾病的参照样本比对,进行疾病分类;⑤ 该方法使用便捷、快速、适用范围广,能够降低漏诊和误诊率。
2020-03-17
南昌大学徐振江等:微生物组或可预测人的实际年龄
① 结合公开数据,用随机森林模型,评价粪便、唾液及皮肤(手和前额)样本微生物组预测成年人年龄的能力;② 皮肤微生物组可提供最佳的年龄预测(mean±SD为3.8±0.45年,口腔和肠道微生物组年龄预测mean±SD分别为4.5± 0.14和11.5 ±0.12年);③ 多个队列研究均表明肠道微生物组与实际年龄有关;④ 手微生物组年龄预测模型可应用到前额微生物组年龄预测,反之亦然;⑤ 与老年人富集的细菌相比,年轻人富集的细菌,丰度更高,且在多个群体中普遍存在。
2020-02-12
Genes:如何利用菌群数据预测死亡时间
① 人体死亡后,体内及周围的菌群将发生变化,可帮助调查人员精确确定死亡时间;② 从墓穴土壤、尸体躯干皮肤、头部皮肤等处获取不同类型的样品,③ 选择不同的遗传标记物(16S rRNA、18S rRNA、内转录间隔区),在不同的分类群水平(序列变异、种、属等)建立随机森林回归模型,用于预测死亡时间;④ 从墓穴及皮肤处获取样品,并利用16S rRNA作为遗传标记,在门水平进行分析,可最精确地预测死亡时间;⑤ 几个细菌门可作为潜在的死亡时间指示剂。
2018-02-16
南方医科大学:肠道菌群用于IBD诊断和疗效预测
① 分析中国IBD患者及2个西方IBD人群的肠道菌群,不同人种患者的肠道菌群变化模式类似;② 基于肠道菌群开发出一套预测模型用于IBD诊断,克罗恩病及溃疡性结肠炎的预测准确率分别为87.5%及79.1%;③ 放线菌门及变形菌门的增加及厚壁菌门的减少与IBD严重程度显著相关;④ 对英夫利昔单抗治疗应答的患者治疗后肠道菌群多样性恢复,梭菌目相对丰度显著增加;⑤ 结合钙网蛋白水平及克罗恩病活动指数,可高准确率地预测患者对英夫利昔单抗治疗的应答。
2018-01-30
南昌大学食品科学与技术国家重点实验室教授
2012年博士毕业于University of Rochester,从事ncRNA的计算生物学研究,随后进入Rob Knight实验室从事微生物组学研究。2018年回国就职南昌大学食品科学与技术国家重点实验室。