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宏组学
文章数:2篇
心脏代谢疾病
Nature子刊:肠道菌、饮食与心脏代谢疾病的宏组学研究(综述)
心脏代谢性疾病(CMD)包括有糖尿病、胰岛素抵抗、心脏病、中风、非酒精性脂肪肝等。随着社会老龄化的较重,CMD已经成为全球引发人类死亡的主要原因之一。除吸烟、喝酒等已经明确的与CMD关联的诱因外,肠道菌群异常与CMD的关系也越来越受到关注。但是由于心脏代谢表型与个人饮食以及肠道菌群的关系表现多维度、多因素的复杂性,因此如何有效理解其潜在互作并进行整合利用仍是巨大的挑战。近期一篇发表在Nature子刊,Nature Medicine上的综述回顾了非靶向的高通量基因组以及应用于微生物群落的分子方法(宏组学方法),并讨论了其在解决CMD中微生物群落、宿主代谢和饮食之间错综复杂的相互作用问题的潜力。
心脏代谢疾病
饮食
肠道菌群
综述
医学研究
三代测序
功能宏组学为长读长和短读长的组装提供重要见解
本研究中,作者评估了四种不同复杂性的宏基因组样本的仅有短读长、仅有长读长和混合组装的方法,揭示了组装方法对从低多样性到高多样性的样品,从模拟群落到人类粪便和瘤胃宏基因组的预测基因和蛋白质的影响。作者提出了一种与参考无关的解决方案,该解决方案利用多组学数据集成的协同效应,使用长读长测序数据对菌群进行原位研究。本研究的发现为宏基因组重建的关键评估铺平了道路。
三代测序
长读长
牛津纳米孔技术
混合组装
功能组学