Kiran R Patil

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Kiran R Patil

文章数：4篇

微生物生态学

Nature子刊：如何用生态学模型研究微生物群落的涌现性质（综述）

复杂的微生物群落中，微生物之间的微观相互作用会导致在群落水平产生新的宏观特性，这种特性不能从群落成员的性质线性推导出来，被称为微生物群落的涌现性质。Nature Ecology & Evolution发表的这篇综述，详细介绍了目前用于研究微生物群落涌现性质的建模方法。

微生物生态学涌现性质数学模型

Nature Reviews：药物、天然化合物和污染物与肠道菌群的互作（综述）

我们每天都会摄入大量的外源物质（异生物质），如药物、食品添加剂和污染物，这些物质会影响肠道菌群的组成和功能，而菌群反过来也会影响影响这些物质对机体的作用，Nature Reviews Microbiology发表的这篇综述探讨了异生物质-菌群-宿主之间的相互作用，值得学习参考。

异生物质肠道菌群

宏基因组组装基因组(MAGs)

metaGEM：直接从宏基因组重建基因组水平的代谢模型

本研究，作者展示了 metaGEM (https://github.com/franciscozorrilla/metaGEM)，这是一个端到端的流程，能够直接从宏基因组对多物种群落进行代谢建模。该流程自动执行从宏基因组组装基因组 (MAGs) 中提取特定背景的原核基因组水平代谢模型 (GEMs)到群落水平通量平衡分析 (FBA) 模拟的所有步骤。

宏基因组组装基因组(MAGs) 菌群遗传多样性代谢模型

菌群-药物互作

Nature重磅：肠道细菌“吃”药，影响药物效果

药物与肠道菌群的相互作用是目前研究的一大热点。肠道菌群调节药物治疗效果的一个目前公认的主要机制，是菌群对药物的生物转化，而Nature最新发表的一项研究揭示了一种新的机制，即肠道细菌将药物积累在自身内。这种生物积累作用一方面直接减少了药物在人体内的生物利用度，另一方面也可通过改变细菌代谢来间接影响菌群组成。这一新机制的发现，扩展了人们对细菌-药物相互作用的认知，为进一步阐明菌群如何影响药物的个体化疗效和副作用带来新启示。

菌群-药物互作