宏病毒组

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文章数：6篇

马郁芳+马骁驰：肠道宏病毒组扩增和测序方法的优化及评价

由于生物量较低，宏病毒组测序中难免需要多次PCR扩增以获取足量的DNA，可能导致病毒基因组的测序覆盖分布不均匀，对基因组组装产生影响。大连医科大学马郁芳和马骁驰团队在Journal of Advanced Research发表了最新研究，建立了一种优化的、可重复的宏病毒组扩增和测序工作流程，并结合二三代混合测序策略，有效提升了宏病毒组的组装性能，为未来在基因组水平研究复杂的肠道病毒群落提供了有效的方法支撑。

宏病毒组噬菌体方法学测序纳米孔测序

朱怀球团队：DeePhage——区分宏病毒组中的毒性和温和噬菌体衍生序列的工具

北大朱怀球团队在本研究中提出了一种新的计算方法 DeePhage，它可以直接快速地将每个读长或重叠群判断为有毒或温和的噬菌体衍生片段，特别是用于宏基因组学分析，通过直接检测来自宏基因组和宏病毒组的温和病毒片段，该研究进一步提出了一种新策略来探索菌群中的噬菌体转化。检测这种转变的能力为人们提供了对人类疾病潜在治疗方法的新见解。DeePhage 可通过 http://cqb.pku.edu.cn/ZhuLab/DeePhage 或https://github.com/shufangwu/DeePhage 免费获得。

DeePhage 深度学习方法宏病毒组噬菌体衍生序列卷积神经网络

噬菌体宿主

朱怀球团队：从宏病毒组中识别噬菌体片段宿主的工具HoPhage

借助宏基因组学技术，鉴定出大量无法培养的新型噬菌体，与自然携带直接宿主信息的传统基于培养的方法相比，宏基因组方法，尤其是宏病毒组，缺乏噬菌体与其细菌宿主之间的联系。因此，对开发用于短噬菌体片段宿主识别的计算工具的需求不断增加。北京大学朱怀球团队近期在Bioinformatics发表的研究中，考虑到真实群落宏基因组数据中的噬菌体片段长度较短，微生物群落的分类组成复杂，开发了HoPhage（噬菌体宿主），并展示了它在更广泛的候选宿主范围内识别短噬菌体片段宿主的良好性能。HoPhage 可在网址 http://cqb.pku.edu.cn/ZhuLab/HoPhage/ 中使用。

噬菌体宿主宏病毒组深度学习片段长度宏基因组学

VirSorter2：病毒组鉴定软件升级版发布

本文介绍了VirSorter2，这是一种DNA和RNA病毒识别工具，可利用自定义自动分类器集合中的基因组信息数据库更新来提高病毒序列检测的准确性和范围。通过多分类器和模块化设计，VirSorter2展示了主要病毒组之间更高的整体准确性，并将提高我们对各种生态系统中的病毒进化，多样性和病毒-微生物相互作用的了解。VirSorter2可以对测序数据中的所有类型的病毒进行可靠的检测并可以在大规模数据集中轻松检测到新的病毒多样性。这将使研究人员能够调查所有病毒在地球生物群系中所扮演的角色，并更好地了解这些病毒是如何限制基本微生物过程的。VirSorter2的源代码可以免费获得(https://bitbucket.org/MAVERICLab/virsorter2)。

RNA病毒分类器病毒组 DNA病毒软件

Nature Reviews：噬菌体的多样性、基因组与进化（综述）

病毒宏基因组学的最新进展使人们能够在从人类肠道到深海的众多环境中迅速发现空前的噬菌体目录。尽管这些进展扩大了我们对噬菌体基因组多样性的理解，但也表明我们的研究相当初步。尽管噬菌体在核苷酸序列水平上具有非常高的多样性，但形成病毒颗粒的结构蛋白仍具有很强的相似性和保守性。从进化的角度来看，噬菌体具有独特的相互联系，并响应宿主的选择性压力而经历多种基因交换事件，从而驱动了它们的多样性。本篇Nature综述介绍了噬菌体在结构，基因组和群落水平上的多样性，以及噬菌体之间复杂的进化关系，这些噬菌体是由其基因组的镶嵌性塑造的。强烈推荐阅读，是噬菌体领域同行的必读入门教科书。

噬菌体 Bacteriophages biodiversity metagenomics Phage biology

宏病毒组技术在猪腹泻的新型肠道冠状病毒鉴定中的应用

传统意义上有很多用于发现新病毒的方法，如病毒分离、核酸检验、血清学试验等，但它们都有一定的局限性。但利用高通量测序发现新病毒具有信息量大、对标本所含信息无偏倚、操作较简单、检测成本较低等独特优点，使得该技术已成为目前病毒发现中最为重要的技术之一，其在病毒诊断、溯源、预警等方面具有实用意义。作者在此借助鉴定导致仔猪腹泻的新型肠道冠状病毒进行了简单的介绍。

宏病毒组冠状病毒反转录基因组组装 PEAV