研究论文

胰高血糖素样肽-2（GLP-2）肠道乳糜微粒一氧化氮合酶研究论文

菌群-免疫互作研究论文基础研究啮齿动物（小鼠） IgM

在国内，塑料常用于热汤的包装，但可能导致邻苯二甲酸盐的暴露。广西医科大学的邹云锋团队与中山大学的林华亮团队在Environmental Science & Technology上发表的一项最新研究结果，在48名健康志愿者中进行为期5天的饮食干预，发现摄入塑料包装的热汤期间，尿液中的邻苯二甲酸盐代谢产物水平显著升高，而干预后的某些炎症因子的mRNA表达水平发生显著变化。

食物包装研究论文以人为对象的临床试验邻苯二甲酸酯塑料

活泼瘤胃球菌

活泼瘤胃球菌如何调节肠-脑轴？

活泼瘤胃球菌（Rg）是人类肠道共生菌，在炎症性肠病和神经系统疾病中常见丰度增加。Gut Microbes上最新发表的文章，采用无菌和悉生小鼠，对Rg及其代谢产物如何影响肠-脑轴生理病理进行了探索。

活泼瘤胃球菌肠-脑轴研究论文

UME6震荡表达

Cell子刊：UME6震荡表达决定肠道白色念珠菌免疫原性

共生微生物的肠道定植，包括真菌致病菌白色念珠菌，会引发全身的保护性免疫的变化。Cell Reports近期发表的文章阐述了由共生白色念珠菌引发的Th17免疫需要转录调节因子UME6的振荡表达。

UME6震荡表达 Th17免疫研究论文

喷雾干燥

喷雾干燥预混噬菌体饲料改善仔猪沙门氏菌定植

非伤寒沙门氏菌属是人类食物中毒的主要原因，可通过食用受污染的猪肉传播。Microbiology spectrum近期发表的文章探索了在饲料中添加双噬菌体混合物对仔猪中沙门氏菌定植的影响，以及噬菌体饲料添加处理工艺。

喷雾干燥噬菌体仔猪沙门氏菌研究论文

肠道菌群

张正骁等：肠道菌群与膳食纤维的生理效应

集美大学张正骁作为共同第一作者近期在Microbiome发表文章，阐述了纯化膳食纤维用作补充剂时的功效，发现阿拉伯木聚糖（AX）的饱腹作用与个体菌群中参与发酵AX的特定细菌类群相关，而其它功效则可能与菌群无关。这些发现为优化有特定功效的膳食纤维的个性化干预提供了基础。

肠道菌群膳食纤维研究论文饱腹感胰岛素抵抗

抗生素

Cell子刊：抗生素暴露抑制抗真菌免疫应答，导致真菌感染风险增加

抗生素是院内真菌感染的主要风险因素之一。Cell Host and Microbe上发表的一项最新研究结果，发现抗生素处理可通过菌群依赖性方式抑制小鼠肠道Th17细胞的增殖及RORγt表达，以降低IL-17A及GM-CSF介导的肠道抗真菌免疫应答，并促进肠道细菌易位，从而增加真菌与细菌共感染的风险。在住院患者中，也可观察到广谱抗生素暴露与侵袭性念珠菌感染及死亡风险增加相关。

抗生素研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）菌群-免疫互作

阴道菌群

阴道菌群重磅发现：随着月经周期而动态变化

该女性队列研究发现，阴道菌群结构会随着月经周期和雌二醇水平的改变而发生变化；而女性其他部位的菌群（包括唾液、肠道）并没有呈现这样的规律。本研究为未来开展阴道菌群研究提供了重要的提示，必须考虑采样时所处的月经周期对其影响！

阴道菌群研究论文女性月经周期口腔菌群

LookingGlass

Nature子刊：宏基因组功能预测和注释新工具LookingGlass

目前，还是有大量的微生物未被培养，在微生物基因组或环境序列中鉴定到的大多数蛋白质也无法很好的进行功能注释。由于参考数据库的不完整，一定程度上限制了研究人员充分捕捉微生物群的功能多样性，也限制了对生物序列的高级特征进行建模的能力。近日，Nature Communications发表了一项最新研究，研究人员建立了一种“生命通用语言”深度学习模型—LookingGlass（https://github.com/gnif/LookingGlass），能准确识别短读长DNA序列中的编码区，高效地对宏基因组中的reads进行功能预测、注释和特定的酶挖掘。总之，该研究为深度挖掘微生物暗物质提供了支撑，也为复杂生物系统建模提供了基础。

LookingGlass 深度学习研究论文基础研究机器学习

维生素E

南京医科大学：循环维生素E水平与癌症风险无因果关联

维生素E与癌症的关联仍有争议。南京医科大学的杜牧龙团队在BMC Medicine上发表的一项纵向队列研究结果，通过孟德尔随机化法，在包含超过60万名欧洲受试者的队列中鉴定出了与循环维生素E水平及饮食维生素E摄入相关的SNP，但在包含超过35万名欧洲受试者的验证队列中，未观察到基于遗传因素预测的循环维生素E水平或饮食维生素E摄入与癌症风险的关联。

维生素E 癌症研究论文孟德尔随机化法纵向队列研究

病毒基因组

一种快速和精确的构建病毒宏基因组组装基因组（vMAGs）工具vRhyme

通过分箱技术从宏基因组数据中恢复细菌、古菌甚至真核生物至关重要，但针对病毒基因组的组装恢复工具相对较少。近日，研究者在Nucleic Acids Research发表最新研究，他们开发一个快速和精确的构建病毒宏基因组组装基因组（vMAGs）工具—vRhyme（https://github.com/AnantharamanLab/vRhyme）。vRhyme它是一种多功能工具，利用覆盖度方差比较和序列特征的监督机器学习分类来构建vMAGs，值得相关生信人员进一步尝试和比较。

病毒基因组 vRhyme 研究论文基础研究机器学习

极早产儿

Cell子刊：双歧杆菌促进极早产儿肠道菌群成熟

益生菌干预越来越多地应用于临床，包括用于早产儿以预防坏死性小肠结肠炎。Cell Host & Microbe发表的文章阐述了采用包含双歧杆菌和乳酸杆菌的混合配方（短双歧杆菌HA-129、两歧双歧杆菌HA-132、婴儿双歧杆菌HA-116、长双歧杆菌HA-135、鼠李糖乳杆菌HA-111），可以修复极早产儿的肠道微生态，促进菌群成熟至足月婴儿水平，并减少炎症反应。

极早产儿益生菌研究论文基础研究肠道菌群

克罗恩病（CD）

Gut： MLCK1-FKBP8结合或是克罗恩病的潜在治疗靶点？

克罗恩病（CD）是一种可影响消化道任何部位及肠外器官的慢性、持续性、炎性疾病。肠屏障丧失是CD的危险因素，这可能与肌球蛋白轻链激酶 1 (MLCK1；在肠上皮细胞中表达的MLCK 剪接变体) 的表达增加和酶促激活有关。近日，安徽医科大学左莉联合国外团队在Gut上发表最新研究，发现MLCK1可以和他克莫司结合的FKBP8 PPI结构域发生互作，这些相互作用对于 MLCK1 募集、MLC 磷酸化和 TNF 诱导的屏障丧失至关重要。阻断MLCK1-FKBP8结合，在体外和体内可逆转MLCK1-FKBP8互作、MLCK1 募集和屏障丧失。总之，该研究为有效治疗克罗恩病提供了靶点。

克罗恩病（CD）肠屏障丧失研究论文医学研究临床对照实验

噬菌体疗法

南京农业大学：抗细菌感染，噬菌体或优于抗生素？

产志贺毒素大肠杆菌（STEC）O157:H7血清型对公众健康造成了很大的影响，且抗生素耐药菌株的比例不断增加。南京农业大学的汤芳团队在Microbiology spectrum上发表的一项最新研究结果，发现在STEC O157:H7 EDL933感染的小鼠模型中，相比于抗生素（恩诺沙星），噬菌体鸡尾酒的疗效相似（生存率90% vs. 100%），且可更好地促进小鼠感染后的恢复。

噬菌体疗法研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）产志贺毒素大肠杆菌（STEC）

菌群-免疫互作

柔嫩梭菌群诱导的CD4+ CD8α+ Treg在肠道炎症中起保护作用

柔嫩梭菌群具有抗炎作用，在IBD患者中减少。在人结肠固有层中含有一群CD4+/CD8α+ 调节性T细胞（DP8α Treg），在IBD患者中也有所减少。JCI insight上发表的一项最新研究结果，在HLA人源化小鼠中发现，柔嫩梭菌群+DP8α Treg（而非单独的DP8α Treg）可缓解DSS诱导的结肠炎。在IBD患者中，可观察到DP8α Treg与疾病活动度的负相关。在健康人及回肠克罗恩病患者中，DP8α Treg与柔嫩梭菌群呈正相关。

菌群-免疫互作研究论文基础研究调节性T细胞 CD4+/CD8α+ 调节性T细胞

饲养密度

Cell子刊：研究小鼠肠道菌群，饲养密度仍需慎重考虑？

通过小鼠研究评估微生物组内的差异对于了解其对人类健康和疾病易感性的影响至关重要，但小鼠同笼效应的食粪行为一定程度上掩盖了微生物组的治疗效果。虽然单独饲养的老鼠会完全消除同笼效应，但老鼠是群居动物，动物福利方面的考虑排除了单独饲养老鼠的可能性，除非有强有力的科学依据。近日，研究人员在Cell Reports发表了最新研究，通过降低小鼠饲养密度（2、4只/笼）来探究抗生素（恩诺沙星、广谱抗生素）对菌群效应的影响，进而评估笼内/间的菌群丰富性及多样性，发现降低饲养密度可减少同笼效应，提高检测肠道菌群治疗效果的统计能力。总之，该研究为未来动物实验设计提供了新指导和见解，值得相关人员尝试。

饲养密度肠道菌群研究论文基础研究统计功效

芳香烃受体信号

Cell子刊：青黛-植物芳香烃受体激动剂在IBD治疗中的潜在用途

虽然已有很多研究揭示芳香烃受体（AhR）、配体可以介导调节性T细胞免疫调控。但其分子具体机制，以及内源、外源AhR激动剂效应的异同尚不清晰。Cell Reports最新发表的文章对此进行了挖掘。

芳香烃受体信号调节性T细胞(Tregs) 研究论文

病原菌感染

施莽+安同庆等：用“全感染组”方法解析猪传染病的病因

全球养猪行业不断受到传染病的影响，导致大规模死亡、贸易限制和产量大幅下降。由于猪病的病种多、病原复杂、存在混合感染和隐性感染现象。目前，仅靠监测单一病原体不能充分体现病原感染的全貌，因此需要建立一种广谱的病原微生物监测技术平台。近日，中山大学施莽、农科院哈尔滨兽医研究所安同庆及团队在Microbiome发表最新研究，通过全感染组分析猪的病因，共检测到34种RNA病毒、9种DNA病毒以及多种细菌和真菌，发现多数发病猪体内普遍存在病毒、细菌或真菌的混合感染。此外，相比于单一病原体，使用多重病原体去解释大多数猪疾病的效果更好。总之，该研究为未来进一步防治猪传染病提供新参考。

病原菌感染宏转录组学研究论文基础研究其它哺乳动物（猪羊牛等）

评估方法膳食纤维研究论文

Microbiology spectrum上发表的一项横断面队列研究结果，对比了缓解期IBD患者与健康对照的肠道菌群多样性及组成差异，发现IBD患者中的类黄酮降解菌富集，且鉴定出与克罗恩病相关的肠杆菌科可能导致慢性炎症。

IBD 研究论文横断面队列研究

hifiasm-meta

Nature之刊：基于HiFi数据的三代宏基因组组装工具hifiasm-meta

宏基因组样品的从头组装是探究微生物群落的常用方法，近日，李恒团队在Nature Methods上发表最新研究，在hifiasm的基础新开发了hifiasm-meta（https://github.com/lh3/hifiasm-meta）工具，一种针对HiFi数据的高准确性宏基因组组装软件。在真实数据集上评估了三个HiFi宏基因组组装软件，Hifiasm-meta可以很好的重构其他组装软件发现的大多数高质量的contigs，同时在接近完整的contigs中，Hifiasm-meta的组装效果优于HiCanu和metaFly，值得相关生信人员关注和尝试。

hifiasm-meta 组装工具研究论文基础研究

急性髓系白血病（AML）

齐鲁医院Nature子刊：肠道菌群失调或和白血病发病有关？

急性髓系白血病（AML）是一种常见的急性白血病，其特点是起病急、进展快，骨髓中髓系定向造血干细胞变异使骨髓髓系细胞分化受阻, 正常造血受抑。多数患者长期生存较差，且容易复发。多项研究发现肠道菌群与肿瘤息息相关，但其在AML进展中的作用仍未被充分探究。近日，山东大学齐鲁医院马道新团队在Nature Communications发表最新研究，通过16S rRNA测序和代谢组学联合分析，发现AML患者和AML小鼠模型中存在肠道菌群失调及丁酸盐水平降低现象，而肠道菌群失调及丁酸盐减少会造成AML小鼠肠粘膜屏障受损，促进脂多糖渗入血液，加速AML病程进展。通过粪菌移植、丁酸盐灌胃手段，可修复小鼠肠道粘膜屏障，抑制LPS进入血液，达到减缓或治疗白血病的效果。总之，该研究为未来改善AML患者预后及制定有效的治疗策略提供了新思路。

急性髓系白血病（AML）肠道菌群失调研究论文医学研究动物实验

肿瘤免疫治疗

Cell子刊：阻断IL-6可降低免疫治疗的肠道毒性，并增强抗肿瘤免疫

免疫检查点阻断剂（ICB）可能诱导免疫相关不良事件（irAE）。Cancer Cell上发表的一项最新研究，在接受ICB治疗并发生免疫相关小肠结肠炎（irEC）的肿瘤患者中，发现IL-6表达、中性粒细胞及趋化标志物显著增加，且Th17细胞富集。在肿瘤小鼠中，阻断IL-6可减少肿瘤中的Th17细胞、巨噬细胞及髓系细胞，并增加Th1及CD8+ 效应T细胞的肿瘤浸润，从而缓解ICB诱导的irAE，并增强抗肿瘤免疫应答。

肿瘤免疫治疗 IL-6 研究论文医学研究抗肿瘤免疫

CAR-T细胞治疗

北肿团队：Claudin18.2 CAR-T治疗胃肠道癌症安全有效

北京大学肿瘤医院的沈琳团队在Nature Medicine上发表的一项1期临床试验的中期结果，在接受37名Claudin18.2 CAR-T细胞治疗的胃肠道癌症患者中，未发生3级以上的细胞因子释放综合征或神经毒性，总应答率及疾病控制率分别达到了48.6%及73.0%，在胃癌患者中的总应答率及疾病控制率分别为57.1%及75.0%。

CAR-T细胞治疗研究论文医学研究 1期临床试验胃肠道癌症

新冠病毒

国内团队：恒河猴感染新冠病毒后的肠道及肺部免疫应答

中国医学科学院医学生物学研究所的刘龙丁团队、李琦涵团队、Haijing Shi团队与和占龙团队在Cell Reports上发表的一项最新研究结果，对比了恒河猴在感染新冠病毒后的肠道及肺部免疫应答。发现相比于肺部，肠道中的症状并不明显，且在感染后期的IFN应答相关基因及炎症应答被显著抑制。虽然肠道T细胞在感染后被激活，但B细胞及潘氏细胞的累积抑制了肠道的炎症应答及组织损伤。

新冠病毒研究论文基础研究灵长类（猿猴）肠道免疫

水凝胶

瑞金医院：新型蛋白水凝胶或可用于IBD治疗

上海交通大学医学院附属瑞金医院的崔文国团队、王正廷团队与Lei Wang团队在Advanced Science上发表的一项最新研究，开发了一种交联了BSA及肝素的新型蛋白水凝胶，在结肠炎小鼠中可抑制炎症因子表达、微血栓形成及出血风险，并增强修复因子以改善粘膜愈合，从而缓解结肠炎。

水凝胶 IBD 研究论文基础研究微血栓形成

HNF4A

HNF4A：肠道整合菌群和脂质代谢信号的关键转录因子

宿主肠道不断回应和适应复杂的食物和微生物环境因子，其转录整合策略和机制尚不清晰。Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology最新发表的文章采用无菌小鼠和悉生小鼠模型，给与单次高脂餐，进而通过多组学对肠道菌群和膳食脂肪两种因子对肠道上皮的调控进行了研究，鉴别出HNF4A这一关键核受体转录因子。

HNF4A 微生物和营养信号整合研究论文

替莫唑胺

替莫唑胺增加大肠癌突变负荷，提高免疫治疗应答

大多数转移性结直肠癌患者的错配修复（MMR）正常，对免疫治疗不应答，而错配修复缺陷的患者对免疫检查点阻断治疗的应答较好。前期的研究显示，结直肠癌模型中，使用替莫唑胺（TMZ）会导致MMR缺乏、肿瘤突变负担增加以及对免疫治疗敏感。Cancer Discovery上报道了ARETHUSA的临床试验结果，发现TMZ治疗能够导致MMR基因失活，增加其对免疫治疗的敏感性。

替莫唑胺研究论文结直肠癌错配修复缺陷肿瘤突变负荷

宏基因组

评估生物群落特异性基因集的宏基因组组装方法

目前，将宏基因组reads组装成contigs，单样本组装和多样本混拼（co-assembly）是两种常用的组装方法，这两种方法都存在潜在的优点和缺点。近日，Microbiome发表最新研究，作者在这两种组装方法的基础，开发了一种混合组装方法（Mix-assembly），其核心是将两种方法得到的基因聚类进而获得混合非冗余基因集。进一步使用该方法对波罗的海环境样本重新分析，结果将原始基因集扩大了10倍。总之，该研究表明通过混合组装方法或许是增加宏基因组样本信息的一种可行方法，值得关注和尝试。

宏基因组混合组装方法研究论文基础研究