人类肠道病毒组

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文章数：6篇

人类肠道病毒组

肠道病毒组与肠道疾病（综述）

肠道微生态系统不仅包括肠道细菌，还有大量的病毒、真菌、少量的古细菌和原虫。这些微生物之间的平衡在维持人体健康方面起着重要作用。其中，肠道病毒组的组成非常复杂，并且个体之间存在显著的差异。近期发表在Gut期刊上的一篇综述文章总结了肠道病毒组研究的最新进展，有助于更好地理解病毒组失调如何与肠道疾病的发病机制相关，并探讨了调节病毒组组成对改善肠道疾病管理的临床干预的潜力。

人类肠道病毒组病毒-宿主互作肠道疾病

人类肠道病毒组

于君团队：人肠道病毒组超深度测序，发现1058种新病毒

缺少病毒参考基因组是病毒组研究面临的一大挑战。香港中文大学于君团队近期在Gastroenterology发表研究，通过改良病毒DNA提取，结合基于三代和二代测序的超深度宏基因组测序，以及配套的生信分析流程，从健康人粪便中解析出1058种基因组完整的新病毒，并对这些病毒基因组进行了多角度分析。这些发现可助力疾病诊断、扩充病毒参考基因组，为进一步开展病毒组研究作出贡献。

人类肠道病毒组三代测序 PacBio测序超深度宏基因组测序诊断标志物

人类肠道病毒组

Nature子刊：19万个人类肠道病毒基因组草图

噬菌体在肠道微生态中有重要作用，但相关研究和资源还很有限。Nature Microbiology近期发表研究，建立了一个含有近19万个人类肠道病毒基因组草图的数据库MGV，为深入探索肠道病毒组和噬菌体疗法提供了重要资源。

人类肠道病毒组噬菌体数据挖掘数据库

重症抑郁症

谢鹏+王刚+胡少华：绘制重度抑郁症的肠道生态系统图谱

重庆医科大学第一附属医院谢鹏、首都医科大学北京安定医院王刚和浙江大学医学院第一附属医院胡少华合作在Science Advances上发表文章，利用全基因组鸟枪法宏基因组和非靶向代谢组学的方法对重度抑郁症患者（MDD）和健康对照（HC）进行肠道病毒、细菌和粪便代谢物的分析，鉴定出两者之间的差异特征，并形成一个组合性鉴定标志物可区分MDD和HC。此外，MDD中受干扰的微生物基因和粪便代谢物都与氨基酸代谢相关。研究加深了我们对肠道生态系统在MDD病理中作用的理解。

重症抑郁症人类肠道病毒组肠道菌群粪便代谢物

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Cell子刊：研究人肠道病毒组的重要新资源

目前关于人肠道病毒组的研究至少发表了32项，但不同研究之间存在不一致的结果。Cell Host and Microbe发表的一项新研究中，美国俄亥俄州立大学的研究者对这32项研究的数据进行了整合，构建了一个系统性的人肠道病毒组数据库，用其评估了这些研究的偏倚性和不同研究方法对病毒数据的影响，并分析了人一生中的病毒组演变规律。该研究为今后的肠道病毒组研究提供了重要资源。

人类肠道病毒组 gut microbiome Virome database Bacteriophage

人类肠道病毒组

微生物所王军组发表Nanopore三代测序人类肠道病毒组的方法

Oxford Nanopore 的测序技术已成功用于多种应用场景下的宏基因组测序。2020年5月8日，中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室，中国科学院微生物研究所王军教授课题组的曹佳宝博士等人在《Medicine in Microecology》杂志发表了题为“Profiling of Human Gut Virome with Oxford Nanopore Technology”的文章。作者利用纳米孔测序，基于纳米孔高通量测序PromethION平台开发出一套用于病毒颗粒物理富集、逆转录、随机扩增来分析人类肠道病毒的工作流程。结果发现使用Nanopore测序病毒DNA和扩增后的病毒DNA/cDNA可获得更长读长的序列，提供有关病毒多样性的更多信息，且许多病毒序列并不在当前数据库中。此外，使用Nanopore测序非扩增的病毒DNA可以对噬菌体的表观遗传修饰（甲基化）信号进行检测。

人类肠道病毒组富集扩增牛津纳米孔技术表观基因组学