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Feng Ju
文章数:4篇
宏基因组
鞠峰团队:剔除重复数据可提高宏基因组组装和分箱效率
宏基因组测序文库构建时引入的重复序列不仅会给定量分析带来偏差,而且还会导致覆盖剖面的错误,给宏基因组组装和分箱带来不良影响甚至失败,但这个问题很少被注意到,而且它对下游基本生物信息学过程的影响仍然不清楚。近日,西湖大学鞠峰及团队在Microbiology spectrum发表最新研究,基于五种典型数据(即人类肠道、生物反应器污泥、地表水、湖泊沉积物和森林土壤),发现剔除重复数据有助于提高组装和分箱的效率,还可节约计算成本。总之,该研究为微生物组研究中更经济高效的宏基因组分析提供了经验参考。
宏基因组
提出重复数据
研究论文
基础研究
序列组装
昆虫肠道菌群
鞠峰团队Nature子刊:从昆虫肠道中锁定降解塑料的微生物
塑料垃圾给地球环境造成了巨大的负担,通过微生物实现对塑料的生物降解是一个重要的研究课题。西湖大学鞠峰团队近期在Nature Communications发表研究,从一种昆虫幼虫中分离出一株可降解聚氯乙烯的肠道菌,并通过多组学方法分析鉴定了其降解PVC的潜在途径和酶。
昆虫肠道菌群
塑料生物降解能力
肠道菌群和代谢物
iMeta:浙江大学团队开发了MetOrigin用以实现代谢物溯源和肠道菌群与代谢组整合分析
浙江大学医学院附属儿童医院倪艳团队在iMeta在线发表了一款菌群和代谢组整合分析的在线软件MetOrigin,能够实现对代谢产物进行溯源分析;它不仅能够快速识别微生物来源代谢物及其代谢功能,还有助于发现与其密切相关的关键微生物。MetOrigin网址:http://metorigin.met-bioinformatics.cn/。
肠道菌群和代谢物
相关性分析
代谢物来源
Sankey网络
代谢通路富集分析
抗生素耐药组
郑钜圣+鞠峰+陈裕明:肠道抗生素抗性基因可能影响糖尿病进展
西湖大学郑钜圣、鞠峰和中山大学陈裕明作为共同通讯作者,近期在Advanced Science发表研究,对广州营养与健康队列中的1210名中老年人(包括健康人、糖尿病前期和2型糖尿病患者)进行了多组学分析,描绘了肠道抗生素抗性组的组成和特征,并揭示了其与糖尿病进展、人体代谢和粪便代谢物间的密切关联,为理解肠道菌群如何影响糖尿病提供了新视角。
抗生素耐药组
2型糖尿病
肠道菌群
多组学
心血管代谢