高分子量DNA

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高分子量DNA

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长读长测序

Nature子刊：人类肠道微生物组的高分子量DNA提取、纳米孔测序和宏基因组组装方法

人类肠道微生物组的短读长宏基因组测序和从头基因组组装可产生细菌基因组草图，而无需分离和培养。虽然长读长测序已成功应用于装配连续的细菌分离体基因组，但从粪便样本中提取足够分子量、纯度和数量的DNA进行宏基因组测序仍是一个挑战。在此，作者提出了一种从人类粪便样本中提取微克量的高分子量DNA的方案，该方案适用于下游长读长测序的应用。作者还推出了Lathe (www.github.com/bhattlab/lathe)，这是一种用于长读长碱基检出，装配，长读长或Illumina短读长的一致细化和基因组环化的计算工作流程。总而言之，此方案可以在大约10天内，从2 d的动手实践和计算量下从复杂的人类肠道样本中产生高质量的连续或环状细菌基因组。

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