Nicola Segata

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Nicola Segata

文章数：14篇

神经母细胞瘤

神经母细胞瘤患儿的肠道菌群组成改变与母亲无关

神经母细胞瘤是儿童最常见的颅外实体瘤，约占儿童癌症死亡人数的15%。肠道微生物组组成的改变与多种癌症类型有关，而患有神经母细胞瘤的儿童肠道微生物组组成是否发生变化，尚不清楚。EBioMedicine近期发表的文章，发现神经母细胞瘤患者的肠道微生物组组成的分类和功能都发生改变，但这种改变不能追溯到母亲的肠道菌群差异。

神经母细胞瘤肠道微生物组母体菌群

Nature Reviews：微生物领域常用的机器学习方法（综述）

机器学习是非常广泛的学科，现已越来越多的用于微生物学的研究。微生物学家往往缺乏相应的统计学和理论背景，而机器学习发展至今已达到无需理解其基础理论即可使用的程度。Nature Reviews Microbiology的这篇综述向微生物学家介绍了常见的用于微生物学研究的机器学习方法，值得有兴趣的读者阅读！

Cell 子刊：新方法挖掘饮食相关肠道菌群变化

小鼠是研究菌群-机体互作的关键模型。但是，传统的基因枪法对肠道菌群的鉴定有限。本文提出一种宏基因组分析方法metaphan 4，利用小鼠的22718个宏基因组组装的基因组，改进小鼠肠道菌群分析，并基于8个公共数据集数据进行验证。研究结果显示，metaphan 4可以更好的挖掘小鼠饮食相关肠道菌群。

肠道菌群宏基因组

Nature子刊：MetaPhlAn再度更新，这次有何新特征？

MetaPhlAn是针对宏基因组数据进行微生物分类分析最常用的工具之一，近年来也逐渐更新扩展到第三版。近日，意大利特伦托大学研究人员在Nature Biotechnology发表最新研究释放了MetaPhlAn4版本，MetaPhlAn4整合了来自分离株和宏基因组组装的基因组的信息，可以在SGBs水平对物种进行鉴定和丰度定量，此外，MetaPhlAn4在分析灵敏度、特异性、微生物多样性以及未知物种与疾病和饮食标记物相关性等方面都进行了显著扩展，值得相关人员进一步测试。

MetaPhlAn 宏基因组研究论文基础研究微生物物种

Nature：1万样本+菌株水平，系统揭示人际间的菌群传播规律

共生菌群对人体健康有不可忽视的作用。很多因素都可影响菌群构成，人与人之间的关系和互动在多大程度上影响微生物的传播和个体的菌群组成，目前尚缺乏大规模的系统性研究分析。Nature最新发表了来自意大利特伦托大学Nicola Segata团队的研究，对全球不同地区人群的近万个肠道和口腔宏基因组数据进行综合分析，揭示了母婴间、同居者间和人群内的菌株传播模式，表明共同生活和长期密切接触是促进人与人之间菌株传播的主要驱动力，而口腔菌的水平传播明显多于肠道菌。作者认为这些发现再次提示，由特定致病共生菌和菌群失调驱动的疾病——如肥胖、糖尿病和某些癌症等传统意义上的“非传染性疾病”，是可能通过微生物传播而在人与人之间发生“传染”的。

菌群传播肠道菌群口腔菌群母婴菌群传递菌株水平

Nature子刊：揭示影响菌株植入的潜在因素，优化粪菌移植供受体匹配

粪菌移植（FMT）在治疗菌群相关疾病方面具有潜力，但目前人们对FMT后微生物植入（engraftment）的规律尚缺乏全面的理解，这是限制FMT应用的一大障碍。Nature Medicine近期发表的这项研究，通过对24项研究的供受体菌群数据进行荟萃分析，分析了供体菌株植入率与疗效的关系，揭示了可能影响菌株植入率的潜在临床和微生物因素，并建立可预测FMT后菌株植入情况的机器学习模型，或能用于优化FMT的供受体匹配。

粪菌移植细菌植入供体选择

约2700年前欧洲小镇已食用奶酪和啤酒

哈尔施塔特镇（Hallstatt）是奥地利的一个古镇，“Hall”可能源自于古克尔特语的“盐”，得名于村庄附近的盐矿，这里又被称作“世界上最美的小镇”或“世界最古老的盐都”，“著名爱情打卡地”。近期发表于Current Biology的一项研究表明哈尔施塔特矿工在铁器时代已食用蓝纹奶酪和啤酒，并在巴洛克时期之前保留了类似现代非西式饮食人群的肠道微生物群特征。

挖掘人肠道中的Akk菌多样性

嗜粘蛋白阿克曼菌（Akkermansia muciniphila）在调节肠道和宿主健康中有重要作用，但人们对这种细菌及其近缘种的基因组多样性仍所知有限。Genome Biology近期发表研究，通过对人源的阿克曼菌属（Akk菌）的分离菌基因组和宏基因组组装基因组进行大规模分析，揭示了Akk菌的系统发育和功能多样性，为未来进一步研究Akk菌的功能机制和转化应用打下基础。

AKK菌

普雷沃氏菌

Nature Reviews：普雷沃氏菌的丰富性、多样性与重要性（综述）

Nature Reviews Microbiology发表的关于普雷沃氏菌的深度综述。普雷沃氏菌在人的肠道、口腔等器官都是主导菌属，但相关研究较少。值得注意的是，作者提出整体的微生物组研究特别是关于普雷沃氏菌的信息都偏向西方人群，或存在偏差。同时综述结尾提出了三个关于普雷沃氏菌研究的‘Open questions’，感兴趣的读者可以细读、深思。

普雷沃氏菌种属内多样性综述

海氏肠球菌抗肿瘤的多种作用机制

肠道菌群的失调可预示癌症对免疫治疗的抵抗，而在多种肿瘤模型中，海氏肠球菌（Enterococcus hirae）定植可补偿癌症相关的失调，例如在抗生素处理小鼠中，肠球菌可恢复环磷酰胺的抗肿瘤效果，但机制未知。Cell Death and Differentiation近期发表的文章，发现海氏肠球菌活菌对于免疫、代谢、肠上皮和肠道菌群等都具有调节作用，促进抗肿瘤作用，或可用于规避目前肿瘤治疗的耐药性。

肿瘤益生菌肠球菌

菌群与癌症治疗

肠道菌群或影响早期乳腺癌的临床治疗及副作用

Cell Death and Differentiation上发表的一项最新研究，招募76名早期乳腺癌患者收集121份粪便菌群样本进行菌群分析。结果发现，早期乳腺癌患者中，特定的肠道菌群有富集现象，且负向地影响患者的预后，化疗会影响肠道菌群组成，与治疗引起的副作用如体重增加、神经病症等有关。此外，研究人员通过菌群移植的实验证明，肠道菌群的变化不仅仅与BC的进展有关，而是以致病的方式影响疾病的进程。

菌群与癌症治疗乳腺癌前瞻性队列研究研究论文化疗

细菌代谢途径

肠道细菌“接力”代谢SQ糖产生硫化氢

硫化氢是一种重要的肠内代谢产物。ISME Journal近期发表研究，揭示了两种肠道细菌协同代谢存在于绿色蔬菜中的SQ糖进而产生硫化氢的代谢途径。

细菌代谢途径硫化氢饮食-菌群互作

Nature子刊：新生儿期使用抗生素或影响男孩生长

Nature Communications近期发表了来自芬兰西南部出生队列（SFBC）的一项研究，通过分析超过1.2万名儿童从出生至6岁的数据以及动物实验发现，新生儿期使用抗生素可能伴随长期的肠道菌群紊乱，可能导致男孩生长减缓，而在新生儿期之后使用抗生素则与儿童BMI增加相关。

抗生素儿童生长发育肠道菌群新生儿

口腔微生态

牙菌斑菌群有望用于诊断植牙相关口腔疾病

粘膜炎和植牙的牙周围炎是常见的微生物-生物膜相关口腔疾病。近期发表在NPJ Biofilms and Microbiomes的文章对72名患者种植体周围炎和粘膜炎相关的菌斑进行测序分析，鉴定与植牙体周围疾病相关的微生物特征。该研究有望用于诊断植牙相关口腔疾病并判断其预后。

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