Carlos P Cantalapiedra

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Carlos P Cantalapiedra

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全球微生物基因目录

Nature：复旦大学与多国合作构建全球微生物基因集并揭示其生物地理分布模式

复旦大学人类脑智能科学与技术研究院青年研究员路易斯·佩德罗·科埃略（Luis Pedro Coelho）、教授赵兴明、名誉教授皮尔·伯克（Peer Bork）与来自德国、西班牙、美国、英国等多国科学家合作研究，基于全球菌群的概念，将地球上不同栖息地的微生物作为统一系统，运用人工智能技术对1.3万个公开宏基因组样本进行挖掘，构建了迄今为止最全面的全球微生物基因集，为全球菌群研究迈出了重要一步。该研究同时发现，大多数基因具有栖息地特异性，跨越多栖息地的基因主要富集在抗生素耐药性基因和移动遗传元件。该研究对于理解抗生素抗性的产生，以及未来抗菌药物的研发具有重要的意义，对于理解微生物与人类健康的关系具有重要的作用，该研究将为地球生态研究和人类健康研究做出重要贡献。

全球微生物基因目录抗生素抗性基因可移动遗传元件栖息地特异性罕见基因

功能注释工具

eggNOG-mapper v2：宏基因组功能注释的最新软件和配套最新数据库

本文作者描述了 eggNOG-mapper 的重大升级版本eggNOG-mapper v2，其提供了比其前身更高效、通用且可扩展的自动化功能注释工作流程。GitHub 上提供了独立版本（https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper），以及大量文档和使用示例（https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki）。

功能注释工具宏基因组数据集基因预测重叠群