Eytan Ruppin

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Eytan Ruppin

文章数：3篇

单细胞宏基因组学

Nature子刊：CAMMiQ可用于识别和量化宏基因组数据中不同基因组

从高通量测序数据中计算识别和量化不同微生物对于我们了解人类健康至关重要，现有计算方法无法很好地平衡精确度和计算速率之间的问题。近日，印第安纳大学研究人员在Nature Communications发表最新研究，开发了一种组合优化框架（CAMMiQ），通过灵活处理子串/k-mers长度，用于识别和量化宏基因组数据集中的不同基因组，CAMMiQ可利用更高比例的reads，能更准确识别亚种/菌株水平的基因组。此外，CAMMiQ在实际基因组分类和量化方法中提供了比现有方法更好的灵敏度和特异性，值得关注和尝试。

单细胞宏基因组学菌株水平研究论文基础研究

Cell子刊：种族或是人类肿瘤菌群的关键决定因素

肿瘤内微生物对人类癌症有多种影响，而且不种癌症类型的样本具有肿瘤特异性的瘤内微生物，然而人口统计学和临床因素（如年龄、性别、体重指数和种族）对肿瘤内菌群的影响未知。近日发表在Cancer Cell上的这篇文章，对不同癌症类型的肿瘤内菌群进行了研究，更好地了解年龄、性别、体重指数和种族因素对肿瘤内菌群组成的影响。这项研究提出了未来对肿瘤菌群的研究中扩大种族多样性研究的必要性。

肿瘤菌群种族

肿瘤微生物组

Nature子刊：肿瘤微生物组或可预测肿瘤预后和药物反应

在一些癌症中，肿瘤基因表达可以预测病人的预后。然而，RNA- seq和全基因组测序数据不仅包含来自宿主肿瘤和正常组织的读数，还包含来自肿瘤微生物组的读数，因此可以用来推断每个肿瘤中的微生物丰度。Nature Communications近期发表的研究表明，肿瘤微生物丰度，单独或与肿瘤基因表达相结合，可以在一定程度上预测癌症预后，及药物反应。未来可以利用现有的测序技术，或开发新的协议，从RNA-seq和全基因组测序实验中获得更多关于预后和药物反应信息。

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