Elijah N McCool

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Science子刊：深度蛋白组学区分转移与非转移性结直肠癌细胞间蛋白水平差异

这是发表在Science Advances上的一份工作。作者通过使用不同的组学策略对于两种同基因的人结直肠癌细胞系进行了蛋白组学研究，以探究蛋白质水平与转移和非转移性之间的关系。作者通过深度自下而上的蛋白组学（TDP）研究，从两个细胞系中鉴定了23622种蛋白质的2332种蛋白质形式，相较之前的人类TDP数据集扩大了5倍。同时，作者也揭示了SW480和SW620细胞系在蛋白质形态和单氨基酸变异（SAAV）谱方面的实质性差异。定量TDP揭示了两种细胞系间差异表达的蛋白型，相应的基因功能多样，与癌症密切相关。当然，这项研究仍存部分限制，比如CZE-MS/MS 的上样能力较低，对于小型蛋白质（30 kDa以下）表征较好，同时使用常见的碰撞破碎技术制样会导致蛋白质形式的大量碎片化，无法准确定位PTM。